More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6217 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6217  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  100 
 
 
370 aa  766    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7135  ubiquinol oxidase, subunit II  69.39 
 
 
371 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.959293  normal  0.391928 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5985  ubiquinol oxidase, subunit II  67.99 
 
 
390 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4372  ubiquinol oxidase, subunit II  66.76 
 
 
392 aa  524  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4778  ubiquinol oxidase, subunit II  62.21 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213947  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4337  ubiquinol oxidase, subunit II  59.26 
 
 
387 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4706  ubiquinol oxidase, subunit II  59.26 
 
 
387 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535373  normal  0.898762 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4854  ubiquinol oxidase, subunit II  58.12 
 
 
387 aa  427  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0595  ubiquinol oxidase, subunit II  62.46 
 
 
385 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191976  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4046  ubiquinol oxidase, subunit II  66.33 
 
 
342 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25718  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4890  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  61.67 
 
 
345 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0147207  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1731  ubiquinol oxidase, subunit II  58.77 
 
 
409 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.768664  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5735  ubiquinol oxidase, subunit II  60.13 
 
 
426 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010556 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2030  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  59.64 
 
 
390 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.463087  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0242  ubiquinol oxidase, subunit II  62.46 
 
 
385 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1744  putative cytochrome o ubiquinol oxidase chain II protein  63.89 
 
 
343 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.195887  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1877  ubiquinol oxidase, subunit II  60.34 
 
 
350 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.209329 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2775  ubiquinol oxidase, subunit II  63.21 
 
 
349 aa  391  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.608558 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1548  ubiquinol oxidase, subunit II  64.1 
 
 
350 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.45181  normal  0.18234 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5608  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  60.98 
 
 
349 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1508  ubiquinol oxidase, subunit II  61.74 
 
 
409 aa  394  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.205706  normal  0.237514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2223  ubiquinol oxidase, subunit II  65 
 
 
349 aa  394  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2265  ubiquinol oxidase, subunit II  62.86 
 
 
349 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.384743  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4057  ubiquinol oxidase, subunit II  63.93 
 
 
348 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.202899  normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5108  ubiquinol oxidase, subunit II  52.32 
 
 
400 aa  363  4e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0042  ubiquinol oxidase, subunit II  53.57 
 
 
341 aa  348  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0042  ubiquinol oxidase, subunit II  53.25 
 
 
341 aa  345  8e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0048  ubiquinol oxidase, subunit II  52.34 
 
 
335 aa  343  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184158  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2284  ubiquinol oxidase, subunit II  47.66 
 
 
363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47210  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  55.77 
 
 
331 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000853268  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4073  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  55 
 
 
326 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0581224  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3163  ubiquinol oxidase, subunit II  52.65 
 
 
320 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193741 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2814  ubiquinol oxidase, subunit II  52.65 
 
 
340 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2714  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.218735  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3649  ubiquinol oxidase, subunit II  54.86 
 
 
299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0603  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
296 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0993  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
300 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.616609  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1369  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
300 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0194  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
300 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2772  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
296 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4579  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  51.94 
 
 
306 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2833  ubiquinol oxidase polypeptide II precursor  55.64 
 
 
296 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2716  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
330 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1722  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
282 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243968  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2880  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
282 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2410  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
282 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1141  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  48.3 
 
 
313 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.408263 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2572  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
330 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0225  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
295 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1566  ubiquinol oxidase, subunit II  55.64 
 
 
295 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1209  ubiquinol oxidase, subunit II  54.47 
 
 
295 aa  301  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0864701  normal  0.353676 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1788  ubiquinol oxidase, subunit II  54.47 
 
 
377 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0548313  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0479  ubiquinol oxidase, subunit II  54.47 
 
 
295 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1043  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  51.16 
 
 
320 aa  296  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0760278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3269  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  50.83 
 
 
320 aa  296  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5376  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  54.09 
 
 
283 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1295  ubiquinol oxidase, subunit II  52.12 
 
 
295 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000833627  hitchhiker  0.00150484 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0948  ubiquinol oxidase, subunit II  51.94 
 
 
322 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3968  ubiquinol oxidase, subunit II  53.31 
 
 
300 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.44494  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1325  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  50.39 
 
 
313 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2090  ubiquinol oxidase, subunit II  54.09 
 
 
281 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5009  ubiquinol oxidase, subunit II  54.09 
 
 
299 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348819  normal  0.0229485 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6006  ubiquinol oxidase, subunit II  54.09 
 
 
295 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2071  ubiquinol oxidase, subunit II  54.09 
 
 
295 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.741779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1637  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  53.7 
 
 
297 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140878  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4376  ubiquinol oxidase, subunit II  52.33 
 
 
314 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.918748  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3073  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  48.71 
 
 
317 aa  288  8e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000192778  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5793  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  49.22 
 
 
319 aa  288  8e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0258171  normal  0.152463 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00009  ubiquinol oxidase, subunit II  53.26 
 
 
311 aa  288  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.829439  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0812  ubiquinol oxidase subunit 2  46.13 
 
 
313 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.642349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0849  ubiquinol oxidase, subunit II  46.28 
 
 
313 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0835  ubiquinol oxidase, subunit II  46.13 
 
 
313 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0741  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  51.53 
 
 
319 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.586473  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0366  ubiquinol oxidase, subunit II  49.22 
 
 
316 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0656  ubiquinol oxidase, subunit II  51.15 
 
 
319 aa  280  3e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1290  ubiquinol oxidase, subunit II  46.69 
 
 
308 aa  278  8e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2917  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  51.92 
 
 
329 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.215988  normal  0.435396 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3241  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  52.49 
 
 
318 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.46443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3098  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  52.49 
 
 
318 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.384204  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3060  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  52.49 
 
 
318 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000967712  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2882  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  47.74 
 
 
317 aa  275  7e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.226389  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2107  ubiquinol oxidase, subunit II  53.7 
 
 
295 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.295579  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1977  ubiquinol oxidase, subunit II  53.7 
 
 
283 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0545  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  44.9 
 
 
309 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00734942  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0484  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  44.9 
 
 
318 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000643315  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0224  ubiquinol oxidase, subunit II  45.1 
 
 
346 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0501  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  44.9 
 
 
318 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000104856  normal  0.570341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4648  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  52.31 
 
 
313 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.117472  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1858  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  46.9 
 
 
330 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.2499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4218  ubiquinol oxidase, subunit II  51.92 
 
 
361 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3858  ubiquinol oxidase, subunit II  47.25 
 
 
347 aa  270  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1090  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  50.52 
 
 
316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000286734  hitchhiker  0.00000462839 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4146  ubiquinol oxidase, subunit II  51.15 
 
 
367 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0482  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  44.59 
 
 
309 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4350  ubiquinol oxidase, subunit II  51.54 
 
 
351 aa  269  5e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0490  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  44.59 
 
 
318 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000373186  hitchhiker  0.00204632 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3177  ubiquinol oxidase, subunit II  46.69 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0472  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  46.69 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304701  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0507  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  46.69 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.47547e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0467  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  46.69 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>