140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5250 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5250  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  100 
 
 		 457 aa  936    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4126  extracellular solute-binding protein family 1  68.66 
 
 		 456 aa  627  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1345  extracellular solute-binding protein family 1  67.74 
 
 		 456 aa  620  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1174  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 		 502 aa  230  4e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0503  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 443 aa  216  7e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000478191  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6130  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 		 448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.307957  normal  0.305862 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6542  extracellular solute-binding protein family 1  31.41 
 
 		 448 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.162087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2071  twin-arginine translocation pathway signal  28.93 
 
 		 471 aa  172  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170531  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0751  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0314212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 445 aa  63.9  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 		 430 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 434 aa  61.6  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.34 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 393 aa  59.7  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  26.23 
 
 		 414 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16190  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1639  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 463 aa  57  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.102178  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.44 
 
 		 431 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 415 aa  56.6  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 443 aa  56.6  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.89 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 488 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1317  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 426 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.12099 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 424 aa  53.9  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 414 aa  53.9  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 448 aa  53.9  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.62 
 
 		 403 aa  53.9  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 488 aa  53.1  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 		 447 aa  53.5  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3387  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 447 aa  52.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 457 aa  53.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1181  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2014  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 		 455 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.383085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.8 
 
 		 427 aa  52.4  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.61 
 
 		 675 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.38 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0772443  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 420 aa  51.6  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 420 aa  51.6  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  22.08 
 
 		 412 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  20.94 
 
 		 399 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 440 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1773  extracellular solute-binding protein family 1  30.5 
 
 		 465 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.504545  normal  0.290135 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.64 
 
 		 366 aa  50.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.13 
 
 		 438 aa  50.8  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.51 
 
 		 441 aa  50.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 424 aa  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 422 aa  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 434 aa  49.7  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 432 aa  49.3  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 428 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 		 437 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.8 
 
 		 426 aa  49.7  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  31.25 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22450  maltose-binding periplasmic protein  25.5 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.326435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2102  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 439 aa  49.7  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 455 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0940  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.66 
 
 		 409 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.69507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.43 
 
 		 434 aa  48.5  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3240  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 434 aa  48.9  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  34.09 
 
 		 440 aa  48.5  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.58 
 
 		 408 aa  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 397 aa  48.5  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  21.59 
 
 		 412 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  23.22 
 
 		 435 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  22.2 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2603  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 445 aa  47.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0144502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  20.65 
 
 		 464 aa  47.8  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 420 aa  47.4  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 399 aa  47.4  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2395  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 451 aa  47.4  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0747  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 435 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118998 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04610  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 431 aa  47  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  26.34 
 
 		 446 aa  47  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 415 aa  47  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9091  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  31.58 
 
 		 422 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 418 aa  46.2  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  22.76 
 
 		 437 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.59 
 
 		 464 aa  46.2  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  28.93 
 
 		 415 aa  45.8  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>