102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0305 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_0305  frataxin-like protein  100 
 
 
108 aa  224  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0314  frataxin-like protein  100 
 
 
108 aa  224  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2721  frataxin-like protein  93.52 
 
 
108 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0386  frataxin-like protein  93.52 
 
 
108 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0365  frataxin-like protein  93.52 
 
 
108 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3485  frataxin-like protein  92.59 
 
 
109 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0287  frataxin-like protein  90.74 
 
 
108 aa  209  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105821  normal  0.61824 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2754  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3735  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.571505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3199  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.778991  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1895  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.89819  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3706  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3764  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351658  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3449  frataxin-like protein  86.11 
 
 
108 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3030  frataxin-like protein  84.26 
 
 
108 aa  197  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0353  frataxin-like protein  73.15 
 
 
105 aa  169  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838228 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3604  frataxin-like protein  72.22 
 
 
105 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0010997  hitchhiker  0.000000104783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2800  frataxin-like protein  71.15 
 
 
105 aa  166  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0670  frataxin family protein  52.29 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.211669  normal  0.139029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1138  iron donor protein CyaY  50.46 
 
 
110 aa  123  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.280189  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0779  frataxin-like  52.29 
 
 
116 aa  123  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0994  frataxin family protein  50.46 
 
 
110 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2977  frataxin-like protein  53.21 
 
 
113 aa  120  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0203  frataxin-like protein  49.06 
 
 
107 aa  116  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.59151  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3409  iron donor protein CyaY  52.34 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000205462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2917  frataxin-like  46.79 
 
 
109 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.344873  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3255  frataxin-like protein  51.82 
 
 
114 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0539  frataxin-like protein  47.17 
 
 
106 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3115  CyaY protein  49.53 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5583  iron donor protein CyaY  49.55 
 
 
112 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4013  frataxin-like protein  47.17 
 
 
106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814357  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2908  frataxin-like protein  50.91 
 
 
128 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00590139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0024  frataxin family protein  46.79 
 
 
109 aa  110  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4222  frataxin-like protein  49.53 
 
 
106 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0230  iron donor protein CyaY  46.23 
 
 
106 aa  108  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0193492  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0728  frataxin family protein  46.73 
 
 
109 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.492597  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0697  iron donor protein CyaY  46.73 
 
 
109 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4153  frataxin-like protein  48.6 
 
 
106 aa  106  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4329  frataxin-like protein  48.6 
 
 
106 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0181  iron donor protein CyaY  44.34 
 
 
106 aa  106  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.116047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4270  frataxin-like protein  47.66 
 
 
106 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4028  frataxin-like protein  47.66 
 
 
106 aa  103  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0346  frataxin-like  45.28 
 
 
108 aa  103  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0390  frataxin family protein  41.12 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3636  frataxin family protein  41.12 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.968946  normal  0.703584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0442  frataxin family protein  40.37 
 
 
111 aa  98.6  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0388  frataxin family protein  41.12 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.867162  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3977  frataxin-like protein  42.45 
 
 
106 aa  97.4  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.114453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3585  frataxin family protein  40.19 
 
 
109 aa  97.1  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4168  frataxin-like protein  42.45 
 
 
106 aa  96.7  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0203998  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3275  frataxin-like protein  47.22 
 
 
111 aa  95.9  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2396  frataxin-like protein  40.57 
 
 
104 aa  95.5  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.438011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3998  frataxin family protein  38.32 
 
 
109 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3976  frataxin family protein  38.32 
 
 
109 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4092  frataxin family protein  38.32 
 
 
109 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3899  iron donor protein CyaY  38.32 
 
 
109 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.14365 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00312  frataxin-like protein  40.57 
 
 
104 aa  94  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0485  iron donor protein CyaY  38.32 
 
 
109 aa  94  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184241  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4311  cyay protein  38.32 
 
 
107 aa  93.2  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002108  frataxin CyaY  39.62 
 
 
104 aa  92.8  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3137  frataxin-like protein  62.69 
 
 
111 aa  90.5  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0075  cyaY protein  40.74 
 
 
106 aa  89.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0375  frataxin family protein  37.14 
 
 
109 aa  90.1  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0208  frataxin-like  43.52 
 
 
105 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4131  frataxin family protein  36.45 
 
 
109 aa  88.2  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.86894 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4266  frataxin-like protein  44.86 
 
 
106 aa  87  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0389  frataxin-like protein  34.86 
 
 
111 aa  86.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03682  frataxin-like protein  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.166664  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4172  iron donor protein CyaY  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0793818  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3252  CyaY protein  37.96 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.684977 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4322  frataxin-like protein  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4200  frataxin-like protein  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.446633  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4172  frataxin-like protein  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0115981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4170  frataxin-like protein  44.86 
 
 
106 aa  85.9  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.120152  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03631  hypothetical protein  45.79 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.190762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3985  frataxin-like protein  45.37 
 
 
107 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0180  frataxin-like protein  40.57 
 
 
106 aa  85.1  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5245  frataxin-like protein  45.79 
 
 
106 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0084  iron donor protein CyaY  39.25 
 
 
125 aa  84.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107695 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0042  frataxin family protein  34.91 
 
 
105 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.175622  hitchhiker  0.00555697 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0124  frataxin-like protein  40 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0832  iron donor protein CyaY  39.25 
 
 
108 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0320  frataxin family protein  34.26 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0087  frataxin family protein  36.61 
 
 
126 aa  80.1  0.000000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6018  frataxin-like protein  40.37 
 
 
108 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.507932  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0227  CyaY protein  35.24 
 
 
116 aa  72.4  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47670  frataxin-like protein  35.78 
 
 
110 aa  71.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1712  frataxin-like protein  36.96 
 
 
102 aa  70.1  0.000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.663673  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5496  frataxin-like protein  37.23 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0227  cyaY protein  37.5 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0269  frataxin-like protein  32.29 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0180  frataxin-like protein  33.64 
 
 
110 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69640  frataxin-like protein  43.42 
 
 
111 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.735787  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0247  frataxin-like protein  32.91 
 
 
110 aa  59.3  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.568122  normal  0.591263 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5225  frataxin-like protein  31.65 
 
 
110 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.531989  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5134  frataxin-like protein  31.65 
 
 
110 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.42123  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5286  frataxin-like protein  37.74 
 
 
110 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63502  Frataxin homolog, mitochondrial precursor Contains: Frataxin homolog intermediate form  30.39 
 
 
165 aa  52  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.157875  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1852  iron donor protein CyaY  23.58 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2195  cyaY protein  23.58 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>