More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4300 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_4209  carboxyl-terminal protease  81.28 
 
 		 440 aa  738    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.194144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3016  carboxyl-terminal protease  76.99 
 
 		 440 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3885  carboxyl-terminal protease  81.51 
 
 		 440 aa  739    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.26921  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3451  carboxyl-terminal protease  70.23 
 
 		 444 aa  640    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.000000117328  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4300  carboxy-terminal protease  100 
 
 		 444 aa  890    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0300488  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1062  carboxyl-terminal protease  67.49 
 
 		 442 aa  612  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.937129  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1770  carboxyl-terminal protease  70.45 
 
 		 424 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1837  carboxyl-terminal protease  70.45 
 
 		 424 aa  606  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0324  C-terminal processing peptidase  64.37 
 
 		 434 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4223  carboxyl-terminal protease  61.21 
 
 		 440 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.502517  normal  0.0644787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4733  carboxyl-terminal protease  60.98 
 
 		 440 aa  533  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0128345  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2287  carboxyl-terminal protease  61.27 
 
 		 440 aa  526  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.939403  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2244  carboxyl-terminal protease  61.03 
 
 		 440 aa  525  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0625684  normal  0.355809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2562  carboxyl-terminal protease  61.27 
 
 		 440 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0132517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0164  carboxyl-terminal protease  59.68 
 
 		 458 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0098  carboxyl-terminal protease  59.39 
 
 		 446 aa  521  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2072  carboxyl-terminal protease  57.87 
 
 		 453 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.422873  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0258  carboxyl-terminal protease  58.47 
 
 		 457 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0566  carboxyl-terminal protease  58.35 
 
 		 456 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0643  carboxyl-terminal protease  57.47 
 
 		 447 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0449  peptidase S41A  55.43 
 
 		 451 aa  494  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.143572  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0166  carboxyl-terminal protease  55.61 
 
 		 452 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.97074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2931  carboxyl-terminal protease  57.75 
 
 		 445 aa  495  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1472  carboxyl-terminal protease  60.89 
 
 		 444 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.732729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0414  carboxy-terminal-processing protease precursor (C- terminal-processing protease)  59.42 
 
 		 423 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.479747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0525  carboxyl-terminal protease  57.96 
 
 		 451 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.29494  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4487  carboxy-terminal-processing protease precursor (C- terminal-processing protease)  57.31 
 
 		 444 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2508  carboxyl-terminal protease  53.01 
 
 		 471 aa  431  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1232  C-terminal processing peptidase S41A  52.86 
 
 		 440 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00731341  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0381  carboxyl-terminal protease  50.47 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2755  carboxyl-terminal protease  50.34 
 
 		 445 aa  411  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0091  carboxyl-terminal protease  51.32 
 
 		 445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0132582  normal  0.640744 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0932  S41 family peptidase  50.92 
 
 		 448 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0235658  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2591  carboxyl-terminal protease  50.92 
 
 		 448 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.837496  normal  0.635906 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2983  carboxyl-terminal protease  49.66 
 
 		 449 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4724  carboxyl-terminal protease  47.74 
 
 		 463 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.458117  normal  0.0374379 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0574  carboxyl-terminal protease  50.12 
 
 		 462 aa  375  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.529282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0903  carboxyl-terminal protease  48.07 
 
 		 457 aa  370  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3509  carboxyl-terminal protease  47.11 
 
 		 461 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0030  peptidase S41A  47.88 
 
 		 439 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5109  carboxyl-terminal protease  49.87 
 
 		 438 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3288  carboxyl-terminal protease  48.33 
 
 		 432 aa  364  2e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3021  carboxyl-terminal protease  47.2 
 
 		 472 aa  364  2e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.846777  normal  0.0258031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5058  carboxyl-terminal protease  49.87 
 
 		 438 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4931  carboxyl-terminal protease  49.87 
 
 		 438 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0407  carboxyl-terminal protease  49.62 
 
 		 437 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.295473 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2533  carboxyl-terminal protease  46.45 
 
 		 441 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1772  carboxy-terminal processing protease  46.62 
 
 		 443 aa  355  6.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.011127  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1853  peptidase S41A, C-terminal protease  47.18 
 
 		 443 aa  355  8.999999999999999e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000457328  normal  0.829779 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3063  carboxyl-terminal protease  46.21 
 
