More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9553 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7035  plasmid partitioning protein  63.04 
 
 
571 aa  698    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4750  plasmid partitioning protein  67.72 
 
 
597 aa  795    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9553  plasmid partitioning protein  100 
 
 
596 aa  1208    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9165  plasmid partitioning protein  68.52 
 
 
612 aa  815    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4477  plasmid partitioning protein  63.94 
 
 
560 aa  692    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0558103  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4659  plasmid partitioning protein  69.77 
 
 
557 aa  756    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4976  plasmid partitioning protein  68.49 
 
 
559 aa  747    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4317  plasmid partitioning protein  67.75 
 
 
579 aa  771    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3729  plasmid partitioning protein  45.52 
 
 
565 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.183946  normal  0.190659 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3979  ParB family protein  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0625323  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3364  putative stage 0 sporulation protein J  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  29.63 
 
 
305 aa  75.9  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1596  putative stage 0 sporulation protein J  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.265363  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2947  stage 0 sporulation protein J, putative  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0187  chromosome partitioning protein ParB  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0323647  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4053  ParB family protein  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3006  putative stage 0 sporulation protein J  38.03 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0113  parB-like partition protein  37.32 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3278  chromosome segregation DNA-binding protein  37.32 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325017  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2959  parB-like partition proteins  37.32 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0096  parB-like partition proteins  37.32 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3317  stage 0 sporulation protein J, putative  37.32 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0198  parB-like partition protein  44.9 
 
 
302 aa  74.7  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.395189 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0068  parB-like partition proteins  42.86 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.820114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0053  parB-like partition proteins  44.9 
 
 
313 aa  73.9  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0096  parB-like partition protein  43.64 
 
 
297 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0078  chromosome segregation DNA-binding protein  30.84 
 
 
311 aa  73.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0097  parB-like partition protein  43.64 
 
 
297 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0087  parB-like partition proteins  43.64 
 
 
305 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183022  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3193  parB-like partition protein  35.71 
 
 
274 aa  73.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3195  parB-like partition protein  36.81 
 
 
303 aa  72  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3520  parB-like partition protein  36.81 
 
 
303 aa  72  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243626 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0056  chromosome segregation DNA-binding protein  45.92 
 
 
313 aa  72  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1068  parB-like partition proteins  44.9 
 
 
303 aa  71.2  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.701967  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3049  parB-like partition protein  36.44 
 
 
272 aa  70.9  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.622521  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3325  putative chromosome partitioning protein PARB  31.96 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00569301  normal  0.133715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0050  parB-like partition protein  44.55 
 
 
315 aa  70.1  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3211  parB family protein  36.36 
 
 
294 aa  69.7  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2815  parB-like partition protein  36.36 
 
 
294 aa  69.7  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.121053  normal  0.211024 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0051  parB-like partition protein  44.9 
 
 
311 aa  69.3  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3780  chromosome segregation DNA-binding protein  36.43 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000296744 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  38.36 
 
 
299 aa  68.2  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0606  ParB family protein  35.48 
 
 
297 aa  67.8  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  31.36 
 
 
706 aa  68.2  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  31.36 
 
 
706 aa  68.2  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3313  ParB-like partition protein  39.62 
 
 
286 aa  67.4  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.267567  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2752  chromosome segregation DNA-binding protein  36.62 
 
 
286 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000743085  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0031  chromosome segregation DNA-binding protein  29.69 
 
 
295 aa  67  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0209  parB-like partition protein  28.28 
 
 
272 aa  66.6  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2805  chromosome segregation DNA-binding protein  40 
 
 
284 aa  67  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.012977  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3036  parB-like partition protein  32.92 
 
 
310 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3902  parB-like partition protein  29.69 
 
 
295 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  36.21 
 
 
283 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2476  parB-like partition proteins  37.76 
 
 
303 aa  66.2  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.751865  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  32.81 
 
 
292 aa  65.5  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  29.49 
 
 
714 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  31.28 
 
 
712 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2362  ParB family protein  27.32 
 
 
278 aa  65.5  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2868  chromosome segregation DNA-binding protein  40.77 
 
 
299 aa  65.5  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.108879  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0107  ParB-like nuclease domain-containing protein  37.5 
 
 
269 aa  65.1  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3138  partition protein ParB-like  38.79 
 
 
284 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2987  stage 0 sporulation protein J  33.06 
 
 
286 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2665  stage 0 sporulation protein J  33.06 
 
 
286 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2925  parB-like partition protein  34.71 
 
 
283 aa  64.7  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1407  parB-like partition protein  30.41 
 
 
297 aa  64.3  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2767  parB-like partition proteins  41.24 
 
 
285 aa  64.3  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000194668  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0015  parB-like partition protein  37.9 
 
 
304 aa  63.2  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0146438  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0207  parB-like partition protein  40.62 
 
 
283 aa  63.2  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1724  parB-like partition protein  38.24 
 
 
317 aa  63.2  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  30.88 
 
 
708 aa  63.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0031  chromosome segregation DNA-binding protein  36.67 
 
 
331 aa  62.4  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0740536 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4590  parB-like partition protein  30.86 
 
 
306 aa  62.4  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.740178  normal  0.297176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4106  chromosome segregation DNA-binding protein  35.78 
 
 
284 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000709761  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  31.86 
 
 
714 aa  62.8  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0050  parB-like partition protein  36.67 
 
 
331 aa  62.4  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383845  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0501  parB-like partition protein  35.35 
 
 
282 aa  62.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0168  chromosome segregation DNA-binding protein  38.46 
 
 
298 aa  63.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0004  parB-like partition protein  35.78 
 
 
314 aa  62.8  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3082  ParB-like partition protein  37.38 
 
 
291 aa  62  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0110147  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3412  chromosome segregation DNA-binding protein  40 
 
 
279 aa  62  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2333  parB-like protein partition proteins  35.53 
 
 
281 aa  61.6  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.99663  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73330  chromosome partitioning protein Spo0J  40.34 
 
 
290 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0115  chromosome segregation DNA-binding protein  34.48 
 
 
295 aa  62.4  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28480  ParB-like partition protein  33.33 
 
 
422 aa  61.6  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.327957  hitchhiker  0.00126502 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2595  parB-like partition protein  38.68 
 
 
280 aa  61.6  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0581078  normal  0.0919239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  32.21 
 
 
662 aa  61.6  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4977  parB-like partition protein  29.68 
 
 
312 aa  61.6  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0252  parB-like partition protein  31.58 
 
 
269 aa  61.2  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5559  parB-like partition protein  36.89 
 
 
400 aa  60.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2960  chromosome segregation DNA-binding protein  34.32 
 
 
306 aa  61.2  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0060  ParB family chromosome partioning protein  38.38 
 
 
280 aa  60.8  0.00000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.00610373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4094  parB-like partition protein  32.89 
 
 
306 aa  60.8  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0135978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9049  parB-like partition protein  28.57 
 
 
398 aa  60.8  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.740864  normal  0.284166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4303  parB-like partition proteins  33.33 
 
 
290 aa  60.8  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.279457  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2520  ParB family protein  38.95 
 
 
293 aa  60.5  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000102448  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2334  parB-like partition protein  36.13 
 
 
286 aa  60.5  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000401981  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2927  parB-like partition protein  36.15 
 
 
297 aa  59.7  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0018  parB-like partition protein  40.62 
 
 
296 aa  60.1  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0417799  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0065  chromosome partitioning protein  39.29 
 
 
315 aa  59.7  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.446293  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0033  ParB-like partition domain-containing protein  39.29 
 
 
289 aa  60.1  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>