More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3512 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3512  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  100 
 
 
243 aa  490  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3069  ABC transporter related  87.65 
 
 
247 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.986829  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3325  ABC transporter related  87.65 
 
 
247 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.380458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2394  ABC transporter related  83.88 
 
 
241 aa  410  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1115  ABC transporter related  77.78 
 
 
248 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000583905  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1722  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  78.19 
 
 
248 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3326  ABC transporter related  75.52 
 
 
244 aa  368  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.262642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3903  ABC transporter related  73.11 
 
 
257 aa  350  8.999999999999999e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.784547  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1743  ABC transporter related  71.31 
 
 
258 aa  348  3e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2252  ABC transporter related  71.06 
 
 
265 aa  348  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.54606 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5433  ABC transporter related  70.04 
 
 
258 aa  343  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2084  ABC transporter related  69.87 
 
 
245 aa  340  8e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3684  ABC transporter related  69.26 
 
 
246 aa  340  9e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.218691  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1748  ABC transporter component  69.33 
 
 
240 aa  340  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.644006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1776  ABC transporter related  68.31 
 
 
244 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4333  ABC transporter related  66.8 
 
 
246 aa  328  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.175987  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5326  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  66.67 
 
 
243 aa  328  7e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1619  ABC transporter related  67.92 
 
 
244 aa  325  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216284  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2212  ABC transporter, ATPase subunit  66.12 
 
 
247 aa  322  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.618749 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2614  ABC transporter related  65.45 
 
 
247 aa  322  5e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796579  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5393  ABC transporter related protein  66.67 
 
 
294 aa  319  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.802054  normal  0.157485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0565  ABC transporter related  62.29 
 
 
238 aa  311  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1835  ABC transporter  61.97 
 
 
233 aa  301  9e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0776  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.54 
 
 
233 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.704387  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0866  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.54 
 
 
233 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173602  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4943  ABC transporter related  59.4 
 
 
233 aa  291  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4428  ABC transporter related  59.4 
 
 
233 aa  291  6e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000693118 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0655  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  59.4 
 
 
233 aa  291  7e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.279613 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3627  ABC transporter related  58.97 
 
 
233 aa  291  7e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5272  ABC transporter related  58.97 
 
 
233 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2315  ABC transporter related  59.4 
 
 
233 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2476  ABC transporter-related protein  59.4 
 
 
233 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.865811  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5015  ABC transporter related  58.97 
 
 
233 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3849  ABC transporter  60.26 
 
 
233 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3352  ABC transporter related  58.55 
 
 
233 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4112  high-affinity amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.26 
 
 
233 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0754039  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1874  ABC transporter related  58.12 
 
 
233 aa  284  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal  0.184488 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4655  ABC transporter related  59.83 
 
 
238 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000808014  hitchhiker  0.00473023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3257  ABC transporter related  59.15 
 
 
237 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578651  normal  0.0886987 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0601  ABC transporter  59.07 
 
 
238 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190896  normal  0.541783 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2610  ABC transporter related  59.15 
 
 
237 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.132263  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0556  ABC transporter-like  58.65 
 
 
238 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000214193  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4863  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  59.4 
 
 
238 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000477464  hitchhiker  0.0000052401 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4741  ABC transporter related  59.4 
 
 
238 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000344378  hitchhiker  0.000000131699 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64860  ABC transporter ATP-binding protein  60.43 
 
 
238 aa  280  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000027849  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4915  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  58.65 
 
 
238 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3872  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.05 
 
 
237 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0843862  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3751  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.05 
 
 
237 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3931  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.05 
 
 
237 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3829  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.05 
 
 
237 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441456  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3762  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.05 
 
 
237 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2495  ABC transporter related  59.49 
 
 
238 aa  277  9e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427915  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4919  ABC transporter related  58.97 
 
 
238 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000800081  decreased coverage  0.0000000000000903598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19610  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP binding component  60.68 
 
 
233 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3199  ABC transporter-related protein  59.83 
 
 
234 aa  275  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26090  ABC transporter, ATP-binding protein  59.4 
 
 
238 aa  275  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0561039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5634  ABC transporter ATP-binding protein  59.57 
 
 
238 aa  274  9e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03303  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  56.78 
 
 
237 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1154  ABC transporter related  60.68 
 
 
233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0140555 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3933  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  57.26 
 
 
233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3868  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
241 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03256  hypothetical protein  56.78 
 
 
237 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3735  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
237 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4770  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
237 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.355686 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0261  ABC transporter related protein  56.78 
 
 
237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1137  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60.68 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115394 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0262  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4280  ABC transporter related  60.68 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455916  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1171  ABC transporter related  60.68 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209676  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0731  ABC transporter related  57.87 
 
 
237 aa  272  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0108  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  57.69 
 
 
233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50560  branched-chain amino acid transport protein BraG  61.11 
 
 
233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0125838 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4055  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  57.26 
 
 
233 aa  271  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3857  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
237 aa  271  7e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.35837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3339  ABC transporter related  60.68 
 
 
233 aa  271  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1261  ABC transporter related  57.94 
 
 
235 aa  271  8.000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4307  branched-chain amino acid transport protein BraG  61.11 
 
 
233 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3868  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.84 
 
 
233 aa  271  9e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0102  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  57.26 
 
 
233 aa  270  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3652  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.84 
 
 
233 aa  270  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1244  ABC transporter-like  60.26 
 
 
233 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4335  ABC transporter related  55.79 
 
 
236 aa  267  8.999999999999999e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.150909  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0248  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.84 
 
 
233 aa  266  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3664  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.41 
 
 
233 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3970  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  56.41 
 
 
233 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.394941  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1859  ABC transporter related  56.17 
 
 
238 aa  264  8e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  57.45 
 
 
235 aa  261  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1383  ABC transporter related  59.4 
 
 
233 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.334561  normal  0.312332 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0490  ABC transporter related  58.65 
 
 
244 aa  260  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0438645  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1672  ABC transporter related  55.08 
 
 
239 aa  260  2e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2654  ABC transporter-like protein  59.15 
 
 
237 aa  259  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00480746  hitchhiker  0.00390953 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1384  ABC transporter related  55.32 
 
 
234 aa  259  3e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2028  ABC transporter related  54.94 
 
 
235 aa  258  7e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0639  ABC transporter related protein  56.17 
 
 
234 aa  256  2e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5826  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  53.39 
 
 
238 aa  256  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.455686  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3002  ABC transporter related  55.79 
 
 
235 aa  256  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0232  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  57.69 
 
 
233 aa  254  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1606  ABC transporter related  53.81 
 
 
239 aa  254  7e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2498  ABC transporter related  59.66 
 
 
234 aa  254  8e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279126  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1473  ABC transporter related  53.65 
 
 
236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>