 		 438 aa  355  1e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0122157 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04640  carboxyl-terminal protease S41A  49.11 
 
 		 439 aa  353  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.900151  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5329  carboxyl-terminal protease family protein  47.98 
 
 		 445 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67810  putative carboxyl-terminal protease  48.58 
 
 		 436 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.859493  normal  0.405059 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5869  putative carboxyl-terminal protease  48.58 
 
 		 436 aa  349  7e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1781  carboxyl-terminal protease  45.92 
 
 		 439 aa  348  9e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2547  carboxyl-terminal protease  47.76 
 
 		 449 aa  348  9e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.524396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0331  peptidase S41A, protease  47.34 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2392  peptidase S41A, protease  44.23 
 
 		 468 aa  345  6e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2353  carboxyl-terminal protease  45.01 
 
 		 446 aa  345  1e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0201351  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0492  C-terminal processing peptidase  47.24 
 
 		 462 aa  344  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4248  carboxyl-terminal protease  46.91 
 
 		 438 aa  344  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00499045 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2796  carboxyl-terminal protease  44.31 
 
 		 437 aa  344  2e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2409  carboxyl-terminal protease  45.39 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000398409  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4887  peptidase S41A, C-terminal protease  47.68 
 
 		 445 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2020  carboxyl-terminal protease  46.19 
 
 		 428 aa  339  5e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0858479  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0561  hypothetical protein  49.49 
 
 		 445 aa  338  8e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0537  hypothetical protein  49.49 
 
 		 445 aa  338  8e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0608  peptidase S41A, C-terminal protease  45.57 
 
 		 480 aa  338  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2993  carboxyl-terminal protease  47.85 
 
 		 444 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.70163e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1290  carboxyl-terminal protease  46.28 
 
 		 444 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000397536  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1935  carboxyl-terminal protease  45.82 
 
 		 444 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744169  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3168  carboxyl-terminal protease  46.94 
 
 		 468 aa  337  2.9999999999999997e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1920  carboxyl-terminal protease  43.94 
 
 		 455 aa  335  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000216068  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0383  carboxyl-terminal protease  43.5 
 
 		 476 aa  334  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000063116  normal  0.361886 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2568  C-terminal processing peptidase-3  49.55 
 
 		 426 aa  334  2e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.257628  hitchhiker  0.00928405 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0055  C-terminal processing peptidase-3  46.08 
 
 		 463 aa  331  1e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0304  carboxyl-terminal protease  48.13 
 
 		 498 aa  329  6e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000604667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1546  carboxyl-terminal protease  42.95 
 
 		 483 aa  329  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0199003  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1673  periplasmic protease  42.79 
 
 		 441 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.248616  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0969  carboxy-terminal processing protease  47.01 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1119  carboxyl-terminal protease  44.34 
 
 		 481 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2713  peptidase S41A, C-terminal protease  46.44 
 
 		 457 aa  316  4e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03547  carboxyl-terminal protease  45.58 
 
 		 507 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0264  carboxyl-terminal protease  46.28 
 
 		 530 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6187  peptidase S41A  46.09 
 
 		 515 aa  312  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2244  carboxyl-terminal protease  45.57 
 
 		 515 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.939746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2869  carboxyl-terminal protease  45.57 
 
 		 515 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2858  carboxyl-terminal protease  45.57 
 
 		 515 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0738688  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0524  carboxy-terminal peptidase  43.63 
 
 		 482 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.707834  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4182  peptidase S41A  49.28 
 
 		 526 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0682  carboxyl-terminal protease  43.63 
 
 		 482 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00713841 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0533  carboxyl-terminal protease  49.28 
 
 		 522 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.639363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1949  carboxyl-terminal protease  44.76 
 
 		 477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1437  carboxyl-terminal protease  42.92 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00028594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0445  carboxyl-terminal protease  45.05 
 
 		 515 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2913  carboxyl-terminal protease  45.05 
 
 		 513 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2775  carboxyl-terminal protease  45.5 
 
 		 511 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2453  carboxyl-terminal protease  46.54 
 
 		 455 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493491  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2159  carboxyl-terminal protease  44.5 
 
 		 422 aa  306  7e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.272376 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1654  carboxyl-terminal protease  42.48 
 
 		 477 aa  305  7e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.9351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>