52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1277 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1277  hypothetical protein  100 
 
 
514 aa  1052    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5830  hypothetical protein  67.57 
 
 
491 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6127  hypothetical protein  69.89 
 
 
509 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0918  hypothetical protein  89.74 
 
 
512 aa  862    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4543  hypothetical protein  85.77 
 
 
492 aa  890    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277933  normal  0.737886 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5727  hypothetical protein  72.02 
 
 
480 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.380995  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5613  hypothetical protein  67.57 
 
 
491 aa  640    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0706869  normal  0.469482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1311  hypothetical protein  96.5 
 
 
514 aa  996    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.127112 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1400  hypothetical protein  89.74 
 
 
512 aa  862    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1378  hypothetical protein  90.3 
 
 
510 aa  865    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294238  normal  0.306366 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2383  hypothetical protein  68.06 
 
 
502 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0916169  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0191  hypothetical protein  76.42 
 
 
487 aa  739    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0897253 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0692  hypothetical protein  66.44 
 
 
553 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.850291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1989  hypothetical protein  66.44 
 
 
529 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.436263  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7012  hypothetical protein  66.74 
 
 
488 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0419358 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1483  hypothetical protein  66.97 
 
 
488 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6346  hypothetical protein  66.97 
 
 
488 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118536  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0601  hypothetical protein  66.67 
 
 
561 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5591  hypothetical protein  59.22 
 
 
473 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.52477 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2395  hypothetical protein  58.97 
 
 
477 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.466905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3144  hypothetical protein  57.99 
 
 
488 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2407  hypothetical protein  34.64 
 
 
463 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3350  hypothetical protein  34.64 
 
 
463 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0801  hypothetical protein  35.78 
 
 
530 aa  230  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535256  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3902  hypothetical protein  34.35 
 
 
471 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2386  hypothetical protein  33.88 
 
 
449 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.164497  normal  0.439216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2054  hypothetical protein  32.32 
 
 
463 aa  220  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.254497  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4275  hypothetical protein  33.16 
 
 
455 aa  188  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5456  hypothetical protein  30.3 
 
 
453 aa  179  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2333  hypothetical protein  30.47 
 
 
427 aa  161  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.179446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2148  hypothetical protein  29.52 
 
 
460 aa  150  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000428746  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2219  hypothetical protein  28.89 
 
 
469 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0363094  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3912  hypothetical protein  27.91 
 
 
475 aa  143  8e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2323  hypothetical protein  29.51 
 
 
481 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.696472  decreased coverage  0.0026081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2880  hypothetical protein  33.03 
 
 
231 aa  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0937  hypothetical protein  29.34 
 
 
564 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2317  hypothetical protein  26.51 
 
 
572 aa  95.1  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0240  hypothetical protein  28.68 
 
 
440 aa  77  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4762  hypothetical protein  25.36 
 
 
464 aa  75.5  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3959  hypothetical protein  24.93 
 
 
514 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.134116  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4327  hypothetical protein  24.93 
 
 
513 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.547198 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01810  hypothetical protein  34.19 
 
 
187 aa  71.6  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0508  hypothetical protein  23.13 
 
 
580 aa  68.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.418611  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01144  hypothetical protein  24.07 
 
 
428 aa  62.4  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1078  hypothetical protein  24.37 
 
 
472 aa  56.6  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0113368  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1798  hypothetical protein  23.75 
 
 
508 aa  52  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693151  normal  0.113847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1519  hypothetical protein  23.14 
 
 
508 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2407  hypothetical protein  26.81 
 
 
441 aa  51.6  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.349259  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1517  hypothetical protein  23.14 
 
 
473 aa  51.2  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.541458 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1129  hypothetical protein  25.93 
 
 
514 aa  50.4  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0265862  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0622  hypothetical protein  21.76 
 
 
511 aa  46.2  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000219002  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0587  hypothetical protein  32.99 
 
 
518 aa  43.5  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.515589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>