More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5902 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5902  hypothetical protein  100 
 
 
241 aa  484  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0869  pentapeptide repeat protein  56.94 
 
 
233 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0841759  normal  0.943651 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1857  pentapeptide repeat-containing protein  56.1 
 
 
241 aa  241  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0997  pentapeptide repeat protein  55.12 
 
 
237 aa  234  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2558  pentapeptide repeat-containing protein  36.98 
 
 
312 aa  102  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6261  pentapeptide repeat-containing protein  37.1 
 
 
433 aa  92  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.559875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6262  pentapeptide repeat-containing protein  32.95 
 
 
408 aa  89.7  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.104366  normal  0.857591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6284  pentapeptide repeat-containing protein  35.5 
 
 
381 aa  89.7  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5254  pentapeptide repeat protein  39.33 
 
 
449 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.440739 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4644  pentapeptide repeat-containing protein  34.63 
 
 
416 aa  85.9  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2951  hypothetical protein  34.67 
 
 
286 aa  85.5  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000137449  normal  0.0109171 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4963  pentapeptide repeat-containing protein  33.17 
 
 
489 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4278  pentapeptide repeat-containing protein  34.25 
 
 
411 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0535647  normal  0.226875 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0710  hypothetical protein  31.91 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.720138  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2185  pentapeptide repeat-containing protein  32.39 
 
 
361 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.225539 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0521  pentapeptide repeat-containing protein  35 
 
 
418 aa  78.2  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3994  RDD domain containing protein  30.53 
 
 
734 aa  75.1  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412081 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3507  pentapeptide repeat-containing protein  34.54 
 
 
483 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4910  pentapeptide repeat-containing protein  33.16 
 
 
268 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.186605 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0677  pentapeptide repeat-containing protein  38.96 
 
 
214 aa  74.3  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.606696  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1100  pentapeptide repeat-containing protein  31.58 
 
 
493 aa  73.9  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1383  pentapeptide repeat protein  32 
 
 
327 aa  72.8  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.100104  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3557  pentapeptide repeat protein  36.42 
 
 
175 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.951665  normal  0.239792 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5734  pentapeptide repeat protein  31.36 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4850  pentapeptide repeat-containing protein  34.52 
 
 
576 aa  72.4  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00626433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0563  pentapeptide repeat-containing protein  33.74 
 
 
386 aa  72.4  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.643792 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1663  pentapeptide repeat protein  34.67 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4721  pentapeptide repeat protein  31.61 
 
 
332 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.388862 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3628  pentapeptide repeat protein  37.14 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2980  pentapeptide repeat-containing protein  32.1 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.670799  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2344  pentapeptide repeat protein  33.81 
 
 
311 aa  70.1  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00177045 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4098  pentapeptide repeat-containing protein  28.36 
 
 
710 aa  69.7  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.202207 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2697  pentapeptide repeat protein  35.37 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.836174  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3419  pentapeptide repeat protein  35.37 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3400  serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 
567 aa  68.9  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.110331 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1260  pentapeptide repeat-containing protein  36.76 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  hitchhiker  0.00173599 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3383  pentapeptide repeat protein  36 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.438267  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1254  pentapeptide repeat-containing protein  34.01 
 
 
213 aa  68.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5070  pentapeptide repeat protein  33.79 
 
 
174 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4398  pentapeptide repeat-containing protein  36.18 
 
 
521 aa  68.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0324397  hitchhiker  0.0000237208 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1012  pentapeptide repeat protein  36.03 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0736311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1211  pentapeptide repeat-containing protein  33.54 
 
 
419 aa  67  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.645913 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0761  pentapeptide repeat-containing protein  33.77 
 
 
1191 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.515894  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1024  pentapeptide repeat-containing protein  30.59 
 
 
389 aa  67  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.299453  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4216  pentapeptide repeat-containing protein  35 
 
 
485 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0428969  normal  0.525681 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1785  pentapeptide repeat-containing protein  30.09 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2216  pentapeptide repeat protein  32.89 
 
 
267 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000619186  normal  0.061553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1703  pentapeptide repeat protein  30.95 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.279305  normal  0.0241547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2559  pentapeptide repeat-containing protein  34.29 
 
