57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7740 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  100 
 
 
144 aa  282  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  82.64 
 
 
144 aa  218  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  84.17 
 
 
143 aa  216  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  79.17 
 
 
144 aa  206  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  79.41 
 
 
150 aa  200  7e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  76.52 
 
 
142 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  64.34 
 
 
149 aa  186  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  64.34 
 
 
149 aa  186  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  66.43 
 
 
149 aa  183  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  70.34 
 
 
145 aa  183  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  73.88 
 
 
143 aa  183  9e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  66.41 
 
 
139 aa  176  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  69.47 
 
 
142 aa  174  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  75.76 
 
 
144 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  63.5 
 
 
136 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  66.67 
 
 
143 aa  159  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  58.27 
 
 
156 aa  157  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  57.25 
 
 
140 aa  153  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  53.38 
 
 
144 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  54.14 
 
 
173 aa  144  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  57.6 
 
 
145 aa  141  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  59.68 
 
 
146 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  59.68 
 
 
145 aa  140  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  51.91 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  56.9 
 
 
141 aa  133  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  51.52 
 
 
154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  47.33 
 
 
145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  45.8 
 
 
142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  45.59 
 
 
154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  45.11 
 
 
154 aa  123  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
148 aa  123  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  43.7 
 
 
154 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  44.36 
 
 
154 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  44.36 
 
 
154 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  44.36 
 
 
154 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.36 
 
 
154 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.36 
 
 
154 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  44.36 
 
 
154 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  52.76 
 
 
144 aa  118  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  53.44 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  43.41 
 
 
150 aa  118  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  43.61 
 
 
158 aa  118  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  43.61 
 
 
154 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  42.86 
 
 
154 aa  117  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  43.41 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  48.91 
 
 
150 aa  113  7.999999999999999e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  42.14 
 
 
138 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  44.44 
 
 
127 aa  101  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  45.74 
 
 
158 aa  100  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  34.81 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
139 aa  82  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.64 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  33.01 
 
 
461 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  25.64 
 
 
157 aa  49.3  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1640  hypothetical protein  32.39 
 
 
157 aa  44.3  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>