43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5222 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5222  transcriptional regulator  100 
 
 		 179 aa  363  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 208 aa  86.3  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 217 aa  85.5  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0437  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 213 aa  77.8  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0481  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.510186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  26.52 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  31.03 
 
 		 225 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 203 aa  48.5  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  30.28 
 
 		 192 aa  45.8  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0667  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 200 aa  44.7  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042492  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3779  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 194 aa  44.3  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0184  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 197 aa  43.5  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3067  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 221 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  24.22 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 221 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  42.7  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  24.12 
 
 		 208 aa  42.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 214 aa  42.4  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
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NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 236 aa  42  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
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NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 243 aa  42  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 186 aa  42  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 189 aa  41.6  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 220 aa  41.6  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  41.3 
 
 		 186 aa  40.8  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
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NC_011666  Msil_1140  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 242 aa  40.8  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00144314 
 
 
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NC_010001  Cphy_1856  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 185 aa  41.2  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 229 aa  40.8  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 228 aa  40.8  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  40.8  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 204 aa  40.8  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
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