More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4217 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4217  ABC type amino acid transport system periplasmic component protein  100 
 
 
265 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4079  extracellular solute-binding protein family 3  86.79 
 
 
265 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711512  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3756  extracellular solute-binding protein family 3  86.04 
 
 
265 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.720347  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3102  extracellular solute-binding protein  81.85 
 
 
269 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0463  extracellular solute-binding protein  69.65 
 
 
263 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4039  extracellular solute-binding protein  64.58 
 
 
262 aa  333  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0395  extracellular solute-binding protein  55.6 
 
 
267 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0910  extracellular solute-binding protein  62.76 
 
 
266 aa  313  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31827  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2760  extracellular solute-binding protein  46.84 
 
 
277 aa  208  8e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
281 aa  135  7.000000000000001e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.89 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  36.4 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.46 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
257 aa  125  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
265 aa  118  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.64 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 
264 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.13 
 
 
247 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.75 
 
 
265 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.58 
 
 
247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.38 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.58 
 
 
247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.92 
 
 
251 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.2 
 
 
250 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.17 
 
 
265 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.86 
 
 
250 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  32.73 
 
 
255 aa  112  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  31.74 
 
 
273 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  31.58 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.2 
 
 
256 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  31.52 
 
 
266 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.15 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.12 
 
 
248 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.12 
 
 
248 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.12 
 
 
248 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.12 
 
 
248 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.58 
 
 
250 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  108  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.58 
 
 
250 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.02 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
247 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  33.64 
 
 
252 aa  107  1e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
264 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  30.7 
 
 
285 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
285 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 
248 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
277 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  31.51 
 
 
246 aa  106  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  32.33 
 
 
285 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  29.48 
 
 
247 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
283 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  30.61 
 
 
256 aa  106  5e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  31.88 
 
 
242 aa  105  5e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
249 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  31.14 
 
 
248 aa  105  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  28.91 
 
 
264 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
252 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.09 
 
 
248 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.69 
 
 
248 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.01 
 
 
266 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  29.3 
 
 
264 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.46 
 
 
248 aa  102  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
285 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
250 aa  102  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  29.24 
 
 
489 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.24 
 
 
489 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>