135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9227 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9227  transcriptional regulator  100 
 
 
165 aa  329  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.429964  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1861  transcriptional regulator, MarR family  77.42 
 
 
174 aa  248  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172751  normal  0.486159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1657  transcriptional regulator, MarR family  76.43 
 
 
157 aa  246  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384015  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4091  MarR family transcriptional regulator  67.07 
 
 
161 aa  219  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1623  transcriptional regulator, MarR family  56.79 
 
 
162 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.347087  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1659  MarR family transcriptional regulator  56.79 
 
 
162 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1651  transcriptional regulator, MarR family  56.79 
 
 
162 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1718  MarR family transcriptional regulator  56.17 
 
 
162 aa  190  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.106363  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3047  MarR family transcriptional regulator  58.82 
 
 
161 aa  184  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0540  MarR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
171 aa  104  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4803  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
154 aa  69.7  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.833375  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0330  MarR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3635  MarR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0286016 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2263  transcriptional regulator, MarR family  25.17 
 
 
164 aa  62.4  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000218689  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1458  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00644177  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1037  transcriptional regulator, MarR family  25.81 
 
 
174 aa  60.8  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0305  transcriptional regulator, MarR family  31.37 
 
 
172 aa  59.3  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1460  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 
174 aa  59.7  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000303133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0663  transcriptional regulator, MarR family  35.64 
 
 
165 aa  58.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4671  transcriptional regulator, MarR family  36.19 
 
 
173 aa  58.2  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.172842  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  30.09 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00720  transcriptional regulator  29.29 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.322899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
146 aa  55.5  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0295  transcriptional regulator, MarR family  35.45 
 
 
161 aa  55.1  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0435  MarR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
150 aa  54.3  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0297  transcriptional regulator, MarR family  28.35 
 
 
165 aa  53.9  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0318  transcriptional regulator, MarR family  39.24 
 
 
153 aa  53.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0762  transcriptional regulator, MarR family  32.46 
 
 
178 aa  53.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2790  MarR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
170 aa  51.6  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6069  transcriptional regulator, MarR family  27.86 
 
 
146 aa  52  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.683287 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0075  transcriptional regulator, MarR family  31.78 
 
 
175 aa  51.2  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0914  transcriptional regulator, MarR family  34.09 
 
 
156 aa  51.2  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2171  regulatory protein, MarR  30.19 
 
 
132 aa  50.8  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5761  transcriptional regulator, MarR family with acetyltransferase activity  26.02 
 
 
316 aa  50.8  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0465  transcriptional regulator, MarR family  34.91 
 
 
201 aa  50.8  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.203979  normal  0.101553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0853  HxlR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
159 aa  49.7  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.841358  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1889  MarR family transcriptional regulator  26.95 
 
 
192 aa  49.7  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.882763 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
156 aa  48.9  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4619  regulatory protein MarR  30.85 
 
 
143 aa  48.9  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2005  transcriptional regulator, MarR family  26.58 
 
 
161 aa  48.5  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0932535  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2935  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 
154 aa  47.8  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00693661  hitchhiker  0.00247077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  29 
 
 
162 aa  47.4  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4170  MarR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
147 aa  47  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.282675  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6026  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
325 aa  47  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4054  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
323 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0352596  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  27.5 
 
 
162 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2231  MarR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
150 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106154  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4499  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
150 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148368  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3865  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
150 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792032  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3662  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
150 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4630  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 
321 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3937  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 
153 aa  45.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3512  transcriptional regulator, MarR family  28.89 
 
 
188 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3793  regulatory protein MarR  34.12 
 
 
149 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.280773  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1295  putative transcription regulator protein  27.55 
 
 
147 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260048  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4116  transcriptional regulator, MarR family  34.12 
 
 
149 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0229  transcriptional regulator, MarR family  27.84 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1866  CRISPR-associated DNA-binding protein  30.23 
 
 
223 aa  45.1  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  29.29 
 
 
155 aa  45.1  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
153 aa  44.7  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  27.84 
 
 
154 aa  44.7  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0359  transcriptional regulator, MarR family  31.71 
 
 
141 aa  44.3  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000165316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  27.87 
 
 
165 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1639  transcriptional regulator, MarR family  28.85 
 
 
161 aa  44.3  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  35.06 
 
 
140 aa  44.3  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4794  putative MarR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
152 aa  44.3  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.717119  normal  0.755619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2822  transcriptional regulator, MarR family  28.21 
 
 
166 aa  43.5  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00330926 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
162 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3177  MarR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
151 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000202979  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9192  transcriptional regulator  31.71 
 
 
165 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4933  MarR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
157 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0270  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
142 aa  43.5  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4204  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
158 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.880784 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  31.17 
 
 
149 aa  43.9  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  29.47 
 
 
146 aa  43.5  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2232  transcriptional regulator, MarR family  28.07 
 
 
151 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00982992  hitchhiker  0.00000264817 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  29.07 
 
 
150 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
205 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0090  MarR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
191 aa  43.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0236682  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5740  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
326 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6104  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
326 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
146 aa  42.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
152 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0479  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 
155 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1579  MarR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
173 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.359907  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2524  transcriptional regulator, MarR family  27.2 
 
 
161 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  20.9 
 
 
142 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6586  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
326 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107316  normal  0.0388033 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21070  transcriptional regulator  36.51 
 
 
143 aa  42.7  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  26.74 
 
 
146 aa  42.4  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5689  MarR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
150 aa  42.4  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0868849  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0877  MarR family transcriptional regulator  22.82 
 
 
159 aa  42.4  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
145 aa  42.4  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3741  transcriptional repressor MprA  24.39 
 
 
173 aa  42.4  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.18911 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3989  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 
158 aa  42.4  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552919  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 
157 aa  42.4  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0969  transcriptional regulator, MarR family  24.44 
 
 
165 aa  42.4  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4277  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
202 aa  42  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245494  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5432  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 
157 aa  42  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933752  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>