More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3839 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2752  lysine transporter  62.68 
 
 		 503 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970075  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1448  amino acid permease-associated region  66.53 
 
 		 511 aa  663    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0115525  hitchhiker  0.00101809 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1492  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0314529 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2757  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3806  amino acid permease-associated region  72.58 
 
 		 511 aa  732    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02085  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0635265  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1502  amino acid permease-associated region  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000366881  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3583  amino acid permease-associated region  93.24 
 
 		 520 aa  941    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.542229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2303  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0126674 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3839  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 513 aa  1026    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.301841 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2435  lysine transporter  65 
 
 		 489 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1758  lysine-specific permease transmembrane protein  66.4 
 
 		 512 aa  664    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101162  normal  0.222113 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2391  lysine transporter  65 
 
 		 489 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2418  lysine transporter  66.18 
 
 		 490 aa  663    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4997  amino acid permease-associated region  72.28 
 
 		 526 aa  740    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3450  amino acid permease-associated region  72.91 
 
 		 526 aa  743    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61250  APC family lysine-specific permease  66.11 
 
 		 487 aa  661    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.405295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3945  amino acid permease-associated region  93.24 
 
 		 520 aa  941    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4637  amino acid permease-associated region  90.2 
 
 		 509 aa  907    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.731379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3292  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  644    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0579936  normal  0.854577 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1537  lysine transporter  62.68 
 
 		 503 aa  652    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.807023  normal  0.123045 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2291  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2453  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0172  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5271  amino acid permease-associated region  72.78 
 
 		 526 aa  738    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5011  amino acid permease-associated region  70.75 
 
 		 514 aa  734    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.677067 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2323  lysine transporter  65.77 
 
 		 492 aa  654    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02044  hypothetical protein  63.96 
 
 		 489 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0708606  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1489  amino acid permease-associated region  66.13 
 
 		 511 aa  662    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00379868  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3715  amino acid permease-associated region  71 
 
 		 538 aa  734    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0410363 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2594  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2439  lysine transporter  65 
 
 		 489 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3599  amino acid permease-associated region  72.19 
 
 		 511 aa  725    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1010  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2737  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.279115  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2549  lysine transporter  65 
 
 		 489 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163669 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0379  amino acid transporter  72.21 
 
 		 526 aa  733    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.139964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2346  lysine transporter  65 
 
 		 489 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00075881  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3224  lysine transporter  64.95 
 
 		 493 aa  656    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000298398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2141  amino acid transporter  96.85 
 
 		 510 aa  969    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.109603 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2396  amino acid transporter  71.81 
 
 		 511 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.953097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0810  lysine transporter  63.96 
 
 		 489 aa  645    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1344  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2670  lysine transporter  62.68 
 
 		 503 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0464  lysine-specific permease  71.07 
 
 		 520 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5274  lysine-specific permease  66.39 
 
 		 487 aa  662    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4928  lysine-specific permease  65.46 
 
 		 510 aa  637    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.382341  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3096  amino acid permease-associated region  72.78 
 
 		 526 aa  738    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0199  lysine-specific permease  71.49 
 
 		 520 aa  719    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4422  amino acid permease-associated region  93.24 
 
 		 520 aa  941    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4648  amino acid permease-associated region  71 
 
 		 538 aa  734    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3322  amino acid permease-associated region  97.47 
 
 		 511 aa  974    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.427023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4631  amino acid permease-associated region  70.22 
 
 		 526 aa  729    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5455  amino acid permease-associated region  72.19 
 
 		 536 aa  726    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.402528  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1658  lysine transporter  62.86 
 
 		 491 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0271465  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1929  lysine transporter  62.66 
 
 		 491 aa  629  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.148093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4318  amino acid permease-associated region  62.7 
 
 		 493 aa  623  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.193493  normal  0.498738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1404  amino acid permease-associated region  59.18 
 
 		 506 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0393  lysine-specific permease  58.93 
 
 		 492 aa  593  1e-168  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.449766  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1856  amino acid permease-associated region  60.34 
 
 		 493 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1932  amino acid permease-associated region  57.05 
 
 		 490 aa  569  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00030899  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1449  amino acid permease-associated region  58.4 
 
 		 507 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0168502  hitchhiker  0.00111111 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1757  lysine-specific permease transmembrane protein  59.01 
 
 		 509 aa  568  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1490  amino acid permease-associated region  57.77 
 
 		 507 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819363  normal  0.294594 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2051  amino acid permease-associated region  55.03 
 
 		 488 aa  560  1e-158  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.111812  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2247  amino acid permease-associated region  56.67 
 
 		 496 aa  557  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3071  lysine-specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  552  1e-156  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3104  lysine-specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  551  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2834  lysine specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  553  1e-156  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3102  lysine-specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  553  1e-156  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00351231  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2794  lysine specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  553  1e-156  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.689488  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3085  lysine-specific permease  54.23 
 
 		 488 aa  551  1e-156  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2176  lysine-specific permease  54.43 
 
 		 488 aa  551  1e-155  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2856  amino acid permease-associated region  54.43 
 
 		 488 aa  549  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0658699  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2862  lysine-specific permease  53.81 
 
 		 488 aa  549  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.456947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3076  lysine-specific permease  54.02 
 
 		 488 aa  551  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.121364  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00990  amino acid transporter  54.07 
 
 		 500 aa  524  1e-147  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3635  amino acid permease-associated region  53 
 
 		 527 aa  514  1e-144  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0954  lysine-specific permease  53.93 
 
 		 496 aa  514  1e-144  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1500  amino acid permease-associated region  52.6 
 
 		 491 aa  505  9.999999999999999e-143  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00425052  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1849  amino acid transporter  52.65 
 
 		 479 aa  508  9.999999999999999e-143  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.682086  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1821  lysine-specific permease  50.84 
 
 		 489 aa  488  1e-137  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1369  putative lysine-specific permease  48.58 
 
 		 489 aa  472  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000742881  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1182  lysine-specific permease  48.37 
 
 		 489 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000326455  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0412  amino acid transporter  48.83 
 
 		 477 aa  460  9.999999999999999e-129  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000422224  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2505  amino acid transporter  46.5 
 
 		 488 aa  460  9.999999999999999e-129  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.187909  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1739  amino acid permease-associated region  49.9 
 
 		 497 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000499031  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1773  amino acid permease-associated region  49.9 
 
 		 497 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00284908  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1245  amino acid permease family protein  47.13 
 
 		 500 aa  436  1e-121  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000163371  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0918  amino acid permease-associated region  46.95 
 
 		 500 aa  429  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.171543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2751  amino acid permease-associated region  45.99 
 
 		 505 aa  420  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1421  amino acid permease-associated region  40.92 
 
 		 484 aa  379  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000107039  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1394  amino acid permease-associated region  40.92 
 
 		 484 aa  379  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000062877  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0902  amino acid permease family protein  43.42 
 
 		 482 aa  361  2e-98  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0966568  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2998  amino acid permease family protein  41.86 
 
 		 474 aa  359  6e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000785062  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2735  amino acid permease; arginine permease  41.82 
 
 		 478 aa  359  6e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.73019e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3034  amino acid permease family protein  42.62 
 
 		 513 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000778692  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2996  amino acid permease family protein  42.41 
 
 		 474 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.65935e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2247  amino acid permease family protein  42.74 
 
 		 474 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000872443  hitchhiker  0.000241281 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2716  amino acid permease; arginine permease  43.04 
 
 		 474 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000134476  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>