More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4103 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4103  malate dehydrogenase  100 
 
 		 310 aa  613  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1203  L-lactate dehydrogenase  52.61 
 
 		 313 aa  305  7e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0216  L-lactate dehydrogenase  45.51 
 
 		 311 aa  276  4e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1483  malate dehydrogenase (NAD)  44.74 
 
 		 321 aa  271  8.000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1053  L-lactate dehydrogenase  42.57 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.189313  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0952  L-lactate dehydrogenase  44.22 
 
 		 319 aa  264  1e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.172568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1919  L-lactate dehydrogenase  48.17 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2485  L-lactate dehydrogenase  41.91 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0241914  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1918  L-lactate dehydrogenase  42.19 
 
 		 314 aa  260  2e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000101641  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0700  L-lactate dehydrogenase  43.09 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0930  L-lactate dehydrogenase  44.22 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455323  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0489  L-lactate dehydrogenase  42.43 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3505  L-lactate dehydrogenase  42.57 
 
 		 315 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16140  L-lactate dehydrogenase  42.66 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0169576  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0098  L-lactate dehydrogenase  41.2 
 
 		 317 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409551  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4713  L-lactate dehydrogenase  44.22 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0102  L-lactate dehydrogenase  40.86 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.02476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5012  L-lactate dehydrogenase  44.41 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0813817  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4981  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5002  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4762  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0105004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4600  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4624  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000281298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0236  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0479489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5125  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.464176  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5032  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2397  L-lactate dehydrogenase  45.83 
 
 		 316 aa  248  8e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.851403  normal  0.362138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2797  L-lactate dehydrogenase  40.59 
 
 		 314 aa  248  9e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0132  L-lactate dehydrogenase  45.85 
 
 		 313 aa  248  9e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2007  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.227909  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1784  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.521865  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2028  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0115403  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1763  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00307694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1741  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1923  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0148797  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1927  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1959  L-lactate dehydrogenase  43.56 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000164106 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0985  L-lactate dehydrogenase  39.09 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1361  L-lactate dehydrogenase  44.04 
 
 		 317 aa  246  4e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1484  L-lactate dehydrogenase  42.57 
 
 		 314 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.874193  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1826  malate dehydrogenase (NAD)  43.09 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.490371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2253  L-lactate dehydrogenase  41.25 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0463  L-lactate dehydrogenase  42.9 
 
 		 335 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.23443  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0421  L-lactate dehydrogenase  41.1 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000701213  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3415  L-lactate dehydrogenase  44.96 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130483 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1582  L-lactate dehydrogenase  42.33 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1798  L-lactate dehydrogenase  44.6 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0938319  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3778  L-lactate dehydrogenase  41.86 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95012 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1893  L-lactate dehydrogenase  40.07 
 
 		 307 aa  235  7e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1065  L-lactate dehydrogenase  41.25 
 
 		 311 aa  235  7e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000229856  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1522  L-lactate dehydrogenase  44.76 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0323488  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0231  L-lactate dehydrogenase  41.12 
 
 		 317 aa  231  9e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0225  L-lactate dehydrogenase  41.12 
 
 		 317 aa  231  9e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1257  L-lactate dehydrogenase  43.23 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000840632  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21510  Putative membrane-bound L-lactate-quinone oxidoreductase  41.08 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2352  L-lactate dehydrogenase  41.39 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0365594  normal  0.0145977 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0520  L-lactate dehydrogenase  42.57 
 
 		 312 aa  223  4e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1455  L-lactate dehydrogenase  40.86 
 
 		 325 aa  222  6e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5140  L-lactate dehydrogenase  39.29 
 
 		 316 aa  222  7e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000543313  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2156  L-lactate dehydrogenase  39.61 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5142  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000108181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4708  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 401 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4723  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0959  L-lactate dehydrogenase  42.16 
 
 		 329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000716339  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4869  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5106  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5240  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3591  L-lactate dehydrogenase  40.19 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.729354  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0100  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0267583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3978  malate dehydrogenase (NAD)  42.11 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0907  malate dehydrogenase (NAD)  40.73 
 
 		 324 aa  220  3e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.657603  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4826  L-lactate dehydrogenase  38.64 
 
 		 316 aa  220  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5135  L-lactate dehydrogenase  38.96 
 
 		 316 aa  219  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28654  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0206  L-lactate dehydrogenase  40.58 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0351  L-lactate dehydrogenase  40.33 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1116  L-lactate dehydrogenase  40.66 
 
 		 317 aa  218  8.999999999999998e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0119464  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0165  L-lactate dehydrogenase  37.91 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1746  Lactate/malate dehydrogenase  38.89 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.591048  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0716  malate dehydrogenase (NAD)  38.82 
 
 		 319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000101749  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0345  malate dehydrogenase (NAD)  34.53 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.569498  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0584  L-lactate dehydrogenase  38.89 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.543838 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1564  L-lactate dehydrogenase  38.89 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  hitchhiker  0.00299399 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0087  L-lactate dehydrogenase  37.38 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.839635  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1257  L-lactate dehydrogenase  38.74 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1053  L-lactate dehydrogenase  37.58 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.689779 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2434  L-lactate dehydrogenase  37.91 
 
 		 325 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.167349  normal  0.351955 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1175  L-lactate dehydrogenase  37.01 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23050  malate dehydrogenase (NAD)  38.31 
 
 		 331 aa  205  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.697126  normal  0.046368 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0269  L-lactate dehydrogenase  38.28 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0439  L-lactate/malate dehydrogenase  40 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  hitchhiker  0.00200825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0137  L-lactate dehydrogenase  35.43 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000668633  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0439  L-lactate dehydrogenase  39.74 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0307  L-lactate dehydrogenase  39.34 
 
 		 344 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.251867 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1299  lactate/malate dehydrogenase  37.79 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2678  L-lactate dehydrogenase  38.03 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.839191  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2624  L-lactate dehydrogenase  38.03 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1117  L-lactate dehydrogenase  35.61 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000469063  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl596  L-lactate dehydrogenase  36.72 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1239  L-lactate dehydrogenase  36.81 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0560489  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1505  L-lactate dehydrogenase  33.44 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>