More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5698 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5698  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
387 aa  775    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.040975  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
367 aa  456  1e-127  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.251856  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.45 
 
 
367 aa  455  1e-127  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000435882  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.93 
 
 
391 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.0670857 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0964452  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.49 
 
 
387 aa  438  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.219738 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.39 
 
 
373 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.652162  normal  0.275677 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.26 
 
 
368 aa  411  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.26 
 
 
368 aa  411  1e-113  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.18 
 
 
392 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.669447  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14280  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  55.71 
 
 
384 aa  404  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.67 
 
 
373 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647572 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5517  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  55.28 
 
 
379 aa  399  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585071  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
426 aa  395  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.83 
 
 
376 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.135755  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.22 
 
 
391 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.579671  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1706  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
378 aa  376  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00135603  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
390 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.6 
 
 
390 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.106736 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3928  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  49.73 
 
 
394 aa  360  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.24 
 
 
386 aa  354  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.05 
 
 
386 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.21 
 
 
387 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.257329  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
385 aa  331  2e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.295297 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
387 aa  328  8e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
364 aa  315  7e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.853093  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
363 aa  313  2.9999999999999996e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.960083  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.67 
 
 
360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.390668  normal  0.152299 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.35 
 
 
376 aa  302  7.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.899475  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
376 aa  299  4e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0112138  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 
375 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
375 aa  290  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
352 aa  291  2e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000439393  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.648846 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
380 aa  267  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.404079 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
377 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.765762  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
375 aa  257  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5117  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.64 
 
 
373 aa  255  9e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
355 aa  241  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0423435  normal  0.0729234 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1901  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.866593  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
376 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4163  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.63 
 
 
372 aa  234  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0546516  hitchhiker  0.0000167593 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
558 aa  231  2e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00968979  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.12 
 
 
516 aa  226  6e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 
378 aa  222  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.282598 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0445  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems permease components-like  39.44 
 
 
351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.881548 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
532 aa  209  8e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.180791  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4032  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  35.79 
 
 
371 aa  208  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
516 aa  202  8e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3158  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  32.08 
 
 
415 aa  195  9e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
497 aa  194  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  32.96 
 
 
349 aa  191  2e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
495 aa  190  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
494 aa  186  6e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
377 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
542 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000497228  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 
307 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
344 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
284 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
307 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
282 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  43.36 
 
 
307 aa  182  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  42.48 
 
 
307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.48 
 
 
479 aa  182  1e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.36 
 
 
307 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
304 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  43.67 
 
 
304 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
280 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
280 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
317 aa  181  2e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.92 
 
 
306 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.92 
 
 
306 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
307 aa  180  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
485 aa  180  4e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
316 aa  179  8e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
349 aa  179  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  41.59 
 
 
307 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.59 
 
 
307 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
299 aa  178  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
496 aa  176  6e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
313 aa  176  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
468 aa  176  7e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
603 aa  176  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.959889  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
301 aa  176  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
309 aa  176  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  41.07 
 
 
304 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
285 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
304 aa  173  5e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0465  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.11 
 
 
386 aa  173  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  41.7 
 
 
300 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.67 
 
 
288 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  43.3 
 
 
300 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0535  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.11 
 
 
386 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.15 
 
 
473 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>