More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4078 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4078  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.11 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 328 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 306 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 315 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.53 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  26.83 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.35 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>