260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0195 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0195  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
243 aa  474  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1753  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.78 
 
 
230 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.86 
 
 
236 aa  275  6e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0131  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.26 
 
 
251 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.471911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1799  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.94 
 
 
232 aa  268  8e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.177098  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0333  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.13 
 
 
235 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.44706  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0387  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.95 
 
 
235 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1520  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.66 
 
 
232 aa  262  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.634391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0340  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.5 
 
 
237 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0196979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2629  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.86 
 
 
236 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.168937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1518  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.48 
 
 
232 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.438965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0433  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.08 
 
 
235 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2958  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.55 
 
 
244 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0357  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.25 
 
 
234 aa  249  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101317  normal  0.767481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3540  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  52.81 
 
 
232 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0347  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.3 
 
 
231 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.150562  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2128  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  52.02 
 
 
238 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.303572  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.57 
 
 
293 aa  225  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0668079  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4588  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.19 
 
 
235 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0786  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.12 
 
 
241 aa  221  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.543978  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2920  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  54.15 
 
 
230 aa  218  6e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0683  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.74 
 
 
235 aa  218  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4774  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.8 
 
 
229 aa  217  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4325  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.98 
 
 
235 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50 
 
 
232 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.197981  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1688  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.93 
 
 
240 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0654719  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1862  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.05 
 
 
240 aa  191  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0932459  normal  0.0318257 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0730  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.49 
 
 
234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000744541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3989  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.66 
 
 
229 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0129  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.9 
 
 
241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0638289  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1094  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.72 
 
 
242 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.596439  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0072  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.11 
 
 
232 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.109683  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.11 
 
 
255 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2594  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  46.38 
 
 
234 aa  176  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1662  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.61 
 
 
241 aa  176  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000183413  hitchhiker  0.000549225 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0684  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  40.17 
 
 
244 aa  169  5e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000595201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1687  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.32 
 
 
245 aa  168  6e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.660624  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3960  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
234 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00328038  hitchhiker  0.000886746 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1201  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.98 
 
 
236 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02856  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.23 
 
 
233 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003024  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.79 
 
 
233 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000599953  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3908  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.7 
 
 
234 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1987  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.83 
 
 
245 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2812  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  52 
 
 
232 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.902845  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4051  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.22 
 
 
232 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0060  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.94 
 
 
234 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.914028  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0025  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.45 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0029  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.88 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1278  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  40 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1461  orotidine 5`-phosphate decarboxylase  40.87 
 
 
239 aa  162  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.190153  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2066  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.7 
 
 
239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0034827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0924  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.72 
 
 
238 aa  161  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1866  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.87 
 
 
241 aa  160  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2353  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.03 
 
 
271 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0446  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.48 
 
 
242 aa  160  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733361  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2569  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.02 
 
 
240 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0883  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  43.05 
 
 
252 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11890  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  43.23 
 
 
236 aa  159  3e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000215744  normal  0.0186296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.07 
 
 
243 aa  158  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1501  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.7 
 
 
231 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000199252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1676  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 
240 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2890  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.96 
 
 
240 aa  156  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
232 aa  156  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.881435  normal  0.442892 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1067  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
232 aa  156  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1031  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.48 
 
 
236 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0374618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1335  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.07 
 
 
240 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000805853 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2068  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.32 
 
 
243 aa  155  4e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2797  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.5 
 
 
241 aa  155  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2225  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.26 
 
 
234 aa  155  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000264072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3839  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.8 
 
 
246 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000423738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.41 
 
 
231 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00216639  hitchhiker  0.000326951 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05621  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.92 
 
 
246 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3220  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 
235 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.62 
 
 
451 aa  153  2e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0615  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50 
 
 
232 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.77 
 
 
237 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.872566 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1928  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128014  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1981  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.41 
 
 
231 aa  152  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191461  unclonable  0.0000000000644794 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3009  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.81 
 
 
234 aa  152  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00223674  normal  0.753586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1736  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.04 
 
 
244 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000217643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2038  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.85 
 
 
231 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3424  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.25 
 
 
247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.367397  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2141  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.38 
 
 
238 aa  151  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1958  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.59 
 
 
231 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000470134  hitchhiker  0.000364727 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1309  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.29 
 
 
246 aa  150  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.940136  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2647  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.61 
 
 
251 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000118353  hitchhiker  0.000000760253 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0054  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.4 
 
 
241 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.668833  normal  0.533949 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1299  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.93 
 
 
249 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02117  orotidine 5-phosphate decarboxylase  38.94 
 
 
232 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000184829  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2392  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
231 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000113777  unclonable  0.00000908556 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0980  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.56 
 
 
231 aa  150  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0327269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1547  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.36 
 
 
241 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0514  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  44.81 
 
 
243 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.944181  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1757  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.07 
 
 
231 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0566904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1740  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.55 
 
 
233 aa  149  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000416133  hitchhiker  0.0025421 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1328  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.08 
 
 
238 aa  149  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.104937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2275  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
231 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000296065  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2070  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
231 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000195505  unclonable  0.0000000000022204 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2119  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.08 
 
 
232 aa  148  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000535005  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2074  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.97 
 
 
231 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000167126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>