More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9068 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9068  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 323 aa  666    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 352 aa  93.6  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 329 aa  90.9  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 327 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  35.77 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 339 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  31.15 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  39.42 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  37.6 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0731  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.271743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  34.29 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 339 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 325 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 341 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  22.91 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.56 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 392 aa  75.9  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  39.39 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1820  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.1 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0928  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0540  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 118 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  35.58 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3631  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.4 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0594  helix-turn-helix domain-containing protein  38.32 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0336  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0545  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.042233  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4528  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 373 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4405  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 434 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5891  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 475 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.279127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  35.46 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0275  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  34.26 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  40 
 
 		 345 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  40 
 
 		 348 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 348 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>