More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5131 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5131  oxidoreductase  100 
 
 
334 aa  688    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1225  aldo/keto reductase  57.55 
 
 
338 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.244441  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1251  pyridoxal 4-dehydrogenase  57.55 
 
 
323 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5474  Pyridoxal 4-dehydrogenase  56.92 
 
 
323 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146746  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4297  pyridoxal 4-dehydrogenase  53.27 
 
 
346 aa  359  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.962411 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6342  pyridoxal 4-dehydrogenase  52.41 
 
 
339 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0173988  normal  0.700637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6915  Pyridoxal 4-dehydrogenase  51.94 
 
 
346 aa  352  5e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0866383  normal  0.474905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6471  aldo/keto reductase  52.25 
 
 
338 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217137  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6706  aldo/keto reductase  52.25 
 
 
338 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.167828 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6312  pyridoxal 4-dehydrogenase  51.95 
 
 
338 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2959  putative aldo/keto reductase family protein  51.49 
 
 
346 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6096  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  47.95 
 
 
343 aa  326  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.221329  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0357  pyridoxal 4-dehydrogenase  46.49 
 
 
352 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0846  aldo/keto reductase  42.14 
 
 
339 aa  269  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559318  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2190  putative aldo/keto oxidoreductase  43.5 
 
 
338 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.496704  hitchhiker  0.00616653 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2433  aldo/keto reductase  44.89 
 
 
329 aa  266  5e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6327  pyridoxal 4-dehydrogenase  42.6 
 
 
338 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459761 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2111  aldo/keto reductase  43.41 
 
 
340 aa  255  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.550176  normal  0.711591 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0351  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  41.27 
 
 
354 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1995  aldo/keto reductase  41.57 
 
 
341 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1823  putative aldo/keto reductase  39.76 
 
 
328 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3226  pyridoxal 4-dehydrogenase  41.64 
 
 
339 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4190  Pyridoxal 4-dehydrogenase  42.6 
 
 
338 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0161773 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2212  aldo/keto reductase  43.26 
 
 
334 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0945  pyridoxal 4-dehydrogenase  40.06 
 
 
341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03262  oxidoreductase  41.09 
 
 
348 aa  238  8e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1547  pyridoxal 4-dehydrogenase  43.69 
 
 
348 aa  236  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.977746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0159  Pyridoxal 4-dehydrogenase  38.86 
 
 
339 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00969615  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0153  Pyridoxal 4-dehydrogenase  39.64 
 
 
339 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408044  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3523  aldo/keto reductase  39.88 
 
 
340 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.292973  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4072  Pyridoxal 4-dehydrogenase  41.72 
 
 
334 aa  226  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.354561 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4948  aldo/keto reductase  42.25 
 
 
326 aa  225  9e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0576267  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3390  aldo/keto reductase  41.56 
 
 
322 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00660  predicted oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein  41.75 
 
 
373 aa  222  6e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1609  aldo/keto reductase  36.66 
 
 
334 aa  220  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05370  predicted oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein  43.56 
 
 
328 aa  220  3e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8210  oxidoreductase  42.06 
 
 
314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5706  aldo/keto reductase  40 
 
 
339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6070  aldo/keto reductase  40 
 
 
339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.734568  normal  0.816383 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4717  aldo/keto reductase family oxidoreductase  36.23 
 
 
336 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5079  aldo/keto reductase family oxidoreductase  36.23 
 
 
336 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1461  Pyridoxal 4-dehydrogenase  41.16 
 
 
313 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.386468  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0369  aldo/keto reductase  38.94 
 
 
332 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.811379  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6554  pyridoxal 4-dehydrogenase  39.38 
 
 
339 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.712011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2031  pyridoxal 4-dehydrogenase  37.16 
 
 
336 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3441  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  35.78 
 
 
336 aa  205  8e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3188  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  35.47 
 
 
336 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3116  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  35.78 
 
