238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4327 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4327  hypothetical protein  100 
 
 
199 aa  404  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0874  hypothetical protein  58.97 
 
 
229 aa  214  5e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0820  hypothetical protein  58.97 
 
 
229 aa  214  5e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3312  hypothetical protein  57.44 
 
 
209 aa  207  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0091  hypothetical protein  57.45 
 
 
194 aa  203  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02100  hypothetical protein  49.47 
 
 
196 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.482389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0770  hypothetical protein  48.96 
 
 
197 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0682  hypothetical protein  50.53 
 
 
193 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000348018  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0674  hypothetical protein  49.47 
 
 
197 aa  187  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4570  hypothetical protein  50.27 
 
 
194 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000582787  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3700  hypothetical protein  51.87 
 
 
194 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0638  hypothetical protein  50.27 
 
 
194 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0248  hypothetical protein  47.34 
 
 
196 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895952  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1849  protein of unknown function UPF0029  48.88 
 
 
206 aa  181  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0593  hypothetical protein  49.73 
 
 
194 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.195431  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0633  hypothetical protein  49.73 
 
 
194 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000102941  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2225  protein of unknown function UPF0029  46.52 
 
 
195 aa  157  8e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01194  thymidylate synthase  45.45 
 
 
212 aa  157  9e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.43796  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1820  hypothetical protein  44.85 
 
 
198 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0596118  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1608  protein of unknown function UPF0029  45.76 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.172462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2969  hypothetical protein  44.67 
 
 
200 aa  128  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3848  hypothetical protein  37.56 
 
 
290 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.727016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5111  hypothetical protein  37.37 
 
 
213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2244  hypothetical protein  37.82 
 
 
194 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891523  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0134  protein of unknown function UPF0029  35.56 
 
 
207 aa  118  6e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000670968  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3475  protein of unknown function UPF0029  39.9 
 
 
194 aa  118  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_37283  predicted protein  40.98 
 
 
239 aa  117  9e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0118938  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6009  protein of unknown function UPF0029  37.57 
 
 
239 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3148  protein of unknown function UPF0029  38.86 
 
 
194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3277  hypothetical protein  39.38 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.78794  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3825  hypothetical protein  35.03 
 
 
245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0366225  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1121  hypothetical protein  37.5 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.490437  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2867  hypothetical protein  43.06 
 
 
201 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1146  hypothetical protein  38.62 
 
 
204 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3596  hypothetical protein  38.62 
 
 
195 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466647  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4071  hypothetical protein  37.57 
 
 
195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0233425  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0264  hypothetical protein  36.87 
 
 
204 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00131939  normal  0.0250602 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1832  hypothetical protein  37.37 
 
 
195 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971114  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0246  hypothetical protein  36.6 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4174  hypothetical protein  38.1 
 
 
195 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.388301  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4192  hypothetical protein  38.1 
 
 
195 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3325  hypothetical protein  38.1 
 
 
195 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0536454  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1009  hypothetical protein  37.43 
 
 
191 aa  111  9e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0286427  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0415  hypothetical protein  31.34 
 
 
213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1632  protein of unknown function UPF0029  42.59 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1310  hypothetical protein  34.2 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00619746  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0279  hypothetical protein  38.42 
 
 
303 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.941808  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl056  putative proline dipeptidase  43.33 
 
 
232 aa  108  6e-23  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1630  protein of unknown function UPF0029  37.7 
 
 
197 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329042  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4412  hypothetical protein  41.96 
 
 
195 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1318  hypothetical protein  45.95 
 
 
212 aa  107  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0492765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1010  hypothetical protein  38.1 
 
 
196 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0074  hypothetical protein  45.83 
 
 
207 aa  107  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1720  hypothetical protein  38.1 
 
 
196 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0445948  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3899  hypothetical protein  34.41 
 
 
204 aa  105  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00283954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3745  hypothetical protein  33.9 
 
 
204 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00302159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0289  hypothetical protein  37.89 
 
 
303 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0488253  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1307  hypothetical protein  37.89 
 
 
303 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.441803  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2244  hypothetical protein  37.7 
 
 
222 aa  105  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1805  hypothetical protein  43.36 
 
 
303 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1989  protein of unknown function UPF0029  39.56 
 
 
212 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.592737  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4042  hypothetical protein  34.03 
 
 
203 aa  105  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0955788  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4232  hypothetical protein  32.98 
 
 
203 aa  104  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0996008  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1191  hypothetical protein  36.46 
 
 
211 aa  104  9e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.952586  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0518  protein of unknown function UPF0029  38.5 
 
 
197 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0361  hypothetical protein  41.35 
 
 
210 aa  103  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0285  hypothetical protein  33.69 
 
 
203 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000001725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1914  hypothetical protein  33.69 
 
 
203 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00064118  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3931  hypothetical protein  33.69 
 
 
203 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.457043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3042  hypothetical protein  34.74 
 
 
200 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1379  hypothetical protein  33.15 
 
 
199 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.262935  normal  0.051322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5286  protein of unknown function UPF0029  35.79 
 
 
196 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0405  hypothetical protein  35.79 
 
 
208 aa  102  4e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0813  protein of unknown function UPF0029  32.6 
 
 
206 aa  101  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0467204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2223  protein of unknown function UPF0029  34.22 
 
 
200 aa  101  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.238524  normal  0.0468847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1667  hypothetical protein  50.43 
 
 
186 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.494886  normal  0.674111 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2179  protein of unknown function UPF0029  35.16 
 
 
204 aa  99.8  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.509167  normal  0.553697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2078  hypothetical protein  34.39 
 
 
219 aa  99.8  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3045  protein of unknown function UPF0029  31.16 
 
 
211 aa  99.4  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0019281  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8747  predicted protein  34.59 
 
 
190 aa  98.2  7e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.336863  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2434  hypothetical protein  35.59 
 
 
206 aa  97.8  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206546  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0023  hypothetical protein  45.28 
 
 
198 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.132491  normal  0.0840592 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4011  hypothetical protein  35.2 
 
 
218 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.798676 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0335  hypothetical protein  44.07 
 
 
214 aa  96.7  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0030  hypothetical protein  43.33 
 
 
198 aa  97.1  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000164661  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2192  hypothetical protein  41.56 
 
 
198 aa  96.3  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17110  hypothetical protein  44.74 
 
 
212 aa  95.5  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5046  hypothetical protein  33.14 
 
 
211 aa  95.1  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5431  hypothetical protein  33.14 
 
 
211 aa  95.1  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0899  protein of unknown function UPF0029  34.22 
 
 
211 aa  95.5  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000186376  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4048  hypothetical protein  33.17 
 
 
209 aa  95.1  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173399  decreased coverage  0.000882934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3817  hypothetical protein  36.26 
 
 
212 aa  95.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670579  normal  0.106539 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4991  hypothetical protein  36.91 
 
 
211 aa  94.7  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0268  protein of unknown function UPF0029  48.21 
 
 
225 aa  94.7  8e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03138  hypothetical protein  40.58 
 
 
206 aa  94.7  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0046  hypothetical protein  35.71 
 
 
191 aa  94  1e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12020  conserved hypothetical protein TIGR00257  29.95 
 
 
208 aa  94  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.226332  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0035  hypothetical protein  32.77 
 
 
198 aa  94  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000127558  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4229  hypothetical protein  32.99 
 
 
204 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000219511  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0015  hypothetical protein  32.98 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.536697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>