More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0228 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_0228  major facilitator transporter  100 
 
 
425 aa  791    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000132249  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3408  major facilitator transporter  90.31 
 
 
431 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000015695  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0236  major facilitator transporter  98.35 
 
 
423 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00013187  hitchhiker  0.000000000803869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0212  major facilitator transporter  84.63 
 
 
427 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000448649  unclonable  0.0000000000115228 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2797  major facilitator transporter  91.96 
 
 
427 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0004999  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0309  major facilitator transporter  91.96 
 
 
427 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000378785  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0289  major facilitator transporter  91.67 
 
 
427 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000369004  unclonable  0.0000000000514998 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3120  major facilitator family transporter  74.75 
 
 
422 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00127728  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1242  major facilitator transporter  67.51 
 
 
433 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3860  major facilitator transporter  74.7 
 
 
442 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0028  MFS permease  74.45 
 
 
422 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000623855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3799  major facilitator transporter  74.7 
 
 
433 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000291886  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0871  major facilitator transporter  54.48 
 
 
416 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1223  major facilitator transporter  42.71 
 
 
393 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38000  MFS permease  47.3 
 
 
401 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7383  major facilitator superfamily (MSF) transporter  45.74 
 
 
396 aa  262  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2509  major facilitator superfamily MFS_1  46.6 
 
 
402 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5605  major facilitator transporter  41.79 
 
 
405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.919705 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2790  MFS permease  46.27 
 
 
406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.68726  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5822  major facilitator transporter  41.79 
 
 
405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7020  major facilitator transporter  42.54 
 
 
405 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303658  normal  0.0738208 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3546  major facilitator transporter  43.49 
 
 
398 aa  253  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2763  major facilitator superfamily MFS_1  47.1 
 
 
402 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.689815  normal  0.779689 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5762  major facilitator transporter  42.89 
 
 
404 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1474  major facilitator transporter  42.29 
 
 
405 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00116593  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6354  major facilitator transporter  42.29 
 
 
405 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623556  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1589  major facilitator transporter  42.93 
 
 
395 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24766  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3754  major facilitator transporter  42.03 
 
 
407 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3062  transporter  39.9 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0534836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3302  transporter  39.9 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2393  major facilitator superfamily drug efflux transporter  41.71 
 
 
404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.988182  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4954  major facilitator transporter  40.43 
 
 
405 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960972  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3805  major facilitator transporter  48.96 
 
 
408 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0684  major facilitator family transporter  41.34 
 
 
400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.837842  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1982  major facilitator family transporter  41.86 
 
 
400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1033  major facilitator superfamily transporter  47.11 
 
 
413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.854206  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0591  major facilitator family transporter  41.86 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3304  major facilitator family transporter  41.6 
 
 
398 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3303  major facilitator superfamily MFS_1  45.8 
 
 
419 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00459923  normal  0.0115406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3138  major facilitator transporter  42.18 
 
 
398 aa  223  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2956  major facilitator superfamily MFS_1  45.61 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127266  hitchhiker  0.000719262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1438  major facilitator superfamily MFS_1  41.81 
 
 
447 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5502  major facilitator superfamily MFS_1  42.22 
 
 
388 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0812471  normal  0.0619637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3162  major facilitator superfamily MFS_1  42.22 
 
 
397 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0610  major facilitator transporter  38.13 
 
 
399 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0971506  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0160  major facilitator transporter  38.13 
 
 
399 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03770  major facilitator family (MFS) transporter  45.23 
 
 
401 aa  213  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2743  major facilitator transporter  38.31 
 
 
399 aa  210  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0608632  normal  0.943249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0643  major facilitator transporter  38.72 
 
 
385 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3729  major facilitator transporter  38.7 
 
 
399 aa  209  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2190  major facilitator transporter  35.71 
 
 
394 aa  209  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.637684  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2415  major facilitator transporter  41.71 
 
 
415 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0245324  normal  0.166892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0912  major facilitator transporter  41.58 
 
 
405 aa  198  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.973164  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1473  major facilitator transporter  41.55 
 
 
389 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2479  major facilitator transporter  45.77 
 
 
402 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.469359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2355  major facilitator transporter  44.42 
 
 
399 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.235883  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3566  major facilitator family transporter  43.36 
 
 
399 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0949  transporter  32.31 
 
 
406 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.800881  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1014  transporter  32.31 
 
 
406 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.32709  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1182  putative transporter  32.31 
 
 
403 aa  190  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000458101  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0257  major facilitator superfamily MFS_1  40.8 
 
 
403 aa  189  7e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.209561  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2654  major facilitator superfamily MFS_1  37.35 
 
 
399 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.400382  normal  0.458588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2208  major facilitator transporter  43.19 
 
 
399 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3539  major facilitator superfamily MFS_1  39.15 
 
 
415 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5649  major facilitator transporter  42.05 
 
 
400 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1197  major facilitator family transporter  39.44 
 
 
399 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3344  bicyclomycin resistance protein  32 
 
 
392 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1462  major facilitator transporter  38.46 
 
 
400 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.22661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3477  major facilitator transporter  41.15 
 
 
405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222248  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2274  major facilitator superfamily transporter  37.25 
 
 
411 aa  183  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.670451  hitchhiker  0.000000383306 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4137  major facilitator superfamily MFS_1  41.62 
 
 
389 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1860  major facilitator transporter  34.03 
 
 
403 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000002484  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0638  major facilitator superfamily MFS_1  34.69 
 
 
387 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2449  major facilitator transporter  40.59 
 
 
399 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1297  major facilitator superfamily MFS_1  35.54 
 
 
410 aa  179  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.807255 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2079  major facilitator transporter  36.86 
 
 
399 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.154057  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0970  major facilitator transporter  35.25 
 
 
395 aa  179  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.586357 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3455  major facilitator transporter  34.55 
 
 
399 aa  178  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1506  major facilitator transporter  35.82 
 
 
404 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3326  major facilitator superfamily MFS_1  35.96 
 
 
406 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3197  major facilitator transporter  34.55 
 
 
399 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3334  major facilitator transporter  34.55 
 
 
399 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3161  major facilitator transporter  36.84 
 
 
394 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02536  predicted transporter  37.2 
 
 
394 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2817  major facilitator family transporter  37.2 
 
 
394 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1026  major facilitator transporter  37.2 
 
 
394 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.164339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0275  major facilitator superfamily MFS_1  38.77 
 
 
413 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.434106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3925  major facilitator family transporter  37.2 
 
 
394 aa  176  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.51646 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0630  major facilitator transporter  42.82 
 
 
409 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0823424  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2989  major facilitator superfamily MFS_1  41.04 
 
 
423 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.409989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2964  major facilitator family transporter  36.94 
 
 
394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4478  major facilitator transporter  35.12 
 
 
407 aa  174  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.414241  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0024  major facilitator transporter  36.87 
 
 
383 aa  172  9e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0151304 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3465  MFS transporter  38.19 
 
 
405 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3428  major facilitator family transporter  38.36 
 
 
399 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2467  transporter, putative  38.36 
 
 
399 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1246  putative transporter  38.36 
 
 
399 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.580202  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2803  major facilitator family transporter  36.41 
 
 
394 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.188499  normal  0.0180883 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3465  major facilitator family transporter  38.36 
 
 
399 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0386  putative transporter  38.36 
 
 
399 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>