More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3827 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2786  Beta-glucosidase  76.15 
 
 		 468 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3701  beta-galactosidase  78.29 
 
 		 457 aa  752    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3827  beta-glucosidase  100 
 
 		 457 aa  946    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3403  beta-galactosidase  78.29 
 
 		 457 aa  750    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.968269  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1939  beta-galactosidase  48.78 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000180548  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4295  Beta-glucosidase  45.68 
 
 		 447 aa  398  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161333 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0288  beta-galactosidase  46.92 
 
 		 444 aa  398  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000531793  normal  0.536803 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06938  beta-glucosidase  46.68 
 
 		 449 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3706  beta-glucosidase  46.3 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1111  Beta-glucosidase  45.76 
 
 		 456 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127283  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2862  Beta-glucosidase  50.12 
 
 		 443 aa  396  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.753347  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0969  beta-galactosidase  44.44 
 
 		 446 aa  398  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00738034  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0952  Beta-glucosidase  44.44 
 
 		 446 aa  398  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000326763  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2401  Beta-glucosidase  46.61 
 
 		 452 aa  394  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00110187  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1788  beta-galactosidase  48.15 
 
 		 472 aa  390  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.586379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1316  Beta-glucosidase  46.5 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1481  beta-galactosidase  45.76 
 
 		 467 aa  390  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0937  beta-galactosidase  48.9 
 
 		 484 aa  386  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0483408  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1102  Beta-glucosidase  45.89 
 
 		 448 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5434  beta-galactosidase  45.41 
 
 		 463 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.139102  normal  0.287143 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1402  Beta-glucosidase  46.9 
 
 		 452 aa  388  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00588198  normal  0.0441628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1131  Beta-glucosidase  45.05 
 
 		 451 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.563632  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2422  Beta-glucosidase  42.89 
 
 		 474 aa  383  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000277167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1183  Beta-glucosidase  45.48 
 
 		 451 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0012185  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3174  beta-galactosidase  45.24 
 
 		 451 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00114145  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5888  beta-galactosidase  45.07 
 
 		 470 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1216  beta-glucosidase  46.53 
 
 		 451 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282879  normal  0.209165 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3614  Beta-glucosidase  48.96 
 
 		 448 aa  382  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3961  Beta-glucosidase  44.25 
 
 		 487 aa  376  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000589535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1638  Beta-glucosidase  43.02 
 
 		 439 aa  372  1e-102  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1509  Beta-glucosidase  44.22 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7167  Beta-glucosidase  47.15 
 
 		 459 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0225404 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2084  Beta-glucosidase  44.5 
 
 		 440 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.483435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2517  beta-galactosidase  44.49 
 
 		 462 aa  375  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.447454  normal  0.232688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1560  glycoside hydrolase family protein  46.31 
 
 		 478 aa  374  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1147  beta-galactosidase  44.65 
 
 		 446 aa  371  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.94123 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2607  Beta-glucosidase  44.86 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.776876  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0188  beta-galactosidase  44.81 
 
 		 472 aa  369  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1799  beta-galactosidase  41.31 
 
 		 446 aa  371  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000188458  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4320  beta-galactosidase  47.5 
 
 		 460 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.952407 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0493  beta-galactosidase  42.33 
 
 		 446 aa  366  1e-100  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1530  Beta-glucosidase  43.85 
 
 		 438 aa  367  1e-100  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111423  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1894  beta-galactosidase  43.82 
 
 		 476 aa  365  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.301665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1394  Beta-glucosidase  43.94 
 
 		 444 aa  365  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.534606  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15280  glycoside hydrolase family 1  41.18 
 
 		 451 aa  364  2e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225524  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7951  Beta-glucosidase  46.8 
 
 		 437 aa  363  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2763  beta-galactosidase  47.24 
 
 		 436 aa  363  4e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0390  Beta-glucosidase  44.9 
 
 		 467 aa  362  1e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0163066 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08390  broad-specificity cellobiase  44.78 
 
 		 494 aa  361  1e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.817528  normal  0.180996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03797  beta-glucosidase  45.23 
 
 		 452 aa  360  2e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0521  Beta-glucosidase  49.65 
 
 		 453 aa  359  7e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3305  Beta-glucosidase  43.68 
 
