215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4005 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4005  ribonuclease transmembrane protein  100 
 
 		 298 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2527  putative ribonuclease BN  66.17 
 
 		 290 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.322273 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3556  ribonuclease BN  68.88 
 
 		 307 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176466  normal  0.953277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3849  ribonuclease BN  67.83 
 
 		 307 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.707802 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1004  putative ribonuclease BN  54.7 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1978  ribonuclease BN, putative  55.84 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1903  YihY family protein  55.84 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3028  putative ribonuclease BN  48.9 
 
 		 283 aa  271  8.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.2377  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3250  ribonuclease BN  49.26 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0308  putative ribonuclease BN  47.23 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.686269  normal  0.0663425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0280  ribonuclease BN  48.31 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0051  YihY family protein  47.08 
 
 		 285 aa  232  5e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0750  ribonuclease BN  43.26 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4883  ribonuclease BN  44.52 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3484  ribonuclease BN  43.26 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5235  ribonuclease BN  45.09 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.192166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1137  ribonuclease BN-like family transmembrane protein  44.4 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0927  ribonuclease BN  45.68 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4573  ribonuclease BN  41.64 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.101037  hitchhiker  0.00311377 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0816  ribonuclease BN  44.6 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.941783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4347  ribonuclease BN  45.16 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4509  ribonuclease BN  42.86 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.581699  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2230  ribonuclease BN  43.62 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.956243  normal  0.534293 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2506  ribonuclease BN  43.62 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000575853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2188  ribonuclease BN  44.24 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.811945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1180  ribonuclease BN, putative  37.36 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.012264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1292  ribonuclease BN family protein  32.13 
 
 		 271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0504  ribonuclease BN  28.88 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0979638  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0395  putative ribonuclease BN  30.77 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0453  YihY family protein  29.79 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4350  ribonuclease BN  27.55 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0523  ribonuclease BN, putative  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0395  ribonuclease BN  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0386  ribonuclease BN  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0383  ribonuclease BN  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0409  ribonuclease BN  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0523  YihY family protein  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0529  YihY family protein  28.06 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0389  putative ribonuclease BN  29.21 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0474  YihY family protein  30.07 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4850  YihY family protein  30.07 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1421  ribonuclease BN, putative  26.44 
 
 		 392 aa  106  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0418  ribonuclease BN  29.35 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00636408  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0395  YihY family protein  28.72 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2184  putative ribonuclease BN  27.9 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00880085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1298  ribonuclease BN  31.96 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0272  YihY family protein  25.83 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.975594  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1597  ribonuclease BN, putative  27.31 
 
 		 323 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0281  YihY family protein  25.83 
 
 		 283 aa  93.2  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3781  ribonuclease BN  29.11 
 
 		 321 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470929  normal  0.0277399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3860  ribonuclease BN  24.79 
 
 		 317 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2488  hypothetical protein  26.81 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4560  ribonuclease BN, putative  26.11 
 
 		 318 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28530  hypothetical protein  26.81 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00021661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4067  ribonuclease BN  26.11 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0656  ribonuclease BN  32.06 
 
 		 355 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.342989  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0751  ribonuclease BN, putative  28.83 
 
 		 328 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1329  putative ribonuclease BN  26.11 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0137  ribonuclease BN  27 
 
 		 316 aa  90.1  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3356  ribonuclease BN  30.85 
 
 		 374 aa  86.3  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3009  putative ribonuclease BN  26.98 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0348363  normal  0.626504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0119  ribonuclease BN  24.91 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.605507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4768  ribonuclease BN  29.29 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.211591  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1249  ribonuclease BN, putative  33.33 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1932  ribonuclease BN  26.6 
 
 		 363 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4141  putative ribonuclease BN  26.53 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0050  ribonuclease BN  26.79 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4755  putative ribonuclease BN  26.71 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0442658  normal  0.0270595 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1831  ribonuclease BN, putative  26.19 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.630422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00917  putative ribonuclease protein  27.24 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4597  ribonuclease BN, putative  27.55 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.144363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1844  ribonuclease BN  28.66 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00339541 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2056  ribonuclease BN  25 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2060  ribonuclease BN, putative  26.91 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670045  normal  0.582678 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6295  ribonuclease BN  27.49 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2523  ribonuclease BN  24.83 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.861907  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3869  putative ribonuclease BN  27.44 
 
 		 401 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.124849 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0345  putative ribonuclease BN  27.17 
 
 		 377 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32910  Ribonuclease BN protein  27.14 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3478  ribonuclease BN  27.88 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000152191  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4230  ribonuclease BN  29.93 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.375686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3128  ribonuclease BN  26.47 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3229  ribonuclease BN  26.47 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.436618  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1616  ribonuclease BN  24.81 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.119172  normal  0.116701 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3031  ribonuclease BN, putative  27.23 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1900  putative ribonuclease BN  31.44 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.213292  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0234  ribonuclease BN  23.97 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1198  putative ribonuclease BN  26.8 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.405959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2469  ribonuclease BN  27.7 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2691  ribonuclease BN  27.7 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.911328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1381  putative ribonuclease BN  24.35 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.528846  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0559  ribonuclease BN  27.44 
 
 		 402 aa  69.7  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1336  putative ribonuclease BN  27.57 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.926948  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6638  ribonuclease BN  29.13 
 
 		 365 aa  69.3  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0964691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3110  ribonuclease BN  28.25 
 
 		 347 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0251  ribonuclease BN  25.68 
 
 		 333 aa  68.9  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1073  ribonuclease BN  25.78 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1225  ribonuclease BN  29.41 
 
 		 445 aa  67.8  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3778  ribonuclease BN  27.21 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.541742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08810  predicted membrane protein  26.07 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0487855  normal  0.0524825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>