More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3088 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3088  formate dehydrogenase accessory protein  100 
 
 		 278 aa  551  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4644  formate dehydrogenase accessory protein  69.02 
 
 		 272 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0723  formate dehydrogenase accessory protein  69.11 
 
 		 277 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0806  formate dehydrogenase accessory protein  67.05 
 
 		 276 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0622  formate dehydrogenase accessory protein  69.92 
 
 		 275 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3478  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  61.24 
 
 		 292 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.739751  normal  0.474196 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4096  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  52.57 
 
 		 274 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3635  formate dehydrogenase accessory protein  54.18 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222739 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3657  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  59.09 
 
 		 285 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299486 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3819  formate dehydrogenase accessory protein  52.94 
 
 		 269 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.934196  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0838  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  55.29 
 
 		 275 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0377992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2896  formate dehydrogenase accessory protein  56.18 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.805678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3924  formate dehydrogenase accessory protein  52.38 
 
 		 274 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.789424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2852  formate dehydrogenase accessory protein  56.98 
 
 		 271 aa  261  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.743331  normal  0.675793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1081  formate dehydrogenase accessory protein  56.47 
 
 		 271 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2742  formate dehydrogenase accessory protein  56.69 
 
 		 271 aa  258  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.455642 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2855  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  53.47 
 
 		 273 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2557  formate dehydrogenase accessory protein  50.62 
 
 		 269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.266553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0200  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  51.61 
 
 		 272 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.754057  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0620  formate dehydrogenase accessory protein  48.41 
 
 		 288 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.979772  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1390  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  46.61 
 
 		 306 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.780868  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0719  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  46.85 
 
 		 278 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0556  formate dehydrogenase accessory protein  48.02 
 
 		 281 aa  205  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152789  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0034  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.57 
 
 		 280 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.663186 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2355  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.44 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2149  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  45.38 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3020  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.1 
 
 		 278 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.848082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2382  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  45.61 
 
 		 277 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0254  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.95 
 
 		 299 aa  191  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0343903  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1858  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.96 
 
 		 285 aa  191  9e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00469  formate dehydrogenase accessory protein  44.98 
 
 		 273 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0994  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.75 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.506851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1125  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.33 
 
 		 290 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.802085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1609  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  47.35 
 
 		 271 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.781008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0082  formate dehydrogenase accessory protein  40.94 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2685  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  50.22 
 
 		 269 aa  186  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0057  formate dehydrogenase accessory protein  41.5 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2059  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  41.92 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3460  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  45.49 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4025  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  42.02 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4120  formate dehydrogenase accessory protein  43.46 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3771  formate dehydrogenase accessory protein  43.46 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0036  formate dehydrogenase accessory protein  43.04 
 
 		 274 aa  181  8.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4092  formate dehydrogenase, subunit FdhD  43.78 
 
 		 290 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03780  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.26 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.859238  normal  0.14649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3588  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.26 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03729  hypothetical protein  40 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4282  formate dehydrogenase accessory protein  39.84 
 
 		 267 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.715148  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4089  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4374  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4123  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4425  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4122  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5346  formate dehydrogenase accessory protein  40 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0444  formate dehydrogenase accessory protein  39.38 
 
 		 287 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0073  formate dehydrogenase accessory protein  42.68 
 
 		 277 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4083  formate dehydrogenase accessory protein  41.18 
 
 		 278 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2747  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.24 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059323 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4159  formate dehydrogenase accessory protein  40.08 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4365  formate dehydrogenase accessory protein  40.25 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4441  formate dehydrogenase accessory protein  40.08 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4319  formate dehydrogenase accessory protein  40.25 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.25899  normal  0.917498 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4274  formate dehydrogenase accessory protein  40.25 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4430  formate dehydrogenase accessory protein  40.25 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.141571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4252  formate dehydrogenase accessory protein  40.25 
 
 		 278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4278  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.78 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4388  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.78 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.915911  normal  0.955368 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0108  formate dehydrogenase accessory protein  39.53 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0103  formate dehydrogenase accessory protein  39.53 
 
 		 278 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0108  formate dehydrogenase accessory protein  39.68 
 
 		 278 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1050  formate dehydrogenase associated protein  44.21 
 
 		 273 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0188  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.72 
 
 		 267 aa  168  8e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6044  formate dehydrogenase, subunit FdhD  42.23 
 
 		 278 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0107  formate dehydrogenase accessory protein  40.42 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0110  formate dehydrogenase accessory protein  39.58 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0106  formate dehydrogenase accessory protein  39.58 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0111  formate dehydrogenase accessory protein  39.58 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4562  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.15 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2635  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.04 
 
 		 274 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.481847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2769  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.04 
 
 		 274 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0582  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.87 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6967  formate dehydrogenase, subunit FdhD  41.08 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2105  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.8 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.719105  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2717  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.8 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.546813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2744  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.8 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.135991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5399  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  42.37 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.286085  normal  0.067336 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1423  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.25 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6406  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.25 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.678396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7065  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.25 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.20274  normal  0.543352 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3869  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  39.13 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1517  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.51 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0766825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1471  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  42.11 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0194722  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5406  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  37.77 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0569  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  38.65 
 
 		 274 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0665  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  40.25 
 
 		 279 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0737  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.44 
 
 		 264 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0280  formate dehydrogenase, subunit FdhD  37.71 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  0.175178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0257  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  38.63 
 
 		 276 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3826  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.24 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.145435  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>