127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6021 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6021  hypothetical protein  100 
 
 
190 aa  360  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0925231  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1040  hypothetical protein  59.9 
 
 
233 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.390352  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2089  hypothetical protein  57.81 
 
 
235 aa  190  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.457798  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1963  hypothetical protein  56.12 
 
 
233 aa  189  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3654  putative nodulin-related protein  58.85 
 
 
233 aa  189  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2446  hypothetical protein  53.65 
 
 
228 aa  188  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0274755  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3122  protein of unknown function DUF125 transmembrane  53.4 
 
 
231 aa  187  9e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0169  hypothetical protein  54.69 
 
 
230 aa  184  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3927  hypothetical protein  57.29 
 
 
233 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0273  hypothetical protein  52.6 
 
 
231 aa  183  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04429  conserved mebrane associated protein  52.36 
 
 
231 aa  183  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0163  protein of unknown function DUF125 transmembrane  56.25 
 
 
232 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1998  hypothetical protein  51.3 
 
 
242 aa  180  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0347825  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1569  hypothetical protein  53.12 
 
 
229 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00144859  normal  0.688354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1290  integral membrane protein  51.31 
 
 
233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.703645  normal  0.502093 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4657  hypothetical protein  56.77 
 
 
231 aa  174  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262976  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1938  hypothetical protein  54.17 
 
 
239 aa  174  7e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0601853  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3717  hypothetical protein  51.31 
 
 
233 aa  173  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.752058  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3399  protein of unknown function DUF125 transmembrane  52.36 
 
 
234 aa  171  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.233589 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5214  hypothetical protein  58.64 
 
 
231 aa  169  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4471  hypothetical protein  43.98 
 
 
229 aa  169  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2740  hypothetical protein  54.17 
 
 
233 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4169  protein of unknown function DUF125 transmembrane  57.59 
 
 
231 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0802  protein of unknown function DUF125 transmembrane  48.19 
 
 
236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4695  hypothetical protein  58.12 
 
 
231 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.635203  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1872  hypothetical protein  57.29 
 
 
231 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00204012  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4967  hypothetical protein  53.16 
 
 
231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.794952  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2462  hypothetical protein  53.12 
 
 
230 aa  162  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2119  hypothetical protein  56.41 
 
 
229 aa  158  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00934524  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4376  hypothetical protein  53.61 
 
 
211 aa  154  9e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2082  hypothetical protein  45.55 
 
 
233 aa  153  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00637879  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2712  hypothetical protein  50.79 
 
 
235 aa  151  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808274  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3014  hypothetical protein  50.26 
 
 
235 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00253344 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0698  hypothetical protein  43.98 
 
 
233 aa  150  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2425  hypothetical protein  56.02 
 
 
231 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.222934  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3035  hypothetical protein  48.19 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.644185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0099  putative nodulin-related protein  51.61 
 
 
160 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1537  hypothetical protein  51.81 
 
 
235 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0025  hypothetical protein  46.07 
 
 
239 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1253  hypothetical protein  55.04 
 
 
235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2210  protein of unknown function DUF125 transmembrane  45.08 
 
 
246 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303449  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0332  protein of unknown function DUF125 transmembrane  49.74 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.361315  normal  0.131198 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0153  integral membrane protein  49.74 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.679008  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5110  protein of unknown function DUF125 transmembrane  48.32 
 
 
238 aa  125  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5187  hypothetical protein  46.11 
 
 
166 aa  121  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1833  protein of unknown function DUF125 transmembrane  44.56 
 
 
242 aa  118  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3365  hypothetical protein  50.79 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.625585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5552  hypothetical protein  46.52 
 
 
237 aa  116  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1509  hypothetical protein  35.48 
 
 
227 aa  112  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0134552  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0493  hypothetical protein  36.65 
 
 
228 aa  108  5e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000147965  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1084  hypothetical protein  43.62 
 
 
241 aa  107  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0429154  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19590  uncharacterized membrane protein  41.28 
 
