59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6136 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6136  hypothetical protein  100 
 
 
277 aa  558  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0160377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0746  roadblock/LC7 family protein  50.91 
 
 
122 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000852745 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2813  roadblock/LC7 family protein  47.06 
 
 
120 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.581423  hitchhiker  0.00000177948 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3625  Roadblock/LC7 family protein  49.09 
 
 
122 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3607  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2108  roadblock/LC7 family protein  42.86 
 
 
120 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.854145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0335  roadblock/LC7 family protein  50 
 
 
122 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0658  roadblock/LC7 family protein  42.02 
 
 
120 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1325  roadblock/LC7 family protein  43.31 
 
 
230 aa  99.4  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.0893662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4464  roadblock/LC7 family protein  45.69 
 
 
122 aa  96.3  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000238567  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1488  roadblock/LC7 domain-contain protein  42.86 
 
 
120 aa  95.9  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000487371  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2578  roadblock/LC7 domain protein  41.18 
 
 
120 aa  93.2  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2208  Roadblock/LC7 family protein  41.18 
 
 
120 aa  93.2  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.518676  normal  0.172353 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5249  Roadblock/LC7 family protein  41.96 
 
 
119 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.955788  normal  0.810313 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2399  Roadblock/LC7 family protein  38.84 
 
 
122 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315858  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0078  Roadblock/LC7 family protein  38.18 
 
 
119 aa  73.6  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.160642  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1333  Roadblock/LC7 family protein  39 
 
 
119 aa  73.2  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0367  roadblock/LC7 family protein  37.39 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.629911 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1029  roadblock/LC7 family protein  30.36 
 
 
114 aa  68.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7582  hypothetical protein  45 
 
 
409 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117835  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5639  putative CheA signal transduction histidine kinase  46.05 
 
 
496 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.495169  normal  0.277349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6846  hypothetical protein  46.88 
 
 
414 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0565  Roadblock/LC7 family protein  31.91 
 
 
141 aa  59.3  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0963  hypothetical protein  42.25 
 
 
493 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.373348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1000  hypothetical protein  42.25 
 
 
492 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1331  hypothetical protein  42.65 
 
 
540 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0941  hypothetical protein  46.67 
 
 
493 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0401  roadblock/LC7 domain protein  32.22 
 
 
136 aa  57.4  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0380  roadblock/LC7 family protein  27.27 
 
 
125 aa  56.6  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4773  hypothetical protein  41.18 
 
 
534 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.43696  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1006  hypothetical protein  43.75 
 
 
634 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0103184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3893  hypothetical protein  41.18 
 
 
541 aa  55.8  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0724599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0036  hypothetical protein  40.62 
 
 
460 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1124  hypothetical protein  43.48 
 
 
518 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2964  hypothetical protein  43.48 
 
 
540 aa  53.5  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.209259  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1016  roadblock/LC7 family protein  26.79 
 
 
114 aa  52.4  0.000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2217  roadblock/LC7 domain-contain protein  30.77 
 
 
131 aa  52.4  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.129735  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1692  roadblock/LC7 family protein  26.79 
 
 
114 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0989  roadblock/LC7 family protein  26.79 
 
 
114 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0695  roadblock/LC7 family protein  28.95 
 
 
114 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3912  roadblock/LC7 family protein  27.27 
 
 
130 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3233  roadblock/LC7 family protein  28 
 
 
123 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.589466 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0274  Roadblock/LC7 family protein  27.45 
 
 
148 aa  50.4  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0957  roadblock/LC7 family protein  25.89 
 
 
114 aa  49.7  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1432  hypothetical protein  25.66 
 
 
149 aa  46.2  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.645173  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0254  roadblock/LC7 family protein  28 
 
 
125 aa  46.2  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2067  Roadblock/LC7 family protein  26.02 
 
 
142 aa  45.8  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4888  roadblock/LC7 family protein  30.09 
 
 
137 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.629663  normal  0.016898 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3668  Roadblock/LC7 family protein  31.13 
 
 
139 aa  44.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0812413  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1617  roadblock/LC7 domain-contain protein  36.71 
 
 
119 aa  44.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2155  Roadblock/LC7 family protein  28.16 
 
 
125 aa  44.3  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3273  Roadblock/LC7 family protein  21.95 
 
 
143 aa  43.9  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3542  hypothetical protein  33.73 
 
 
715 aa  43.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652953  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02260  hypothetical protein  24.79 
 
 
136 aa  43.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.591934 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2446  Roadblock/LC7 family protein  29.25 
 
 
165 aa  42.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2615  hypothetical protein  34.12 
 
 
766 aa  42.7  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4122  Roadblock/LC7 family protein  31.9 
 
 
131 aa  42.7  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881937  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4223  roadblock/LC7 family protein  31 
 
 
115 aa  42.4  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3088  hypothetical protein  32.89 
 
 
836 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671976  normal  0.139652 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3345  hypothetical protein  32.89 
 
 
841 aa  42  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172568  decreased coverage  0.00479246 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>