28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5158 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5158  hypothetical protein  100 
 
 
417 aa  855    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2877  hypothetical protein  68.59 
 
 
416 aa  619  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.956133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1138  hypothetical protein  69.9 
 
 
446 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1282  hypothetical protein  67.39 
 
 
416 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3049  hypothetical protein  68.11 
 
 
416 aa  616  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2557  hypothetical protein  68.51 
 
 
417 aa  612  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2458  hypothetical protein  68.51 
 
 
417 aa  612  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1192  hypothetical protein  67.39 
 
 
416 aa  608  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3028  hypothetical protein  68.27 
 
 
417 aa  609  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0018316  normal  0.016195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2369  hypothetical protein  66.91 
 
 
415 aa  596  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963325  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2062  LVIVD repeat protein  38.67 
 
 
373 aa  254  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0894  hypothetical protein  37.78 
 
 
405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.707456  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2303  hypothetical protein  31.63 
 
 
428 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0952276 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6317  hypothetical protein  29.67 
 
 
476 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844031  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0173  hypothetical protein  29.6 
 
 
459 aa  133  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.500875  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3068  LVIVD repeat protein  25.49 
 
 
472 aa  65.5  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1477  hypothetical protein  25.18 
 
 
605 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7661  hypothetical protein  22.22 
 
 
602 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.523321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  24.37 
 
 
4231 aa  56.2  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2512  LVIVD repeat protein  22.94 
 
 
518 aa  55.5  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.663749  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9106  hypothetical protein  24.33 
 
 
594 aa  53.1  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5196  hypothetical protein  21.12 
 
 
645 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0675413  normal  0.16071 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.13 
 
 
2096 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4367  protease domain-containing protein  29.08 
 
 
583 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000129346  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2058  putative secreted protein  26.99 
 
 
480 aa  48.9  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0788  LVIVD repeat-containing protein  20.52 
 
 
645 aa  47  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0658316  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0316  LVIVD repeat protein  22.07 
 
 
466 aa  45.8  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6147  putative secreted protein  25.73 
 
 
450 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0413388 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>