More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6084 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6084  hydrolase  100 
 
 
278 aa  567  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6254  alpha/beta hydrolase fold  60.77 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140494  normal  0.235201 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6549  alpha/beta hydrolase fold protein  61.87 
 
 
281 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.385661  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5584  alpha/beta hydrolase fold  61.48 
 
 
281 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.554679  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6120  alpha/beta hydrolase fold  53.6 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894817  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2479  alpha/beta hydrolase fold  38.37 
 
 
277 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2408  Alpha/beta hydrolase fold  34.65 
 
 
282 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.734786  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  34.25 
 
 
277 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2674  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  33.86 
 
 
282 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  33.46 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  33.46 
 
 
292 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2216  alpha/beta fold family hydrolase  36.89 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.111084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3232  3-oxoadipate enol-lactonase  34.9 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
277 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  33.73 
 
 
277 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4154  alpha/beta hydrolase  38.46 
 
 
249 aa  128  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5507  alpha/beta hydrolase fold  31.32 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124996 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1968  putative alpha/beta hydrolase fold  29.7 
 
 
259 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153168  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4321  alpha/beta hydrolase fold  33.82 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0798376 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  32.11 
 
 
275 aa  115  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2292  alpha/beta hydrolase fold  31.87 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.288944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0084  alpha/beta hydrolase fold protein  31.22 
 
 
246 aa  109  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.18 
 
 
367 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.17 
 
 
370 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.12 
 
 
370 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.55 
 
 
370 aa  85.5  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8725  alpha/beta hydrolase fold protein  29 
 
 
332 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  28.85 
 
 
270 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  28 
 
 
263 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  28.06 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4540  alpha/beta fold family hydrolase  29.41 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  29.02 
 
 
270 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  25.49 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0084  3-oxoadipate enol-lactonase  25.5 
 
 
282 aa  80.1  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1905  alpha/beta hydrolase fold  26.55 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2527  alpha/beta hydrolase fold protein  27.41 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104657  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  26.28 
 
 
299 aa  79  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.48 
 
 
368 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  26.56 
 
 
425 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.91 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.15 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  26.83 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5996  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)  25.2 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.4 
 
 
368 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2092  alpha/beta hydrolase fold  40.37 
 
 
275 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.168465  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2652  alpha/beta hydrolase fold protein  27.17 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.191504  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4521  alpha/beta hydrolase fold  26.32 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3546  3-oxoadipate enol-lactonase  28.99 
 
 
251 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0975813  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0304  Alpha/beta hydrolase  25.68 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  25.4 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1310  alpha/beta hydrolase fold  27.42 
 
 
269 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.557665  normal  0.708974 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4750  alpha/beta hydrolase fold protein  42.22 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6057  alpha/beta hydrolase fold  27.94 
 
 
332 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00402067  normal  0.493992 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4002  alpha/beta hydrolase fold protein  25.38 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4115  alpha/beta hydrolase fold  28.79 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  23.83 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.44 
 
 
370 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3383  alpha/beta hydrolase fold  26.64 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1996  alpha/beta hydrolase fold  25.7 
 
 
254 aa  72.8  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507588  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.96 
 
 
370 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1188  alpha/beta hydrolase fold  26.54 
 
 
289 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.971563  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1230  alpha/beta hydrolase fold  23.53 
 
 
261 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0102  alpha/beta hydrolase fold  26.3 
 
 
332 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.82 
 
 
371 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  24.11 
 
 
277 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3987  alpha/beta hydrolase fold  37.25 
 
 
298 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136743  normal  0.0524037 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6602  alpha/beta hydrolase fold  23.53 
 
 
261 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.472817  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.05 
 
 
372 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4565  alpha/beta hydrolase fold  35.51 
 
 
303 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0422308  hitchhiker  0.000747551 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5225  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1812  alpha/beta hydrolase fold  32.71 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.204114  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2121  alpha/beta hydrolase fold  27.52 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00152914  normal  0.180644 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4100  alpha/beta hydrolase fold  35.51 
 
 
303 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.57 
 
 
372 aa  71.2  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0847  alpha/beta hydrolase fold protein  39.39 
 
 
404 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.135304  normal  0.159023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0056  alpha/beta hydrolase fold  25.56 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  39.64 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3020  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.702014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5346  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00669533  normal  0.437988 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6445  alpha/beta hydrolase fold protein  32.08 
 
 
340 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.668195  normal  0.673954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0087  alpha/beta hydrolase fold protein  26.39 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  24.41 
 
 
262 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1945  alpha/beta hydrolase fold  25.46 
 
 
346 aa  70.1  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2398  alpha/beta hydrolase fold protein  27.08 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.240634  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2333  alpha/beta fold family hydrolase  26.67 
 
 
280 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1168  alpha/beta hydrolase fold protein  29.28 
 
 
271 aa  69.7  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.375352  normal  0.0130652 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02909  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  32.76 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0273  alpha/beta fold family hydrolase  26.89 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000365907  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  25 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4694  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
283 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.165062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.97 
 
 
369 aa  68.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7062  alpha/beta hydrolase fold  36.73 
 
 
296 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  24.36 
 
 
296 aa  68.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1857  3-oxoadipate enol-lactonase  27.65 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115671  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4001  alpha/beta hydrolase fold protein  35.85 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5377  alpha/beta hydrolase fold protein  24.64 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.306055  normal  0.839367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0912  alpha/beta hydrolase fold  30.17 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  27.7 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.343862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>