140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4058 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4058  hypothetical protein  100 
 
 		 445 aa  914    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3600  protein of unknown function DUF949  58.47 
 
 		 409 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3893  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.24 
 
 		 408 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00297495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2569  hypothetical protein  64.88 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3060  hypothetical protein  43.36 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1955  putative lipoprotein  57.44 
 
 		 403 aa  343  2.9999999999999997e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2033  putative lipoprotein  57.09 
 
 		 403 aa  342  5.999999999999999e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34888  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0905  hypothetical protein  56.4 
 
 		 412 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7577  transcriptional regulatory protein  48.73 
 
 		 494 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  0.550503 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0391  hypothetical protein  47.24 
 
 		 492 aa  295  8e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.672589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0510  protein of unknown function DUF949  49.25 
 
 		 478 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0527  hypothetical protein  46.91 
 
 		 477 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.163811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0486  hypothetical protein  46.48 
 
 		 502 aa  287  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.511704  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0510  hypothetical protein  52.74 
 
 		 450 aa  287  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0494741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0298  hypothetical protein  49.61 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.187511 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0531  hypothetical protein  48.06 
 
 		 485 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0166  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  49.42 
 
 		 449 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2917  hypothetical protein  48.37 
 
 		 545 aa  273  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.183325 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0041  putative lipoprotein  52.32 
 
 		 247 aa  266  4e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4794  hypothetical protein  51.28 
 
 		 518 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594922  hitchhiker  0.00337407 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4595  hypothetical protein  51.09 
 
 		 524 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4116  hypothetical protein  46.43 
 
 		 335 aa  263  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547792  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1859  hypothetical protein  56.72 
 
 		 504 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.286252 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5272  protein of unknown function DUF949  47.33 
 
 		 475 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.910314 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5200  hypothetical protein  47.33 
 
 		 462 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.86249 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4733  hypothetical protein  47.33 
 
 		 462 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4119  protein of unknown function DUF949  53.62 
 
 		 355 aa  253  6e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4193  hypothetical protein  45.83 
 
 		 364 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.939474  normal  0.682921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1094  protein of unknown function DUF949  51.98 
 
 		 357 aa  246  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0542977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5308  hypothetical protein  49.3 
 
 		 415 aa  242  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0542  hypothetical protein  50.24 
 
 		 407 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3169  protein of unknown function DUF949  50.24 
 
 		 415 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5898  hypothetical protein  51.24 
 
 		 378 aa  236  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.494834  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4971  protein of unknown function DUF949  47.25 
 
 		 400 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.778266  normal  0.0128256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4921  hypothetical protein  48.79 
 
 		 406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.596783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4457  hypothetical protein  48.79 
 
 		 396 aa  234  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.821802 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1046  hypothetical protein  48.26 
 
 		 397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1211  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  44.26 
 
 		 238 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0893  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.67 
 
 		 241 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0761  hypothetical protein  49.18 
 
 		 246 aa  198  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.275176 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3169  hypothetical protein  41.26 
 
 		 246 aa  197  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3306  hypothetical protein  41.26 
 
 		 246 aa  197  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.635289  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0952  hypothetical protein  45.67 
 
 		 256 aa  196  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.740863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0361  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0346  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0342  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.360607 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0353  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321045 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0351  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.786084 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0926  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.92 
 
 		 249 aa  195  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3319  hypothetical protein  40.89 
 
 		 246 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442152 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00219  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3383  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00223  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0267  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0252  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0256  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3396  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0235  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0219  hypothetical protein  48.9 
 
 		 246 aa  194  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0734  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.51 
 
 		 247 aa  192  7e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3294  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.59 
 
 		 244 aa  190  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3441  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.16 
 
 		 244 aa  187  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3464  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  42.36 
 
 		 239 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3632  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  43.07 
 
 		 239 aa  177  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0582  protein of unknown function DUF949  39.72 
 
 		 244 aa  166  5.9999999999999996e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.380158  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0372  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.74 
 
 		 247 aa  137  5e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.364004  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.81 
 
 		 244 aa  132  9e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5418  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.31 
 
 		 252 aa  119  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1472  secretion system protein A  35.56 
 
 		 243 aa  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1511  secretion system protein A  35.56 
 
 		 243 aa  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0637  hypothetical protein  36.21 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1254  hypothetical protein  31.97 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000299618  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1307  putative lipoprotein  31.97 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.46981e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4043  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.11 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0707  hypothetical protein  32.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0571  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.15 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2578  hypothetical protein  31.19 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.633059  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3487  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.78 
 
 		 341 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.48 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3990  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.48 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4074  hypothetical protein  28.57 
 
 		 171 aa  57.8  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000682616  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  25.37 
 
 		 175 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.84705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.93 
 
 		 174 aa  54.3  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.18169 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2159  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.36 
 
 		 337 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7151  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.55 
 
 		 179 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6003  hypothetical protein  27.74 
 
 		 179 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.19604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3411  hypothetical protein  26.83 
 
 		 167 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.69027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0181  putative lipoprotein  28.93 
 
 		 309 aa  51.6  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1582  putative periplasmic protein  28.1 
 
 		 322 aa  51.6  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3494  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.29 
 
 		 166 aa  51.6  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.903579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0727  hypothetical protein  29.14 
 
 		 189 aa  51.6  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.39665  hitchhiker  0.0000000755777 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.5 
 
 		 431 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0649  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.25 
 
 		 209 aa  50.8  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.26 
 
 		 164 aa  51.2  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.374361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0524  hypothetical protein  27.69 
 
 		 180 aa  50.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2641  hypothetical protein  30.07 
 
 		 188 aa  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749921  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1451  hypothetical protein  29.06 
 
 		 184 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.239641 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0272  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.91 
 
 		 160 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0839501 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1823  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.07 
 
 		 188 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.110296  normal  0.290144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2862  hypothetical protein  30.11 
 
 		 164 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>