More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4088 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2887  surface antigen (D15)  60 
 
 		 637 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4088  hypothetical protein  100 
 
 		 620 aa  1239    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3914  surface antigen (D15)  59.25 
 
 		 622 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0932494  normal  0.286788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3626  surface antigen (D15)  59.42 
 
 		 622 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_004310  BR0048  hypothetical protein  40 
 
 		 639 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0047  hypothetical protein  39.84 
 
 		 639 aa  398  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.858357  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1521  surface antigen (D15)  38.03 
 
 		 643 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0423746  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0053  surface antigen (D15)  39.37 
 
 		 671 aa  394  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4224  surface antigen (D15)  35.81 
 
 		 653 aa  352  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.534945  normal  0.496095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6386  surface antigen (D15)  35.29 
 
 		 663 aa  324  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.130426  normal  0.710466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6779  surface antigen (D15)  34.56 
 
 		 665 aa  323  8e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0846738  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1716  surface antigen (D15)  34.45 
 
 		 653 aa  322  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0875  surface antigen (D15)  33.7 
 
 		 677 aa  318  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1344  OMP85 family outer membrane protein  32.5 
 
 		 653 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2389  surface antigen (D15)  33.67 
 
 		 652 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00253042 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2765  surface antigen (D15)  32.57 
 
 		 661 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2992  surface antigen (D15)  32.57 
 
 		 661 aa  287  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26833  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2888  surface antigen (D15)  32.77 
 
 		 661 aa  286  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2099  surface antigen  35.51 
 
 		 632 aa  280  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2616  surface antigen (D15)  31.04 
 
 		 674 aa  265  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69192 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0465  surface antigen (D15)  29.98 
 
 		 702 aa  260  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9475  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2679  surface antigen (D15)  31.56 
 
 		 627 aa  253  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2621  surface antigen (D15)  31.98 
 
 		 627 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.22139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2844  surface antigen (D15)  32.3 
 
 		 607 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0245  surface antigen (D15)  32.08 
 
 		 598 aa  242  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0165  surface antigen (D15)  29.77 
 
 		 647 aa  241  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1182  putative outer membrane protein  32.12 
 
 		 607 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2905  surface antigen (D15)  29.92 
 
 		 789 aa  237  6e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0651948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0384  surface antigen (D15)  32.13 
 
 		 615 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2395  surface antigen (D15)  32.18 
 
 		 610 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3381  hypothetical protein  29.88 
 
 		 594 aa  223  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0071  surface antigen (D15)  30.22 
 
 		 633 aa  219  7.999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309783  normal  0.034078 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1129  surface antigen (D15)  35.05 
 
 		 776 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.155911 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0433  surface antigen (D15)  27.84 
 
 		 595 aa  211  4e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.933362 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2483  surface antigen (D15)  29.48 
 
 		 593 aa  203  7e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.190586  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2644  surface antigen (D15)  30.36 
 
 		 571 aa  201  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1102  surface antigen (D15)  29.65 
 
 		 709 aa  198  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2199  surface antigen (D15)  28.44 
 
 		 595 aa  191  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.230672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0758  surface antigen (D15)  28.67 
 
 		 610 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.419664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0414  surface antigen (D15)  28.52 
 
 		 588 aa  180  7e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.184452  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4827  surface antigen (D15)  29.51 
 
 		 670 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.501728 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1562  surface antigen (D15)  29.69 
 
 		 779 aa  163  9e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.386994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0071  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like  26.08 
 
 		 613 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.299818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3647  surface antigen (D15)  28.47 
 
 		 575 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.452626  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2694  hypothetical protein  26.56 
 
 		 579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2395  surface antigen (D15)  25.87 
 
 		 583 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31680  hypothetical protein  26.36 
 
 		 579 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373296  normal  0.574321 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1626  surface antigen (D15)  25.86 
 
 		 618 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.200512  hitchhiker  0.00000168183 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1958  outer membrane protein, OMP85 family  25.86 
 