 
163 aa  66.2  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4112  pentapeptide repeat-containing protein  36.36 
 
 
278 aa  66.2  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1220  pentapeptide repeat protein  32.74 
 
 
441 aa  66.2  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3402  pentapeptide repeat protein  31.98 
 
 
401 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2382  pentapeptide repeat protein  37.91 
 
 
216 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2141  pentapeptide repeat-containing protein  34.08 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3417  pentapeptide repeat-containing protein  31.64 
 
 
448 aa  65.9  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.462451  normal  0.146874 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2701  pentapeptide repeat protein  31.98 
 
 
401 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5019  pentapeptide repeat-containing protein  41.67 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3418  pentapeptide repeat-containing protein  34.18 
 
 
256 aa  65.5  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1486  hypothetical protein  31.82 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29092  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0562  pentapeptide repeat protein  32.85 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1585  pentapeptide repeat-containing protein  31.03 
 
 
237 aa  65.1  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000106738  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0301  pentapeptide repeat-containing protein  36.99 
 
 
263 aa  65.5  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1224  hypothetical protein  33.33 
 
 
745 aa  65.5  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.605916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2556  pentapeptide repeat protein  34.73 
 
 
776 aa  65.5  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.684592 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1853  pentapeptide repeat protein  38.14 
 
 
369 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150883  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4100  pentapeptide repeat protein  34.56 
 
 
260 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614412  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2608  pentapeptide repeat-containing protein  29.65 
 
 
259 aa  64.7  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2409  hypothetical protein  31.9 
 
 
234 aa  63.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.862876  normal  0.116796 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3834  pentapeptide repeat-containing protein  36.15 
 
 
264 aa  63.9  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1025  pentapeptide repeat protein  29.65 
 
 
333 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00638756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1231  pentapeptide repeat-containing protein  28.93 
 
 
363 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.388459  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1544  RDD domain-containing protein  28.86 
 
 
706 aa  63.9  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2700  pentapeptide repeat-containing protein  30.95 
 
 
517 aa  64.3  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1977  pentapeptide repeat protein  30.99 
 
 
199 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0435241 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4536  pentapeptide repeat protein  34.57 
 
 
184 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.339065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1950  pentapeptide repeat protein  30.99 
 
 
199 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2093  pentapeptide repeat-containing protein  30.48 
 
 
351 aa  63.2  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.391868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3762  pentapeptide repeat protein  30.22 
 
 
343 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0246  pentapeptide repeat protein  35.86 
 
 
215 aa  63.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.858337  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3811  pentapeptide repeat protein  30.22 
 
 
343 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4733  pentapeptide repeat protein  34.44 
 
 
452 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  decreased coverage  0.00416272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3130  pentapeptide repeat-containing protein  29.21 
 
 
219 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.352835 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0545  pentapeptide repeat protein  34.96 
 
 
315 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0605  pentapeptide repeat-containing protein  29.47 
 
 
727 aa  62.4  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000848072  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1533  pentapeptide repeat-containing protein  31.54 
 
 
181 aa  62.4  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1750  pentapeptide repeat protein  28.74 
 
 
440 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2635  hypothetical protein  32.93 
 
 
245 aa  62  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224677  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3764  pentapeptide repeat protein  28.17 
 
 
218 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3276  pentapeptide repeat-containing protein  30 
 
 
319 aa  61.6  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.300085 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0916  hypothetical protein  32.53 
 
 
219 aa  61.2  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.964327  normal  0.840597 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2921  effector protein pipB2  31.21 
 
 
366 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.347087  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3321  pentapeptide repeat protein  28.49 
 
 
340 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1239  pentapeptide repeat-containing protein  33.17 
 
 
493 aa  61.6  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.101838  normal  0.0181716 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0025  pentapeptide repeat-containing protein  30.61 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5268  pentapeptide repeat protein  31.15 
 
 
180 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.155872 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  32.64 
 
 
830 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1060  pentapeptide repeat-containing protein  35.59 
 
 
157 aa  60.5  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0113174  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1610  pentapeptide repeat protein  38.1 
 
 
408 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000228674  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2302  pentapeptide repeat protein  31.39 
 
 
294 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000172848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38880  hypothetical protein  29.28 
 
 
215 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>