44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5429 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5429  DOPA 45-dioxygenase  100 
 
 
117 aa  238  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4881  aromatic ring-cleaving dioxygenase-like protein  98.28 
 
 
117 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.290498  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0102  aromatic ring-cleaving dioxygenase-like  89.66 
 
 
136 aa  214  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5557  aromatic ring-cleaving dioxygenase-like protein  87.93 
 
 
117 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5303  aromatic ring-cleaving dioxygenase-like protein  87.93 
 
 
117 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4715  DOPA 45-dioxygenase  87.93 
 
 
117 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3249  DOPA 45-dioxygenase  81.2 
 
 
117 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2245  hypothetical protein  73.04 
 
 
117 aa  184  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.68606  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3057  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2932  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1270  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0983  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917936  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2245  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1288  DOPA 4,5-dioxygenase  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1964  hypothetical protein  70.43 
 
 
117 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5451  DOPA 45-dioxygenase  67.27 
 
 
112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0418054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7107  Dopa 45-dioxygenase  66.96 
 
 
116 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.878058  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0224  putative dioxygenase  66.96 
 
 
116 aa  160  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2138  Dopa 45-dioxygenase  45.3 
 
 
116 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70015 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2658  DOPA-dioxygenase-like  44.25 
 
 
120 aa  105  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0163  hypothetical protein  45.79 
 
 
110 aa  103  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.233913  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0081  hypothetical protein  42.24 
 
 
123 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341198  hitchhiker  0.000339661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00410  putative dioxygenase  44.35 
 
 
125 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3216  hypothetical protein  48.51 
 
 
132 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0096  DOPA 4,5-dioxygenase  44.04 
 
 
110 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3138  hypothetical protein  42.74 
 
 
124 aa  98.6  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.471828  decreased coverage  0.00930888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0035  dopa 4,5-dioxygenase  42.61 
 
 
125 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0215017  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1425  DOPA 45-dioxygenase  44.44 
 
 
120 aa  97.8  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.509648 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2296  Dopa 45-dioxygenase  49.51 
 
 
142 aa  97.4  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.109564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0096  DOPA 45-dioxygenase  43.12 
 
 
110 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000400546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0099  DOPA 45-dioxygenase  44.04 
 
 
110 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000561986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0029  hypothetical protein  43.27 
 
 
108 aa  94  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.313279  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1688  Dopa 45-dioxygenase  44.86 
 
 
115 aa  93.6  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1678  hypothetical protein  39.81 
 
 
117 aa  88.6  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0838  hypothetical protein  39.18 
 
 
120 aa  82.8  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.457357  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2621  hypothetical protein  37.62 
 
 
111 aa  80.5  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3645  Dopa 45-dioxygenase  39.05 
 
 
246 aa  73.6  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.177178 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0614  aromatic ring-cleaving dioxygenase-like protein  37.38 
 
 
143 aa  64.7  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.412688  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05556  4,5-dioxygenase  28.12 
 
 
106 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001586  aromatic ring-cleaving dioxygenase  29.17 
 
 
106 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0315  hypothetical protein  33.66 
 
 
109 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04806  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 
188 aa  54.7  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.612682 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_29052  predicted protein  29.63 
 
 
165 aa  52  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30848  predicted protein  30.25 
 
 
178 aa  51.2  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.91244 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>