More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5143 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5143  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 343 aa  704    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423786  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5677  transcriptional regulator, LacI family  51.2 
 
 		 391 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673582  normal  0.0997985 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2074  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  30.49 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 352 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.65 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 335 aa  165  9e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  31.4 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.83 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.83 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.61 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.25 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  29.97 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 338 aa  155  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  30.38 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  32.22 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 368 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.18 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  27.11 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.86 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.86 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  28.3 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.72 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.52 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.15 
 
 		 341 aa  150  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.24 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.41 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  28.02 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  28.79 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 346 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 344 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.52 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  29.09 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.42 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.42 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.77 
 
 		 356 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.42 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.42 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  27.05 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  28.8 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 346 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.91 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.53 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.88 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.39 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 336 aa  143  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  29.74 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  31 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 		 325 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  27.71 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 379 aa  142  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  31 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  28.61 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  30.7 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.27 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  30.7 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  30.7 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>