74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1757 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1757  3'-5' exonuclease  100 
 
 
258 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1730  3'-5' exonuclease  99.22 
 
 
258 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0609431  normal  0.140925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6260  3'-5' exonuclease  97.67 
 
 
258 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.329369  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1819  3'-5' exonuclease  97.67 
 
 
258 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.538856  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5120  3'-5' exonuclease  96.9 
 
 
258 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.015476  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1843  3'-5' exonuclease  96.9 
 
 
258 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.931305  normal  0.0685914 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1454  3'-5' exonuclease  93.8 
 
 
258 aa  489  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133375  normal  0.401434 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2235  hypothetical protein  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.295108  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2349  putative 3'-5' exonuclease  87.55 
 
 
258 aa  477  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.948558  normal  0.0792646 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2364  propable polB  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30419  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1843  hypothetical protein  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0054  hypothetical protein  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.289194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1115  hypothetical protein  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1353  hypothetical protein  87.21 
 
 
258 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0220984  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2197  hypothetical protein  86.82 
 
 
258 aa  478  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.450824  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0963  3'-5' exonuclease  86.38 
 
 
258 aa  473  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.188043  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2227  hypothetical protein  86.43 
 
 
258 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1838  putative 3'-5' exonuclease  86.38 
 
 
258 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00376243  normal  0.478604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2114  hypothetical protein  70.19 
 
 
278 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0931649  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2094  hypothetical protein  69.06 
 
 
278 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2217  hypothetical protein  65.61 
 
 
267 aa  363  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.392582  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1296  3'-5' exonuclease  63.1 
 
 
273 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00276744  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3027  propable PolB  63.57 
 
 
262 aa  346  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1852  hypothetical protein  62.85 
 
 
258 aa  343  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0971  hypothetical protein  62.65 
 
 
267 aa  340  9e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1288  propable PolB  61.54 
 
 
261 aa  338  7e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.671751  normal  0.251577 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0800  hypothetical protein  57.54 
 
 
257 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1353  hypothetical protein  58.2 
 
 
263 aa  299  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.407109  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1101  hypothetical protein  54.26 
 
 
261 aa  296  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1360  hypothetical protein  55.78 
 
 
256 aa  285  7e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1364  hypothetical protein  55.78 
 
 
256 aa  285  7e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0589  3'-5' exonuclease, PolB-like protein  52.67 
 
 
268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0488742 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0029  hypothetical protein  49.2 
 
 
257 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2829  hypothetical protein  49.8 
 
 
269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.866049  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2451  hypothetical protein  49.41 
 
 
277 aa  231  9e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111261  normal  0.370864 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0379  hypothetical protein  38.53 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.011615 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0345  hypothetical protein  39.66 
 
 
271 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0744  hypothetical protein  39.37 
 
 
273 aa  169  6e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.133036  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1248  conserved hypothetical protein, putative polysaccharide biosynthesis protein  34.35 
 
 
259 aa  167  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.813451  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0385  hypothetical protein  36.36 
 
 
269 aa  166  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000693475  unclonable  0.000000000422197 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0589  polysaccharide biosynthesis protein  35.51 
 
 
264 aa  167  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.92996  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1800  3'-5' exonuclease, PolB-like protein  35.63 
 
 
262 aa  165  5e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1149  polysaccharide biosynthesis protein  35.25 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.803914  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1274  polysaccharide biosynthesis protein  35.25 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.349568  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1227  polysaccharide biosynthesis protein  36.48 
 
 
343 aa  163  3e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.750362  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1398  hypothetical protein  38.1 
 
 
272 aa  161  1e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.54759  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0469  large-conductance mechanosensitive channel  35.22 
 
 
336 aa  160  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000368758  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0477  hypothetical protein  35.19 
 
 
275 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0549  hypothetical protein  34.34 
 
 
275 aa  158  6e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.215773  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0781  polysaccharide biosynthesis protein  34.28 
 
 
310 aa  149  5e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0522762  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0735  hypothetical protein  36.48 
 
 
272 aa  140  9.999999999999999e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5668  hypothetical protein  37.57 
 
 
349 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2589  hypothetical protein  33.77 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2926  hypothetical protein  33.87 
 
 
271 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3021  hypothetical protein  33.87 
 
 
271 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.39902  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2837  hypothetical protein  32.66 
 
 
292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5692  3'-5' exonuclease, PolB-like protein  36.07 
 
 
241 aa  112  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224827  normal  0.358759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7600  hypothetical protein  29.62 
 
 
281 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0041  hypothetical protein  33.21 
 
 
274 aa  105  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.4713  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2768  hypothetical protein  35.17 
 
 
290 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.941783 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2267  hypothetical protein  30.2 
 
 
281 aa  93.2  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3646  hypothetical protein  26.3 
 
 
283 aa  82.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.59355  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1688  hypothetical protein  28.51 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3714  hypothetical protein  28.75 
 
 
244 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1083  hypothetical protein  25.53 
 
 
239 aa  53.5  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00230373  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03580  polysaccharide biosynthesis protein  24.57 
 
 
237 aa  52.4  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.789751  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6525  hypothetical protein  25.62 
 
 
241 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.679921  normal  0.0969772 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1631  hypothetical protein  27.88 
 
 
229 aa  49.3  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000204525  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0137  hypothetical protein  25.65 
 
 
241 aa  47.4  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03067  DNA polymerase epsilon catalytic subunit A (DNA polymerase II subunit A)(EC 2.7.7.7) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O93845]  27.59 
 
 
2207 aa  45.8  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.958905 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0948  DNA polymerase I  26.47 
 
 
852 aa  45.1  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.158363 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2857  hypothetical protein  26.62 
 
 
200 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.550879  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1087  DNA polymerase I  29.27 
 
 
853 aa  43.9  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0816  DNA polymerase I  28.46 
 
 
854 aa  42.4  0.007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.766661  hitchhiker  0.00661096 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>