 
336 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674953  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3210  aldo/keto reductase family oxidoreductase  35.47 
 
 
336 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.581444  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3463  aldo/keto reductase family oxidoreductase  35.47 
 
 
336 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.580843  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3429  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  35.47 
 
 
336 aa  202  9e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0238  aldo/keto reductase  37.04 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4755  aldo/keto reductase  38.94 
 
 
334 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.856524  normal  0.741595 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5300  pyridoxal 4-dehydrogenase  38.63 
 
 
334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.180992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1060  pyridoxal 4-dehydrogenase  37.12 
 
 
337 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0396  aldo/keto reductase  43.51 
 
 
309 aa  193  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.625327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33900  Aldo/Keto reductase with a Twin-arginine translocation pathway signal  37.5 
 
 
378 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3075  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  33.85 
 
 
350 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42652  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0762  Pyridoxal 4-dehydrogenase  36.57 
 
 
321 aa  185  8e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5096  aldo/keto reductase  35.71 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00292864  normal  0.179601 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1187  aldo/keto reductase  36.83 
 
 
333 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.274889 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1596  aldo/keto reductase  38.39 
 
 
322 aa  181  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  0.769261 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4195  Pyridoxal 4-dehydrogenase  36.5 
 
 
345 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0851417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1289  Pyridoxal 4-dehydrogenase  32.19 
 
 
395 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.911185  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31498  predicted protein  32.62 
 
 
356 aa  157  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.532767  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0272  aldo/keto reductase  28.75 
 
 
322 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3434  pyridoxal 4-dehydrogenase  27.96 
 
 
323 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0581734 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4422  aldo/keto reductase  28.57 
 
 
323 aa  119  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000370601  normal  0.543562 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3006  aldo/keto reductase  26.52 
 
 
319 aa  119  7e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.314963  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1922  aldo/keto reductase  27.91 
 
 
316 aa  113  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1422  aldo/keto reductase  27.1 
 
 
317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0799  aldo/keto reductase  25.91 
 
 
312 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.601126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3152  pyridoxal 4-dehydrogenase  29.65 
 
 
299 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1416  aldo/keto reductase  28.77 
 
 
309 aa  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0447  aldo/keto reductase  26.32 
 
 
412 aa  100  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3459  aldo/keto reductase  25.77 
 
 
325 aa  96.7  6e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.221025 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1644  aldo/keto reductase  24.51 
 
 
323 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.539861  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2224  aldo/keto reductase  27.65 
 
 
326 aa  92.4  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1537  aldo/keto reductase  28.29 
 
 
329 aa  86.3  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.499861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2141  aldo/keto reductase  26.61 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03950  aldo/keto reductase  24.24 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.168395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2138  aldo/keto reductase  28.21 
 
 
327 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.111642  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0244  aldo/keto reductase family oxidoreductase  26.84 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5009  aldo/keto reductase  26.89 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4002  aldo/keto reductase  25.97 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2668  aldo/keto reductase  26.45 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0177157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6755  aldo/keto reductase  27.69 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978262  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1255  aldo/keto reductase  24.4 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2287  aldo/keto reductase  25.16 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000438369  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12920  predicted oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein  26.06 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2428  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  26.1 
 
 
308 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.466791 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0821  aldo/keto reductase  27.33 
 
 
327 aa  72.8  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.146536 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0782  aldo/keto reductase  28.3 
 
 
330 aa  72.4  0.000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5904  aldo/keto reductase  26.35 
 
 
317 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.407545  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4616  aldo/keto reductase  22.66 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0526321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2056  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  24.37 
 
 
327 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0299722 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1775  aldo/keto reductase  23.69 
 
 
314 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000121824  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1674  putative oxidoreductase  26.85 
 
 
325 aa  70.5  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165877  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0842  aryl-alcohol dehydrogenase  22.4 
 
 
302 aa  70.5  0.00000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3749  aldo/keto reductase  26.39 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>