More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2174 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00113  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.44 
 
 
887 aa  1085    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.162586  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3488  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  59.44 
 
 
887 aa  1084    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000010003  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2462  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1014    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000385423  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0339  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.08 
 
 
881 aa  1190    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.684841 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3000  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.83 
 
 
895 aa  1193    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.685258  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1600  pyruvate dehydrogenase subunit E1  78.75 
 
 
896 aa  1492    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160826  normal  0.690435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4808  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.36 
 
 
893 aa  1153    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0424  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.82 
 
 
888 aa  1112    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3860  pyruvate dehydrogenase, E1 component  63.28 
 
 
889 aa  1161    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.83 
 
 
929 aa  923    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5005  pyruvate dehydrogenase, E1 component  63.65 
 
 
881 aa  1191    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1721  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.65 
 
 
898 aa  1777    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.630674  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1737  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1015    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000212328  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1461  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.82 
 
 
887 aa  1144    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1522  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.93 
 
 
887 aa  1149    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0518  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.42 
 
 
881 aa  1189    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0512  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1015    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.0000699469  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1625  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  63.5 
 
 
889 aa  1167    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1328  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.53 
 
 
937 aa  1048    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.028663  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0442  pyruvate dehydrogenase subunit E1  72 
 
 
891 aa  1362    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000082511  normal  0.261896 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1303  pyruvate dehydrogenase subunit E1  77.62 
 
 
895 aa  1478    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305881  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4683  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  73.34 
 
 
891 aa  1390    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.219426  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2612  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.61 
 
 
890 aa  1761    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2746  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.65 
 
 
898 aa  1777    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0783  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1015    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0000178151  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1254  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.32 
 
 
891 aa  1065    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1502  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.5 
 
 
891 aa  1763    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0833868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0463  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.53 
 
 
881 aa  1191    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3090  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.5 
 
 
891 aa  1763    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00640831  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1634  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1015    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000003166  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5443  pyruvate dehydrogenase subunit E1  97.55 
 
 
898 aa  1833    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1007  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  60.47 
 
 
897 aa  1128    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194825  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1551  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.82 
 
 
879 aa  885    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00110575  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2667  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.61 
 
 
890 aa  1762    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1001  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.02 
 
 
886 aa  1162    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00011508  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2324  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1014    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0358  pyruvate dehydrogenase subunit E1  69.41 
 
 
889 aa  1304    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0670  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.32 
 
 
916 aa  998    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.0000000792343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1864  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.99 
 
 
898 aa  1785    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2130  pyruvate dehydrogenase subunit E1  69.65 
 
 
885 aa  1301    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0874  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.11 
 
 
891 aa  960    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242196  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3057  pyruvate dehydrogenase subunit E1  53.56 
 
 
945 aa  945    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.636776  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  53.63 
 
 
912 aa  923    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0734  pyruvate dehydrogenase subunit E1  73.25 
 
 
898 aa  1400    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00461526  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2212  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.88 
 
 
903 aa  1154    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00159714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3650  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.65 
 
 
875 aa  863    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2573  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.07 
 
 
884 aa  1118    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.207684  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2074  pyruvate dehydrogenase subunit E1  65.8 
 
 
884 aa  1243    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2672  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.87 
 
 
913 aa  1158    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000588589  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3831  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  52.1 
 
 
900 aa  881    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1541  pyruvate dehydrogenase subunit E1  89.53 
 
 
898 aa  1703    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292704  normal  0.0677375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4472  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.74 
 
 
913 aa  1022    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150993 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1063  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.73 
 
 
906 aa  1006    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3383  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.29 
 
 
886 aa  1075    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.771869  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0855  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.26 
 
 
896 aa  1038    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1050  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.98 
 
 
937 aa  1046    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.349396  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1196  pyruvate dehydrogenase subunit E1  77.84 
 
 
895 aa  1477    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.737897  normal  0.868931 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4263  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  73.42 
 
 
892 aa  1362    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0512  pyruvate dehydrogenase subunit E1  55.92 
 
 
889 aa  1022    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0724588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3913  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.16 
 
 
888 aa  1118    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2792  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.66 
 
 
893 aa  1053    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.215552  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1887  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.15 
 
 
902 aa  939    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2128  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.46 
 
 
909 aa  1185    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00934481  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3431  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.37 
 
 
888 aa  1111    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.771222 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4918  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.11 
 
 
904 aa  992    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5940  pyruvate dehydrogenase subunit E1  98.44 
 
 
898 aa  1844    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3362  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.83 
 
 
924 aa  910    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00342151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1115  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.06 
 
 
899 aa  994    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3350  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.43 
 
 
890 aa  1157    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1919  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.76 
 
 
902 aa  1126    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.0960769 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1095  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.4 
 
 
887 aa  1089    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.159185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0428  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
888 aa  1118    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.753679  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3599  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
888 aa  1118    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172197  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0269  pyruvate dehydrogenase subunit E1  65.06 
 
 
895 aa  1182    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.818226  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3777  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.71 
 
 
888 aa  1112    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.341316  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2174  pyruvate dehydrogenase subunit E1  100 
 
 
898 aa  1862    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6501  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.11 
 
 
904 aa  993    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66290  pyruvate dehydrogenase subunit E1  64.71 
 
 
882 aa  1201    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.572078  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2230  pyruvate dehydrogenase subunit E1  94.5 
 
 
891 aa  1763    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.768184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2464  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.42 
 
 
922 aa  888    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0453737  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3414  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.01 
 
 
922 aa  887    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2137  pyruvate dehydrogenase subunit E1  98.44 
 
 
898 aa  1844    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.304128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3245  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.23 
 
 
904 aa  994    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.633638  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2125  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.56 
 
 
898 aa  1145    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0558604  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0426  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.82 
 
 
888 aa  1112    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.373094  normal  0.0838359 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1842  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  56.88 
 
 
907 aa  1015    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.0000000223069  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4858  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.74 
 
 
906 aa  889    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0734587  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1993  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.92 
 
 
932 aa  888    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.883092  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2105  pyruvate dehydrogenase subunit E1  48.35 
 
 
892 aa  770    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00865423  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0375  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.5 
 
 
898 aa  1056    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106725 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.83 
 
 
924 aa  910    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.1248  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3424  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.83 
 
 
929 aa  910    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2927  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.62 
 
 
886 aa  1051    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0320949  normal  0.180637 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3752  pyruvate dehydrogenase subunit E1  53.29 
 
 
924 aa  931    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0660504  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3328  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.48 
 
 
887 aa  1118    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.973498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2462  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.43 
 
 
907 aa  1155    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0130543  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4757  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  51.13 
 
 
915 aa  865    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.91 
 
 
909 aa  1158    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000127285  decreased coverage  0.000322845 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1037  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.24 
 
 
891 aa  1171    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1617  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.31 
 
 
905 aa  894    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.743799  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>