57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2003 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 158 aa  315  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  96.84 
 
 		 158 aa  304  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  94.3 
 
 		 158 aa  302  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  94.81 
 
 		 154 aa  296  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  93.51 
 
 		 154 aa  289  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  92.86 
 
 		 154 aa  288  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  90.2 
 
 		 154 aa  278  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  88.96 
 
 		 154 aa  278  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  88.96 
 
 		 154 aa  278  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  93.66 
 
 		 154 aa  273  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  90.26 
 
 		 154 aa  270  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  88.24 
 
 		 154 aa  268  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.61 
 
 		 148 aa  268  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  90.85 
 
 		 154 aa  265  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  90.14 
 
 		 154 aa  263  5e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  91.77 
 
 		 158 aa  251  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  83.33 
 
 		 150 aa  245  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  48.12 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  49.61 
 
 		 140 aa  138  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  50.39 
 
 		 173 aa  131  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  47.93 
 
 		 146 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  41.79 
 
 		 145 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  44.96 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  43.75 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  47.93 
 
 		 145 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.15 
 
 		 145 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  42.97 
 
 		 139 aa  111  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  40.6 
 
 		 154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  45.38 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  40 
 
 		 142 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  49.54 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  42.86 
 
 		 144 aa  107  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  47.9 
 
 		 136 aa  107  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  45.31 
 
 		 142 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  46.4 
 
 		 149 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  46.92 
 
 		 143 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  39.39 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  39.39 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  44.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  44.27 
 
 		 144 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  48.09 
 
 		 143 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  42.64 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  43.75 
 
 		 136 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  45.76 
 
 		 143 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.22 
 
 		 139 aa  98.6  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  42.19 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  47.75 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  40.65 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  44.09 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  39.32 
 
 		 150 aa  86.7  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  41.98 
 
 		 138 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  37.82 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  33.33 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  26.72 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  34.95 
 
 		 461 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  24.06 
 
 		 142 aa  51.6  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1640  hypothetical protein  27.14 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>