 		 576 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1368  OMP85 family outer membrane protein  29.06 
 
 		 893 aa  127  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0188  hypothetical protein  25.6 
 
 		 607 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2892  surface antigen (D15)  26.56 
 
 		 583 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.939867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2798  surface antigen (D15)  25.31 
 
 		 583 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2890  surface antigen (D15)  26.56 
 
 		 580 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0164  surface antigen variable number  25.8 
 
 		 657 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.335906  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1013  surface antigen (D15)  25.56 
 
 		 611 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.527931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2434  surface antigen (D15)  27.01 
 
 		 575 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.208591  normal  0.972609 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0611  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  25.4 
 
 		 920 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.310998  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0760  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  25.27 
 
 		 752 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0162806  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3745  surface antigen (D15)  23.35 
 
 		 888 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2844  surface antigen (D15)  24.58 
 
 		 913 aa  115  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1251  putative outer membrane protein  25.54 
 
 		 751 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000031125  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28860  outer membrane surface antigen (D15)  26.5 
 
 		 555 aa  114  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.238861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0855  surface antigen (D15)  25.56 
 
 		 605 aa  114  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2808  surface antigen (D15)  23.69 
 
 		 603 aa  113  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2231  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  24.18 
 
 		 892 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1081  surface antigen (D15)  24.02 
 
 		 806 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.506143  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2687  surface antigen (D15)  24.71 
 
 		 784 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.379638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0671  surface antigen (D15)  25.99 
 
 		 612 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2996  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  24.02 
 
 		 895 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2357  surface antigen (D15)  27.65 
 
 		 752 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3485  hypothetical protein  25.26 
 
 		 611 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.464168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1209  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  23.84 
 
 		 793 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0183  surface antigen (D15)  26.68 
 
 		 677 aa  110  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.195082  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2749  hypothetical protein  25.84 
 
 		 574 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129008  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2478  surface antigen (D15):surface antigen variable number  25.94 
 
 		 574 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171306  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0665  surface antigen (D15)  22.85 
 
 		 760 aa  109  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381453  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2308  OMP85 family outer membrane protein  25.2 
 
 		 573 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0488702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1206  OMP85 family outer membrane protein  25.2 
 
 		 571 aa  109  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2354  surface antigen (D15)  24.9 
 
 		 611 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.737137  normal  0.199571 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2978  OMP85 family outer membrane protein  25.2 
 
 		 573 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1621  OMP85 family outer membrane protein  25.2 
 
 		 573 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.419252  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2486  surface antigen (D15)  24.69 
 
 		 611 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723441  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1053  OMP85 family outer membrane protein  26.32 
 
 		 605 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0851  OMP85 family outer membrane protein  24.9 
 
 		 682 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1046  OMP85 family outer membrane protein  25.2 
 
 		 605 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0841455  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0172  surface antigen (D15)  26.46 
 
 		 677 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.133005  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0793  surface antigen (D15)  22.57 
 
 		 770 aa  108  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.27416 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1140  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  23.67 
 
 		 793 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.275795  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3381  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  24.12 
 
 		 895 aa  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0459  surface antigen (D15)  28.12 
 
 		 578 aa  107  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.679233  normal  0.136878 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3161  surface antigen (D15)  25.49 
 
 		 646 aa  107  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.288715 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0705  OMP85 family outer membrane protein  25 
 
 		 605 aa  107  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10304  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2517  group 1 outer membrane protein precursor  25.58 
 
 		 778 aa  106  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0358941  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2597  surface antigen (D15)  25.66 
 
 		 595 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.491309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1996  surface antigen (D15)  24.14 
 
 		 779 aa  105  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685861  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2268  outer membrane protein, putative  25.75 
 
 		 765 aa  104  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0448  outer membrane protein, OMP85 family  26.13 
 
 		 573 aa  104  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2444  surface antigen (D15)  23.88 
 
 		 604 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.21927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5265  surface antigen (D15)  23.29 
 
 		 835 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>