More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2435 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_0965  amino acid permease  84.5 
 
 
458 aa  746    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.307962  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2542  amino acid permease-associated region  96.3 
 
 
468 aa  852    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.072849  hitchhiker  0.000000187345 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0961  amino acid permease  84.28 
 
 
458 aa  743    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0130325  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1116  putative amino acid permease  84.06 
 
 
458 aa  760    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00419604  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1474  amino acid permease-associated region  71.93 
 
 
466 aa  665    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7638  amino acid transporter  71.99 
 
 
471 aa  658    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5849  amino acid tranporter  96.3 
 
 
468 aa  855    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0897353  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0764  amino acid permease  84.97 
 
 
459 aa  753    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00283351  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1906  amino acid permease-associated region  96.51 
 
 
468 aa  837    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0778  amino acid permease-associated region  94.55 
 
 
459 aa  837    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000191037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2565  amino acid permease-associated region  98.47 
 
 
459 aa  891    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.573065  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2435  amino acid permease-associated region  100 
 
 
459 aa  899    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0155643  unclonable  0.0000000000341886 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2517  amino acid permease-associated region  96.3 
 
 
468 aa  835    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0972613  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5191  amino acid permease  70.04 
 
 
475 aa  633  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.347235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2073  amino acid permease-associated region  66.52 
 
 
472 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2975  amino acid permease  64.66 
 
 
476 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3100  amino acid permease  64.44 
 
 
476 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.62868  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1324  amino acid transporter  64.44 
 
 
476 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2283  amino acid permease  64.44 
 
 
476 aa  557  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37630  putative amino acid permease  62.06 
 
 
468 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0477097  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2166  amino acid permease-associated region  63.66 
 
 
462 aa  541  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.187874  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3209  putative amino acid permease  62.89 
 
 
468 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2172  amino acid permease-associated region  63.27 
 
 
477 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.722417 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3087  amino acid permease-associated region  55.6 
 
 
466 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0750084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2830  amino acid permease-associated region  49.33 
 
 
488 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.510786  normal  0.137623 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0577  amino acid permease  83.93 
 
 
224 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0683  amino acid permease-associated region  47.91 
 
 
455 aa  335  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.65026  normal  0.866851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  38.53 
 
 
460 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  38.53 
 
 
460 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  38.53 
 
 
460 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  38.53 
 
 
460 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  38.43 
 
 
471 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  39.6 
 
 
471 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  39.38 
 
 
471 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  37.45 
 
 
485 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  36.26 
 
 
463 aa  311  1e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  39.95 
 
 
472 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  37.72 
 
 
461 aa  309  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  37.23 
 
 
485 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  38.62 
 
 
459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  37.58 
 
 
461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  36.49 
 
 
463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  36.56 
 
 
462 aa  307  3e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  39.33 
 
 
472 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  39.33 
 
 
472 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  39.11 
 
 
472 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  36.26 
 
 
463 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  37.67 
 
 
447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  37.67 
 
 
447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  37.67 
 
 
447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  36.04 
 
 
463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  35.94 
 
 
463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  36.04 
 
 
463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  36.04 
 
 
463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  36.04 
 
 
463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0470  phenylalanine transporter  37.47 
 
 
458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  36.04 
 
 
463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  36.04 
 
 
463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1763  aromatic amino acid transport protein AroP  38.69 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.99301  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1110  aromatic amino acid transport protein AroP  38.69 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0666  aromatic amino acid transport protein  38.69 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.181372  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0799  aromatic amino acid transport protein AroP  38.69 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.578229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  39.32 
 
 
468 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  36.04 
 
 
463 aa  302  9e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00537  phenylalanine transporter  37.47 
 
 
458 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1186  aromatic amino acid transport protein AroP  38.69 
 
 
461 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00526  hypothetical protein  37.47 
 
 
458 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2394  aromatic amino acid transport protein  38.69 
 
 
461 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0594  phenylalanine transporter  37.47 
 
 
458 aa  301  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.454121  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3070  phenylalanine transporter  37.47 
 
 
470 aa  302  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0623  phenylalanine transporter  37.47 
 
 
458 aa  301  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0943118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  39.64 
 
 
473 aa  301  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  35.18 
 
 
464 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3053  amino acid permease-associated region  37.25 
 
 
470 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0620  phenylalanine transporter  36.59 
 
 
464 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.455988 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0735  phenylalanine transporter  36.59 
 
 
464 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0613  phenylalanine transporter  36.59 
 
 
464 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0556  amino acid permease-associated region  35.02 
 
 
472 aa  299  7e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0669  phenylalanine transporter  36.59 
 
 
464 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.674612  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0657  phenylalanine transporter  37.25 
 
 
470 aa  299  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0679  phenylalanine transporter  36.59 
 
 
464 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0594  phenylalanine transporter  37.25 
 
 
458 aa  298  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1059  phenylalanine transporter  37.5 
 
 
462 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0544  amino acid permease-associated region  35.02 
 
 
472 aa  297  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  39.16 
 
 
468 aa  295  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1325  amino acid permease-associated region  35.12 
 
 
452 aa  294  2e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00135796  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  39.16 
 
 
468 aa  295  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  39.16 
 
 
468 aa  295  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3501  amino acid permease-associated region  37 
 
 
461 aa  294  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  38.93 
 
 
468 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  38.93 
 
 
468 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  38.93 
 
 
468 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  38.93 
 
 
468 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0554  amino acid ABC transporter permease  35.02 
 
 
473 aa  292  1e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000103812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0772  amino acid ABC transporter, permease protein  35.55 
 
 
475 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0610  amino acid ABC transporter permease  34.8 
 
 
475 aa  289  8e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0555  amino acid ABC transporter permease  34.8 
 
 
473 aa  289  8e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000183711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0643  amino acid ABC transporter permease  34.8 
 
 
475 aa  289  8e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0105569  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0711  amino acid ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 
473 aa  289  9e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00282515  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  35.46 
 
 
467 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>