More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6264 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1802  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  53.62 
 
 		 701 aa  744    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310518  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4610  short chain dehydrogenase  53 
 
 		 707 aa  758    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.11401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4215  short chain dehydrogenase  51.79 
 
 		 713 aa  716    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.252283  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5807  short chain dehydrogenase  88.52 
 
 		 698 aa  1256    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402593  normal  0.0411689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3572  short chain dehydrogenase  84.46 
 
 		 698 aa  1204    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1724  short chain dehydrogenase  61.56 
 
 		 705 aa  777    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616533  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2592  short chain dehydrogenase  72.21 
 
 		 700 aa  1028    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2436  short chain dehydrogenase  71.37 
 
 		 700 aa  947    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  74.24 
 
 		 699 aa  1064    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3884  short chain dehydrogenase  50.79 
 
 		 706 aa  692    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6708  short chain dehydrogenase  88.24 
 
 		 698 aa  1273    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4925  short chain dehydrogenase  52.24 
 
 		 707 aa  729    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000252534  normal  0.445415 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 703 aa  1444    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2115  short chain dehydrogenase  62.81 
 
 		 702 aa  830    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2214  short chain dehydrogenase  63.56 
 
 		 707 aa  845    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2532 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05820  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  49.05 
 
 		 689 aa  634  1e-180  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3212  short chain dehydrogenase  43.29 
 
 		 689 aa  630  1e-179  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3454  short chain dehydrogenase  47.04 
 
 		 730 aa  625  1e-177  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.117557 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0705  short chain dehydrogenase  48.37 
 
 		 680 aa  624  1e-177  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3316  short chain dehydrogenase  46.4 
 
 		 730 aa  619  1e-176  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2731  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 		 729 aa  617  1e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6711  short chain dehydrogenase  50.52 
 
 		 677 aa  615  1e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4672  short chain dehydrogenase  48.82 
 
 		 679 aa  611  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.174921  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0429  short chain dehydrogenase  48.82 
 
 		 680 aa  606  9.999999999999999e-173  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.683758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29640  short chain dehydrogenase  48 
 
 		 683 aa  607  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3046  short chain dehydrogenase  48.53 
 
 		 676 aa  607  9.999999999999999e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.854691  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4771  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 		 677 aa  598  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0694  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.48 
 
 		 726 aa  597  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.180727  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4390  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 		 677 aa  597  1e-169  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639544  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0887  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  48.83 
 
 		 684 aa  595  1e-169  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4477  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 		 677 aa  597  1e-169  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3106  short chain dehydrogenase  48.08 
 
 		 685 aa  593  1e-168  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1386  short chain dehydrogenase  47.14 
 
 		 691 aa  586  1e-166  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.88189  normal  0.0321561 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2454  short chain dehydrogenase  46.68 
 
 		 694 aa  588  1e-166  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.86013  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3305  short chain dehydrogenase  47.86 
 
 		 680 aa  583  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2254  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  46.32 
 
 		 691 aa  579  1e-164  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658882  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1303  short chain dehydrogenase  45.44 
 
 		 729 aa  579  1e-164  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.851428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3704  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  46.09 
 
 		 678 aa  580  1e-164  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.701668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2381  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  48.23 
 
 		 677 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3625  short chain dehydrogenase  47.79 
 
 		 687 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000228222  normal  0.0356352 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2857  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  43.69 
 
 		 701 aa  573  1.0000000000000001e-162  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.886438 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1679  short chain dehydrogenase  45.61 
 
 		 696 aa  561  1e-158  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.962871  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4810  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  47.93 
 
 		 695 aa  548  1e-154  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2988  short chain dehydrogenase  45.52 
 
 		 700 aa  532  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1895  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 		 698 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.196702  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1972  short chain dehydrogenase  30.25 
 
 		 705 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000839125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1803  short chain dehydrogenase  31.29 
 
 		 705 aa  305  2.0000000000000002e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1970  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 		 653 aa  303  8.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0410  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 701 aa  302  1e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0195  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 		 705 aa  300  9e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1605  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 		 690 aa  299  1e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.043834 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4827  short chain dehydrogenase  33.28 
 
 		 684 aa  299  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2003  short chain dehydrogenase  29.87 
 
 		 705 aa  298  3e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2746  short chain dehydrogenase  28.77 
 
 		 705 aa  296  7e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4460  short chain dehydrogenase  30.69 
 
 		 657 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134448  normal  0.127863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4397  short chain dehydrogenase  30.69 
 
 		 657 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2009  short chain dehydrogenase  29.79 
 
 		 705 aa  293  8e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.333883 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1642  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 		 705 aa  288  2e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2693  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 		 682 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2336  short chain dehydrogenase  29.67 
 
 		 706 aa  280  5e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.308198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2413  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 		 688 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3516  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 		 664 aa  270  8e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390317  normal  0.0637754 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2311  short chain dehydrogenase  30.76 
 
 		 688 aa  267  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25371  short chain dehydrogenase  30.58 
 
 		 715 aa  249  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0401  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 		 652 aa  230  7e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3743  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 571 aa  191  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3499  short chain dehydrogenase  29.4 
 
 		 413 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.110567  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3145  short chain dehydrogenase  29.17 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191553 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  37.26 
 
 		 259 aa  147  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 257 aa  147  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 257 aa  144  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  34.09 
 
 		 265 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.47 
 
 		 266 aa  134  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 256 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 256 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 256 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 		 260 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 252 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 		 267 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 		 266 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.476329 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 		 261 aa  128  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.877905  normal  0.0437007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 254 aa  127  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.425319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 256 aa  127  9e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  35.91 
 
 		 256 aa  127  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.92 
 
 		 259 aa  125  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 		 250 aa  126  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 270 aa  125  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 		 270 aa  124  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 		 261 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 		 295 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 		 261 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 		 250 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 		 256 aa  122  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.54 
 
 		 260 aa  122  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 		 279 aa  121  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.98 
 
 		 260 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 262 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 253 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  33.59 
 
 		 257 aa  120  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 		 267 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.780645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>