More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5953 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
315 aa  634    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  98.73 
 
 
315 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  90.79 
 
 
315 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  92.06 
 
 
315 aa  564  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  91.43 
 
 
315 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  91.43 
 
 
315 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  55.13 
 
 
320 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  55.13 
 
 
320 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  50 
 
 
311 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  48.21 
 
 
317 aa  295  8e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  49.35 
 
 
314 aa  294  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  50.17 
 
 
311 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  50.16 
 
 
342 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  49.68 
 
 
313 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  49.68 
 
 
312 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  50.16 
 
 
322 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  48.4 
 
 
317 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  47.56 
 
 
314 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  50.48 
 
 
318 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  46.98 
 
 
316 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  50.48 
 
 
318 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
321 aa  281  9e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 
318 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  47.3 
 
 
330 aa  275  7e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  46.98 
 
 
319 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  46.82 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  47.94 
 
 
320 aa  272  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 
313 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  45.08 
 
 
319 aa  266  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  51.63 
 
 
339 aa  265  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  48.57 
 
 
316 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  48.57 
 
 
316 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  48.57 
 
 
316 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
316 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  45.08 
 
 
321 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  45.08 
 
 
321 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  43.49 
 
 
325 aa  260  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  44.13 
 
 
326 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  46.95 
 
 
312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  46.79 
 
 
315 aa  256  4e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  46.18 
 
 
312 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  44.13 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  45.66 
 
 
324 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  46.5 
 
 
318 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  43.77 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
312 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
312 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  44.97 
 
 
318 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  44.01 
 
 
317 aa  241  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  43.85 
 
 
331 aa  240  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  46.13 
 
 
318 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  46.56 
 
 
312 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  46.05 
 
 
338 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  45.48 
 
 
311 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  45.48 
 
 
311 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  45.63 
 
 
310 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  45.72 
 
 
338 aa  230  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  42.9 
 
 
335 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
322 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  44 
 
 
334 aa  222  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 
332 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 
322 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  39.56 
 
 
349 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  40.94 
 
 
327 aa  209  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 
338 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  44.81 
 
 
338 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  43.69 
 
 
342 aa  203  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  39.31 
 
 
319 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  41.69 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 
387 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  39.67 
 
 
325 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 
357 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  38.7 
 
 
334 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  39.94 
 
 
327 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  45.18 
 
 
320 aa  194  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4365  AraC family transcriptional regulator  38.77 
 
 
324 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  39.88 
 
 
334 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 
328 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  37.89 
 
 
319 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  41.78 
 
 
321 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 
336 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  41.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2560  transcriptional regulator, AraC family  44.31 
 
 
333 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  35.74 
 
 
354 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  39.43 
 
 
327 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  41.69 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  41.88 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  38.56 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  41.88 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 
344 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
344 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>