 
232 aa  107  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.927854  normal  0.04221 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1508  hypothetical protein  38.71 
 
 
230 aa  104  8e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00139077  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1411  hypothetical protein  43.23 
 
 
243 aa  102  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0652587  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1566  hypothetical protein  31.41 
 
 
226 aa  100  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.332495  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1567  hypothetical protein  35.6 
 
 
229 aa  99.4  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.537256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0592  hypothetical protein  34.95 
 
 
227 aa  98.2  7e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000251129  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1077  hypothetical protein  42.75 
 
 
245 aa  97.1  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.040986  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0798  hypothetical protein  36.46 
 
 
226 aa  96.7  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00535616  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36050  uncharacterized membrane protein  40.43 
 
 
240 aa  92.8  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.787149  normal  0.459993 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5770  hypothetical protein  36.87 
 
 
357 aa  91.3  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0236  hypothetical protein  45.76 
 
 
343 aa  90.9  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0494  hypothetical protein  35.14 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.167313  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1618  hypothetical protein  37.43 
 
 
376 aa  89.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524945  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0836  protein of unknown function DUF125 transmembrane  40.46 
 
 
233 aa  88.2  7e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.30782  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5704  protein of unknown function DUF125 transmembrane  38.93 
 
 
265 aa  86.7  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1741  protein of unknown function DUF125 transmembrane  35.75 
 
 
229 aa  86.7  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5265  hypothetical protein  36.72 
 
 
374 aa  85.5  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.716255  normal  0.0847369 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5039  protein of unknown function DUF125 transmembrane  38.6 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.144378 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0752  hypothetical protein  40.54 
 
 
371 aa  82.4  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.575838  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4934  hypothetical protein  41.03 
 
 
270 aa  80.5  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0131166  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0211  protein of unknown function DUF125 transmembrane  40.1 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0482  hypothetical protein  30.46 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0454361  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1793  hypothetical protein  30.46 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0710  hypothetical protein  39.31 
 
 
372 aa  77.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.441987  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1320  hypothetical protein  36.49 
 
 
237 aa  77.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230604  normal  0.0897781 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0481  hypothetical protein  32.81 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00758654  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1792  hypothetical protein  32.81 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2945  hypothetical protein  41.22 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.731453  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14200  hypothetical protein  41.03 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0969777 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0746  protein of unknown function DUF125 transmembrane  38.51 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.734592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0747  protein of unknown function DUF125 transmembrane  38.51 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0141065  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2869  protein of unknown function DUF125 transmembrane  35.81 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.016157  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2329  protein of unknown function DUF125 transmembrane  30.14 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.497478  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3979  protein of unknown function DUF125 transmembrane  38.51 
 
 
238 aa  72  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.370898  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0145  protein of unknown function DUF125 transmembrane  29.95 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.937681  normal  0.466486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1363  hypothetical protein  37.16 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2727  hypothetical protein  32.48 
 
 
244 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.84111 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0272  hypothetical protein  48.25 
 
 
243 aa  67  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.2315  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1566  protein of unknown function DUF125 transmembrane  26.13 
 
 
227 aa  66.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3434  hypothetical protein  31.21 
 
 
245 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.195788  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3497  hypothetical protein  31.21 
 
 
245 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3445  hypothetical protein  31.21 
 
 
245 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.997991  normal  0.347741 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0431  protein of unknown function DUF125 transmembrane  41.15 
 
 
254 aa  63.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.748606  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3418  hypothetical protein  29.23 
 
 
231 aa  61.2  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258181  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3006  CCC1-related iron/manganese transporter component  27.18 
 
 
236 aa  60.1  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4534  hypothetical protein  33.11 
 
 
249 aa  59.3  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0182642 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01320  uncharacterized membrane protein  33.82 
 
 
365 aa  58.2  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2681  protein of unknown function DUF125 transmembrane  34.38 
 
 
232 aa  58.2  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.415823  normal  0.241923 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1044  hypothetical protein  32.58 
 
 
274 aa  58.2  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.117258  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>