 		 474 aa  358  9.999999999999999e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40854 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1683  beta-galactosidase  44.44 
 
 		 467 aa  357  1.9999999999999998e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.13987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3603  TonB-like  42.11 
 
 		 461 aa  357  2.9999999999999997e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.70293  hitchhiker  0.00573623 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0808  beta-galactosidase  47.72 
 
 		 466 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.201383 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0133  beta-galactosidase  43.74 
 
 		 478 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0839  beta-galactosidase  45.93 
 
 		 488 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.411706  normal  0.263792 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1629  beta-glucosidase  48.21 
 
 		 463 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.011647  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1084  beta-galactosidase  45.73 
 
 		 482 aa  355  1e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.106414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1895  beta-galactosidase  42.31 
 
 		 453 aa  354  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.785457  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4587  Beta-glucosidase  43.89 
 
 		 465 aa  354  2e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.349984  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7170  Beta-glucosidase  45.98 
 
 		 474 aa  353  5e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0420556 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5087  beta-glucosidase  41.99 
 
 		 453 aa  353  5e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.167744  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4773  beta-galactosidase  46.35 
 
 		 447 aa  352  7e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2874  putative Beta-glucosidase A  44.32 
 
 		 440 aa  352  1e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.355603  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2534  beta-galactosidase  44.62 
 
 		 468 aa  351  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.574019 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1879  beta-galactosidase  44.96 
 
 		 488 aa  350  2e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.251034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1520  Beta-glucosidase  43.82 
 
 		 440 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0705421 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1349  beta-galactosidase  43.27 
 
 		 453 aa  350  3e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0212  Beta-glucosidase  40.09 
 
 		 471 aa  349  5e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.292852  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0326  Beta-glucosidase  44.35 
 
 		 466 aa  349  5e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2689  beta-galactosidase  44.75 
 
 		 479 aa  349  6e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.651295 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2840  beta-galactosidase  45.11 
 
 		 500 aa  348  8e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.574509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0402  beta-galactosidase  45.09 
 
 		 494 aa  348  9e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1578  beta-glucosidase  44.29 
 
 		 450 aa  348  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2440  beta-galactosidase  41.47 
 
 		 491 aa  347  2e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5462  Beta-glucosidase  44.62 
 
 		 489 aa  346  5e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0458  beta-galactosidase  39.82 
 
 		 452 aa  346  6e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000753308  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3309  Beta-glucosidase  43.86 
 
 		 444 aa  345  7e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.581632  normal  0.566627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3917  Beta-glucosidase  45.11 
 
 		 455 aa  345  7e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5333  beta-galactosidase  43.5 
 
 		 470 aa  345  8e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.622206 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1754  beta-galactosidase  42.23 
 
 		 485 aa  345  8.999999999999999e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0528393 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6572  Beta-glucosidase  44.52 
 
 		 458 aa  344  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0265684  normal  0.0290842 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10170  broad-specificity cellobiase  43.13 
 
 		 479 aa  344  2e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4282  beta-galactosidase  44.22 
 
 		 455 aa  343  2.9999999999999997e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0189474  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1146  Beta-glucosidase  45.02 
 
 		 440 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2184  beta-galactosidase  44.42 
 
 		 471 aa  343  4e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000108551  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2046  beta-galactosidase  44.32 
 
 		 457 aa  340  2e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1733  beta-galactosidase  44.18 
 
 		 482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.174879  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2614  beta-galactosidase  43.74 
 
 		 517 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1019  Beta-glucosidase  44.98 
 
 		 448 aa  338  9.999999999999999e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.477065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2958  Beta-glucosidase  44 
 
 		 463 aa  338  9.999999999999999e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2977  glycoside hydrolase family protein  42.09 
 
 		 473 aa  337  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4280  beta-galactosidase  43.12 
 
 		 445 aa  338  1.9999999999999998e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0714025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1654  beta-glucosidase A  45.17 
 
 		 435 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.484784  hitchhiker  0.0000345699 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2765  Beta-glucosidase  39.96 
 
 		 470 aa  335  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2605  beta-galactosidase  45.56 
 
 		 472 aa  335  1e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.620464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1840  Beta-glucosidase  42.49 
 
 		 458 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4857  Beta-glucosidase  39.82 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.368438  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3225  beta-galactosidase  45.35 
 
 		 444 aa  331  2e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>