More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8334 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 		 323 aa  651    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  91.33 
 
 		 323 aa  593  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  78.46 
 
 		 325 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  78.64 
 
 		 329 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  70.39 
 
 		 321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  68.09 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  48.69 
 
 		 366 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  50.51 
 
 		 328 aa  288  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  47.54 
 
 		 320 aa  285  7e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  47.54 
 
 		 320 aa  285  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.82 
 
 		 342 aa  282  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  47.33 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.83 
 
 		 343 aa  278  9e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.57 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.33 
 
 		 325 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  47.39 
 
 		 320 aa  276  4e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.57 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.48 
 
 		 328 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.92 
 
 		 320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  47.47 
 
 		 329 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.82 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.99 
 
 		 327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.82 
 
 		 326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  46.86 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  48.65 
 
 		 327 aa  271  9e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  46.86 
 
 		 334 aa  271  9e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.48 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  48.48 
 
 		 327 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.84 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  50.51 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  46.38 
 
 		 326 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.65 
 
 		 327 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.62 
 
 		 328 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  48.15 
 
 		 327 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  45.98 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.56 
 
 		 322 aa  268  7e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.89 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.86 
 
 		 310 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  46.56 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.23 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  47.47 
 
 		 322 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  47.47 
 
 		 322 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  47.7 
 
 		 326 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  47.77 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  49.16 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  45.75 
 
 		 321 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  49.16 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  48.52 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.39 
 
 		 334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.83 
 
 		 329 aa  256  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.94 
 
 		 325 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.65 
 
 		 323 aa  256  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  47.71 
 
 		 348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.83 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.19 
 
 		 345 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.85 
 
 		 350 aa  252  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  48.03 
 
 		 327 aa  252  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  47.52 
 
 		 354 aa  251  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  47.19 
 
 		 356 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.85 
 
 		 356 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  47.39 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  40.65 
 
 		 346 aa  251  2e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  46.86 
 
 		 327 aa  251  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  46.58 
 
 		 358 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  47.85 
 
 		 355 aa  249  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.19 
 
 		 350 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  47.52 
 
 		 356 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  46.86 
 
 		 344 aa  248  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.67 
 
 		 351 aa  248  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.93 
 
 		 353 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.53 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.53 
 
 		 344 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  40.21 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.81 
 
 		 325 aa  215  5.9999999999999996e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.08 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  37.37 
 
 		 319 aa  205  6e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.17 
 
 		 329 aa  199  5e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5226  type II secretion system protein E  33.55 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.445343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  34.32 
 
 		 412 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  34.88 
 
 		 466 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  34.55 
 
 		 467 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.48 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  33.87 
 
 		 572 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  35.78 
 
 		 454 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  32.56 
 
 		 473 aa  158  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  32.65 
 
 		 469 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  34.01 
 
 		 479 aa  157  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  35.57 
 
 		 464 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  32.47 
 
 		 455 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  33.75 
 
 		 474 aa  155  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  34.07 
 
 		 468 aa  155  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  34.58 
 
 		 462 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  34.55 
 
 		 458 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  33.76 
 
 		 442 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  32.9 
 
 		 449 aa  153  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  36.64 
 
 		 638 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  33.67 
 
 		 442 aa  153  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2116  FHA domain containing protein  32.63 
 
 		 594 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  36.05 
 
 		 634 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2160  type II secretion system protein E  32.83 
 
 		 438 aa  152  8e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0397447  normal  0.0352451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>