More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6131 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6131  zinc-binding alcohol dehydrogenase  100 
 
 
331 aa  665    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1107  alcohol dehydrogenase  73.25 
 
 
331 aa  478  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3632  alcohol dehydrogenase  68 
 
 
337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.118104  normal  0.722964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0752  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  54.85 
 
 
330 aa  352  5e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534368  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5139  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  54.6 
 
 
328 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1108  alcohol dehydrogenase  53.85 
 
 
328 aa  339  4e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.588532  normal  0.604429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2364  dehydrogenase NAD(P)-binding domain-containing protein  54.91 
 
 
328 aa  338  8e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1643  zinc-binding alcohol dehydrogenase  55.66 
 
 
327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.561484  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3205  alcohol dehydrogenase  54.91 
 
 
331 aa  333  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0147594 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4337  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  53.33 
 
 
329 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0883749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2846  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  54.15 
 
 
328 aa  331  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0354021  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2933  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  54.88 
 
 
332 aa  330  3e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0318941 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2819  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  54.13 
 
 
327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3502  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  53.23 
 
 
328 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.990659  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2535  zinc-binding alcohol dehydrogenase  51.82 
 
 
336 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351283  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0467  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.15 
 
 
325 aa  325  8.000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2363  alcohol dehydrogenase  54.55 
 
 
329 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.949479  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0950  quinone oxidoreductase  52.31 
 
 
327 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.759216  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1230  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.31 
 
 
328 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0901  alcohol dehydrogenase  50.76 
 
 
327 aa  322  8e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149382  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6206  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  53.42 
 
 
328 aa  322  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1586  alcohol dehydrogenase  52.45 
 
 
330 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1229  zinc-binding alcohol dehydrogenase  54.98 
 
 
342 aa  321  9.999999999999999e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.157055  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0808  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.38 
 
 
327 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3679  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  52.73 
 
 
329 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3519  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  52.58 
 
 
330 aa  321  9.999999999999999e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.231356  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1185  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.99 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0178  YhdH/YhfP family quinone oxidoreductase  53.85 
 
 
326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000873043  normal  0.604397 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3189  zinc-binding alcohol dehydrogenase  51.66 
 
 
333 aa  319  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.246614  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2517  putative zinc-binding dehydrogenase  53.25 
 
 
326 aa  318  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.145021  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2365  quinone oxidoreductase  52.76 
 
 
328 aa  317  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2634  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.31 
 
 
325 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341992  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0309  zinc-binding alcohol dehydrogenase  49.69 
 
 
328 aa  315  6e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3835  quinone oxidoreductase  51.69 
 
 
328 aa  315  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0105  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.27 
 
 
328 aa  315  7e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.227745  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1526  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.85 
 
 
327 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3133  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.04 
 
 
338 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.87638 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18460  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  51.53 
 
 
327 aa  312  4.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2767  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.74 
 
 
338 aa  311  9e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2939  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.76 
 
 
327 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.533119  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3700  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  50.76 
 
 
327 aa  311  1e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3356  quinone oxidoreductase  50.31 
 
 
327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0638936 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1052  quinone oxidoreductase  50.61 
 
 
327 aa  309  5e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5289  quinone oxidoreductase  50 
 
 
327 aa  309  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574483  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4779  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.69 
 
 
325 aa  308  5.9999999999999995e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.279047  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1248  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  53.07 
 
 
328 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.893092  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0250  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.39 
 
 
327 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.68401  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0359  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  48.93 
 
 
327 aa  308  9e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000624901 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1984  alcohol dehydrogenase  49.54 
 
 
327 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001990  alcohol dehydrogenase  50.31 
 
 
326 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1505  NADPH:quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase  50.61 
 
 
330 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0065  alcohol dehydrogenase  51.69 
 
 
326 aa  307  1.0000000000000001e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0766  alcohol dehydrogenase  50.46 
 
 
327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4744  alcohol dehydrogenase  50.31 
 
 
327 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.5324  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1314  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.3 
 
 
336 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0952218  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1416  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.3 
 
 
336 aa  305  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1210  alcohol dehydrogenase  52.08 
 
 
328 aa  305  6e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783737  normal  0.219465 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4991  alcohol dehydrogenase  51.08 
 
 
328 aa  305  8.000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1223  quinone oxidoreductase  54.05 
 
 
328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1204  quinone oxidoreductase  50.46 
 
 
326 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.740135  normal  0.265781 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3408  alcohol dehydrogenase  49.85 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00458  alcohol dehydrogenase  50 
 
 
326 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3346  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  50.92 
 
 
328 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.584462  normal  0.149022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5461  zinc-binding alcohol dehydrogenase  50 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5401  alcohol dehydrogenase  50 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4477  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  48.62 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000206096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3034  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  48.94 
 
 
334 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2891  putative oxidoreductase protein  53.42 
 
 
338 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.874963  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1474  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  48.62 
 
 
331 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0556  alcohol dehydrogenase  50.46 
 
 
328 aa  301  1e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4748  oxidoreductase, zinc-binding  48.62 
 
 
327 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2962  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.31 
 
 
327 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2639  zinc-binding alcohol dehydrogenase  50.3 
 
 
345 aa  300  2e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.718234  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3572  alcohol dehydrogenase  48.77 
 
 
326 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24770  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily  54.41 
 
 
328 aa  299  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0272  quinone oxidoreductase  50.15 
 
 
326 aa  299  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0082  alcohol dehydrogenase  49.38 
 
 
326 aa  299  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0838693  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1434  putative Zn-dependent oxidoreductase  49.38 
 
 
326 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3877  quinone oxidoreductase  51.38 
 
 
332 aa  296  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161114  normal  0.0453412 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1602  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  48.32 
 
 
327 aa  297  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1675  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.62 
 
 
327 aa  296  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.509844  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0271  alcohol dehydrogenase  49.08 
 
 
326 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000478762 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4869  quinone oxidoreductase  48.77 
 
 
327 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578327  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4334  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  50.77 
 
 
334 aa  295  5e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.564887 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4187  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  51.38 
 
 
332 aa  295  7e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2753  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.69 
 
 
327 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.700456  normal  0.0252326 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1341  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  47.56 
 
 
330 aa  295  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000434756  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0250  alcohol dehydrogenase  47.85 
 
 
326 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2493  zinc-binding alcohol dehydrogenase  48.16 
 
 
326 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0254  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  47.55 
 
 
326 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000117637 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1893  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.61 
 
 
327 aa  293  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3530  alcohol dehydrogenase  47.24 
 
 
326 aa  292  6e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2475  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  48.85 
 
 
329 aa  291  9e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2968  alcohol dehydrogenase, zinc-containing protein  48.93 
 
 
327 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0338214  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0252  quinone oxidoreductase putative YhdH/YhfP  47.85 
 
 
326 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0255  quinone oxidoreductase  48.16 
 
 
326 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4569  quinone oxidoreductase, YhdH family  47.84 
 
 
324 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000284525  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3737  quinone oxidoreductase  47.84 
 
 
324 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000296751  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1419  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  49.54 
 
 
328 aa  290  2e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3567  protein YhdH  48.61 
 
 
324 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000716793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>