More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9833 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011986  Avi_9833  Resolvase Protein  100 
 
 
210 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3007  resolvase-like protein  75.74 
 
 
204 aa  314  7e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0154323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4042  serine-based site-specific recombinase activity  75.74 
 
 
204 aa  314  7e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4975  serine-based site-specific recombinase activity  75.74 
 
 
204 aa  314  7e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.283487  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  74.26 
 
 
204 aa  308  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3694  resolvase domain-containing protein  71.22 
 
 
206 aa  295  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2668  helix-turn-helix, Fis-type  67.5 
 
 
204 aa  274  6e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00804941  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1568  helix-turn-helix, Fis-type  67.5 
 
 
204 aa  274  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3683  resolvase domain-containing protein  64.88 
 
 
215 aa  265  2.9999999999999995e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0991  resolvase domain-containing protein  63.55 
 
 
205 aa  261  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0378771  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2332  resolvase domain-containing protein  66.32 
 
 
227 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1209  putative resolvase  77.18 
 
 
176 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0022  resolvase-like protein  69.47 
 
 
133 aa  191  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.119432  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  51.06 
 
 
197 aa  183  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  49.22 
 
 
198 aa  181  6e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  56.28 
 
 
197 aa  174  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  53.4 
 
 
194 aa  169  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  50 
 
 
194 aa  169  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  50 
 
 
194 aa  169  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  52.94 
 
 
219 aa  168  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  51.1 
 
 
187 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  50 
 
 
189 aa  165  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3562  resolvase domain-containing protein  46.04 
 
 
208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  50.54 
 
 
209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  48.9 
 
 
197 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  48.9 
 
 
197 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  48.9 
 
 
197 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  47.87 
 
 
201 aa  161  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  53.19 
 
 
184 aa  160  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  50.51 
 
 
188 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  47.15 
 
 
196 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  51.05 
 
 
193 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  53.19 
 
 
184 aa  159  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  49.47 
 
 
185 aa  159  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  49.47 
 
 
185 aa  159  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4931  resolvase domain-containing protein  52.97 
 
 
208 aa  159  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107506  normal  0.566204 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1093  Resolvase domain  51.06 
 
 
196 aa  158  5e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.531001  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  49.45 
 
 
199 aa  158  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  47.57 
 
 
191 aa  158  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  47.21 
 
 
188 aa  158  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  48.69 
 
 
188 aa  158  7e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2111  Resolvase domain protein  49.72 
 
 
191 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.813305  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1397  invertase/recombinase like protein  52.2 
 
 
176 aa  157  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  49.21 
 
 
201 aa  156  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  49.15 
 
 
192 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  48.11 
 
 
201 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  48.94 
 
 
185 aa  155  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  47.15 
 
 
185 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  60 
 
 
309 aa  154  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  47.83 
 
 
188 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  56.21 
 
 
197 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  51.89 
 
 
201 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  47.09 
 
 
185 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  46.67 
 
 
307 aa  153  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  46.67 
 
 
307 aa  153  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  48.35 
 
 
186 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  48.4 
 
 
185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  46.99 
 
 
182 aa  151  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  44.09 
 
 
192 aa  150  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  48.4 
 
 
185 aa  149  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  46.77 
 
 
188 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  50 
 
 
203 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  48.15 
 
 
193 aa  149  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  48.07 
 
 
188 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  50.27 
 
 
191 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  46.84 
 
 
193 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  50.27 
 
 
191 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  50 
 
 
189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  46.39 
 
 
188 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  52.17 
 
 
190 aa  145  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  46.63 
 
 
190 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  46.63 
 
 
187 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4382  resolvase domain-containing protein  44.09 
 
 
194 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3497  resolvase domain-containing protein  49.45 
 
 
219 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503079  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1104  resolvase domain-containing protein  49.45 
 
 
219 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3606  resolvase domain-containing protein  49.45 
 
 
219 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.996271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  47.4 
 
 
201 aa  143  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3570  resolvase domain-containing protein  48.9 
 
 
197 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  48.44 
 
 
190 aa  143  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  48.44 
 
 
190 aa  143  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  48.44 
 
 
190 aa  143  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  44.09 
 
 
197 aa  142  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  44.09 
 
 
197 aa  142  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  47.67 
 
 
224 aa  142  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  46.49 
 
 
228 aa  140  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  45.11 
 
 
184 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  40.64 
 
 
181 aa  137  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  44.68 
 
 
195 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21550  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  46.82 
 
 
218 aa  136  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.850113  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  46.77 
 
 
189 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  39.78 
 
 
183 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  39.78 
 
 
183 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D15  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  44.62 
 
 
184 aa  133  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  45.5 
 
 
214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  50.27 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4319  resolvase-like protein  43.62 
 
 
206 aa  131  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6634  resolvase domain-containing protein  45.92 
 
 
198 aa  131  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708994  hitchhiker  0.0000367715 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0585  resolvase-like protein  48.68 
 
 
189 aa  131  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.698292  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  44.62 
 
 
194 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6497  resolvase domain-containing protein  42.78 
 
 
193 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>