90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_04450 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_04450  nickel transporter for carbon monoxide dehydrogenase, HupE/UreJ family  100 
 
 
187 aa  333  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0761175  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50400  HupE/UreJ protein  75.4 
 
 
187 aa  214  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0663  HupE/UreJ protein  47.87 
 
 
190 aa  135  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.32608  normal  0.0353183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0560  HupE/UreJ protein  50.59 
 
 
190 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1164  HupE/UreJ protein  45.71 
 
 
194 aa  122  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0164  nickel-iron hydrogenase, accessory protein  48.26 
 
 
192 aa  118  6e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2989  HupE/UreJ protein  45.62 
 
 
191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.231706  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3268  urease accessory protein  45.78 
 
 
192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232463  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4912  urease accessory protein, putative  47.87 
 
 
190 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1863  HupE/UreJ protein  44.15 
 
 
205 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.867351  normal  0.454948 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0886  HupE/UreJ protein  44.58 
 
 
194 aa  115  5e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.219262  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2034  urease accessory UREJ transmembrane protein  49.43 
 
 
205 aa  114  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0959  HupE/UreJ protein  43.72 
 
 
211 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.355166  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1763  HupE/UreJ protein  46.39 
 
 
188 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.353058  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2876  HupE/UreJ protein  45.21 
 
 
194 aa  111  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1158  HupE/UreJ protein  51.05 
 
 
197 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160824  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2281  HupE/UreJ protein  50.75 
 
 
203 aa  110  8.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0960  HupE/UreJ protein  44.38 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3578  HupE/UreJ protein  44.07 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.567629  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3991  HupE/UreJ protein  43.53 
 
 
192 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4085  HupE/UreJ protein  43.53 
 
 
192 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3892  HupE/UreJ protein  43.53 
 
 
192 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3969  HupE/UreJ protein  43.53 
 
 
192 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0993  HupE/UreJ protein  46.15 
 
 
203 aa  108  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614894  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3629  HupE/UreJ protein  45.7 
 
 
192 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0223294  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2148  HupE/UreJ protein  46.88 
 
 
191 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140678  normal  0.213077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4304  hypothetical protein  45.03 
 
 
191 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0395  HupE/UreJ protein  44.07 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347304  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5617  hypothetical protein  52.34 
 
 
190 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6538  HupE/UreJ protein  45.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436397  normal  0.193844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5823  HupE/UreJ protein  52.67 
 
 
192 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0830  urease accessory protein  42.94 
 
 
202 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0396  HupE/UreJ protein  45.7 
 
 
192 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0497  HupE/UreJ accessory protein  46.35 
 
 
191 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5001  HupE/UreJ protein  46.47 
 
 
192 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.66529  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4125  urease accessory protein UreJ  41.04 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.4167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2186  HupE/UreJ protein  45.21 
 
 
205 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.114509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2290  HupE/UreJ protein  45.11 
 
 
192 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.223499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3272  urease accessory protein UreJ  45.86 
 
 
194 aa  101  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64680  hypothetical protein  53.49 
 
 
190 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0396536  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2301  HupE/UreJ protein  45.51 
 
 
201 aa  100  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3374  hypothetical protein  45.61 
 
 
193 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215673  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1210  HupE/UreJ protein  44.07 
 
 
186 aa  99.4  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0327  HupE/UreJ protein  43.35 
 
 
191 aa  98.2  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.994931  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4454  HupE/UreJ protein  52.56 
 
 
190 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3099  HupE/UreJ protein  43.75 
 
 
194 aa  97.8  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4241  HupE/UreJ protein  45.51 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3799  HupE/UreJ protein  39.56 
 
 
198 aa  97.1  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414571  normal  0.346057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3100  HupE/UreJ protein  47.13 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2825  HupE/UreJ protein  43.55 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324254  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6126  HupE/UreJ protein  43.9 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549865  normal  0.331316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1166  HupE/UreJ protein  50.34 
 
 
194 aa  95.9  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232797  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3943  HupE/UreJ protein  59.82 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.788882  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0333  HupE/UreJ protein  43.24 
 
 
195 aa  94.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.836087  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1973  HupE/UreJ protein  41.67 
 
 
196 aa  92  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1296  HupE/UreJ protein  40.41 
 
 
245 aa  91.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00297181  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2438  HupE/UreJ protein  39.86 
 
 
195 aa  91.3  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3747  HupE/UreJ protein  45.83 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4087  HupE/UreJ protein  44.03 
 
 
200 aa  87.8  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248426  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0479  hydrogenase/urease accessory protein  40.94 
 
 
166 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230165  normal  0.16849 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2188  HupE/UreJ protein  46.5 
 
 
199 aa  87  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3527  HupE/UreJ protein  48.39 
 
 
197 aa  86.7  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5085  HupE/UreJ protein  48.72 
 
 
202 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893105  normal  0.0304442 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3245  urease accessory protein UreJ  36.81 
 
 
195 aa  85.1  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1265  urease accessory protein UreJ  46.59 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1195  HupE/UreJ protein  32.93 
 
 
210 aa  84  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.108904  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2682  HupE/UreJ protein  40.46 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.669277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1184  HupE/UreJ protein  44.93 
 
 
203 aa  82.8  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2123  HupE/UreJ protein  42.67 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150292  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2842  HupE/UreJ protein  47.13 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2847  HupE/UreJ protein  47.13 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16808  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5110  HupE/UreJ protein  41.73 
 
 
199 aa  79  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774333  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1290  hypothetical protein  41.4 
 
 
197 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0362901  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0829  urease accessory protein  41.67 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3803  HupE/UreJ protein  53.62 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0577478  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0180  HupE/UreJ protein  49.02 
 
 
200 aa  75.5  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.683623  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2933  HupE/UreJ protein  45.22 
 
 
181 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.629521  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0976  HupE/UreJ protein  49.25 
 
 
197 aa  69.7  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4228  HupE/UreJ protein  37.14 
 
 
217 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2580  HupE/UreJ protein  49.6 
 
 
195 aa  68.2  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2419  HupE/UreJ protein  42.69 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00415524  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1374  membrane-bound hydrogenase component hupE  43.85 
 
 
194 aa  61.6  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00671086  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1026  HupE/UreJ protein  30.36 
 
 
226 aa  57.4  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1218  hypothetical protein  29.2 
 
 
208 aa  56.6  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1373  hydrogenase accessory protein  35.29 
 
 
231 aa  54.3  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.695906  normal  0.247708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1728  HupE/UreJ protein  40.82 
 
 
208 aa  47.4  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3141  hypothetical protein  36.8 
 
 
210 aa  44.7  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0344917  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2095  HupE/UreJ protein  30.06 
 
 
221 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5111  hypothetical protein  33.33 
 
 
204 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2139  HupE/UreJ protein  28.9 
 
 
221 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>