More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6776 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  72.54 
 
 		 669 aa  949    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6776  DNA primase  100 
 
 		 671 aa  1360    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  72.07 
 
 		 683 aa  960    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  73.72 
 
 		 680 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  71.99 
 
 		 685 aa  965    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  57.51 
 
 		 639 aa  723    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  52.67 
 
 		 665 aa  639    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  49.93 
 
 		 647 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  50.61 
 
 		 629 aa  590  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  50.15 
 
 		 641 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  49.92 
 
 		 641 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  52.78 
 
 		 629 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  49.7 
 
 		 642 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  48.22 
 
 		 639 aa  571  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  53.33 
 
 		 627 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  47.28 
 
 		 681 aa  559  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  47.42 
 
 		 655 aa  561  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  46.98 
 
 		 656 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2441  DNA primase  61.88 
 
 		 634 aa  530  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0792467  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  43.11 
 
 		 678 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  44.12 
 
 		 669 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  56.98 
 
 		 633 aa  521  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  42.62 
 
 		 646 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  44.2 
 
 		 671 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  43.11 
 
 		 666 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2316  DNA primase  46.85 
 
 		 633 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102416  normal  0.0205007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  44.88 
 
 		 623 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  51.22 
 
 		 625 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4263  DNA primase  48.58 
 
 		 641 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.664624 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  50.24 
 
 		 646 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  42.67 
 
 		 643 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  42.67 
 
 		 621 aa  384  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2050  DNA primase  42.31 
 
 		 643 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.279269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2130  DNA primase  40.89 
 
 		 613 aa  380  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.281855 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  47.06 
 
 		 654 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  46.71 
 
 		 646 aa  378  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  42.1 
 
 		 669 aa  376  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2883  DNA primase  40.83 
 
 		 620 aa  375  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.257666  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  45.74 
 
 		 650 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.9199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  45.61 
 
 		 613 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  43.1 
 
 		 582 aa  327  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  43.1 
 
 		 582 aa  327  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  43.1 
 
 		 582 aa  327  5e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  42.62 
 
 		 584 aa  325  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  43.65 
 
 		 619 aa  321  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0806  DNA primase  37.9 
 
 		 639 aa  320  3.9999999999999996e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  42.37 
 
 		 582 aa  319  7.999999999999999e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  42.37 
 
 		 581 aa  319  9e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0861  DNA primase  41.85 
 
 		 609 aa  319  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925176  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  318  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  41.65 
 
 		 584 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  41.65 
 
 		 581 aa  317  4e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  43.72 
 
 		 663 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  43.72 
 
 		 664 aa  316  9e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  41.4 
 
 		 581 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  41.4 
 
 		 581 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2708  DNA primase  36.86 
 
 		 549 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  45.02 
 
 		 638 aa  312  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  41.65 
 
 		 584 aa  312  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  43.6 
 
 		 655 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  41.4 
 
 		 584 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  42.89 
 
 		 652 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  46.58 
 
 		 660 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  46.58 
 
 		 660 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  43.13 
 
 		 651 aa  306  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  41.53 
 
 		 609 aa  306  6e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  42.14 
 
 		 656 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  38.28 
 
 		 660 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  46.58 
 
 		 660 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  40.7 
 
 		 588 aa  303  9e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  43.13 
 
 		 663 aa  301  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  45.56 
 
 		 576 aa  301  4e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  39.71 
 
 		 581 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  39.71 
 
 		 581 aa  300  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  39.71 
 
 		 581 aa  300  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  39.71 
 
 		 581 aa  300  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  39.71 
 
 		 581 aa  300  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  43.55 
 
 		 577 aa  300  8e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  43.55 
 
 		 577 aa  299  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  40.74 
 
 		 586 aa  298  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  39.86 
 
 		 586 aa  297  4e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  44.36 
 
 		 617 aa  296  8e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  42.3 
 
 		 583 aa  295  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  41.11 
 
 		 571 aa  295  3e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  41.19 
 
 		 579 aa  293  7e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  39.86 
 
 		 585 aa  293  8e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0348  DNA primase  37.36 
 
 		 582 aa  291  2e-77  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  42.96 
 
 		 594 aa  291  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  43.07 
 
 		 645 aa  290  4e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  38.41 
 
 		 576 aa  291  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  39.72 
 
 		 601 aa  289  9e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  38.27 
 
 		 575 aa  289  9e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  40.68 
 
 		 574 aa  289  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  40.68 
 
 		 574 aa  289  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0641  DNA primase  42.51 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>