140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3917 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3917  hypothetical protein  100 
 
 
120 aa  233  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0768247  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2610  hypothetical protein  53.85 
 
 
142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.287981 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3232  hypothetical protein  52.99 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.34095  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3311  protein of unknown function DUF454  48.74 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.639511  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2688  hypothetical protein  50.46 
 
 
123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03399  hypothetical protein  46.53 
 
 
122 aa  100  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2052  hypothetical protein  47.83 
 
 
178 aa  97.8  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0987297  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2502  hypothetical protein  43.86 
 
 
152 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2137  hypothetical protein  47.37 
 
 
116 aa  95.9  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.887096  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1466  hypothetical protein  52.13 
 
 
131 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.387365 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1115  hypothetical protein  41.51 
 
 
129 aa  95.5  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.242011 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3577  hypothetical protein  51.67 
 
 
125 aa  95.9  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0773  hypothetical protein  44.83 
 
 
138 aa  95.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4518  hypothetical protein  53.49 
 
 
121 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359562  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0267  hypothetical protein  55.06 
 
 
122 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1363  protein of unknown function DUF454  40.32 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000761785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3807  hypothetical protein  53.49 
 
 
121 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253442  hitchhiker  0.00000298507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2579  hypothetical protein  44.54 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4024  hypothetical protein  53.49 
 
 
121 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0163458 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2850  protein of unknown function DUF454  45.74 
 
 
142 aa  90.5  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000168142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00419  conserved inner membrane protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0145391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3142  protein of unknown function DUF454  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0034209  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3740  hypothetical protein  46.81 
 
 
137 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.468258  normal  0.0114181 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00424  hypothetical protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0180358  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0545  hypothetical protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0504  hypothetical protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0827221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3148  hypothetical protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102596  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0511  hypothetical protein  48.11 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000222622  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1226  hypothetical protein  43.59 
 
 
117 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1501  hypothetical protein  46.15 
 
 
129 aa  89.4  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2886  hypothetical protein  43.59 
 
 
117 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1393  hypothetical protein  52.33 
 
 
121 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1165  hypothetical protein  54.88 
 
 
116 aa  87.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1925  hypothetical protein  38.79 
 
 
132 aa  87.4  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.946334  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0014  hypothetical protein  40.68 
 
 
117 aa  87  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0558  hypothetical protein  47.17 
 
 
125 aa  87  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13567  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3890  hypothetical protein  48.94 
 
 
135 aa  87  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.482598  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2662  hypothetical protein  41.88 
 
 
117 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.437661 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1847  hypothetical protein  48.31 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.331022  normal  0.61235 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2522  hypothetical protein  40.68 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3103  hypothetical protein  43.97 
 
 
137 aa  85.5  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.362417  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1810  hypothetical protein  51.72 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3459  protein of unknown function DUF454 transmembrane  42.86 
 
 
117 aa  85.5  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1642  hypothetical protein  50 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.96968  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2134  hypothetical protein  46.07 
 
 
140 aa  84.3  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.352277  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3072  hypothetical protein  40.91 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0894433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0570  hypothetical protein  53.42 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000137123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45850  hypothetical protein  47.87 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4416  hypothetical protein  40.87 
 
 
159 aa  82.8  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.799687  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0221  hypothetical protein  46.88 
 
 
150 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1520  hypothetical protein  46.28 
 
 
143 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.757291  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2172  hypothetical protein  45.98 
 
 
139 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6297  protein of unknown function DUF454  40.87 
 
 
124 aa  80.5  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.932896  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1701  hypothetical protein  40.52 
 
 
181 aa  80.9  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0681358  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4111  hypothetical protein  50.62 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0948  hypothetical protein  50.59 
 
 
125 aa  79  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368818  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1308  hypothetical protein  44.71 
 
 
123 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.060954  normal  0.0507678 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1924  hypothetical protein  50 
 
 
147 aa  78.2  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2936  protein of unknown function DUF454  40 
 
 
138 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.252831  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1817  hypothetical protein  56.34 
 
 
139 aa  77  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1578  protein of unknown function DUF454  36.97 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2409  hypothetical protein  50 
 
 
121 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000218775  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03089  hypothetical protein  50 
 
 
115 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0542  hypothetical protein  49.41 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0586  hypothetical protein  49.41 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.301005  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0532  hypothetical protein  49.41 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0526  hypothetical protein  49.41 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1774  protein of unknown function DUF454  36.97 
 
 
156 aa  75.5  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.486547  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2296  hypothetical protein  36.13 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656544  normal  0.0252392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3478  protein of unknown function DUF454  50 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.545002 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2869  hypothetical protein  44.83 
 
 
117 aa  74.7  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868079  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1791  hypothetical protein  45.26 
 
 
122 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.379134  hitchhiker  0.00000106844 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0152  hypothetical protein  35.77 
 
 
127 aa  73.6  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0157  hypothetical protein  35.77 
 
 
127 aa  73.6  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0917  hypothetical protein  44.87 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140199  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04126  hypothetical protein  46.67 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0490  protein of unknown function DUF454  41.18 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000104879  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0524  hypothetical protein  42.48 
 
 
155 aa  72  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.286047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0553  protein of unknown function DUF454  42.48 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1282  hypothetical protein  44.19 
 
 
152 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1103  hypothetical protein  45.35 
 
 
152 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.827298  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1355  hypothetical protein  48.1 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2854  hypothetical protein  45.88 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.44368  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4220  hypothetical protein  46.07 
 
 
135 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2011  hypothetical protein  44.71 
 
 
122 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0292  hypothetical protein  43.1 
 
 
119 aa  71.2  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.176418 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2304  hypothetical protein  52.24 
 
 
121 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000252834  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1003  hypothetical protein  44.94 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0557  protein of unknown function DUF454  40.71 
 
 
144 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0642321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1041  hypothetical protein  43.82 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.667092  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1558  protein of unknown function DUF454  54.17 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1004  hypothetical protein  44.58 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0936  hypothetical protein  51.56 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2306  protein of unknown function DUF454  28.7 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000646681  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2014  hypothetical protein  44.44 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000243008  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1530  hypothetical protein  41.18 
 
 
164 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.324606  normal  0.225714 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1113  hypothetical protein  41.56 
 
 
82 aa  67.4  0.00000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4381  hypothetical protein  41.86 
 
 
131 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2237  hypothetical protein  50.75 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000431925  hitchhiker  0.000763101 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0094  hypothetical protein  57.89 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.545096  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>