271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3412 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3412  PEP phosphonomutase protein  100 
 
 		 328 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315477  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2235  2,3-dimethylmalate lyase  66.55 
 
 		 578 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1808  2,3-dimethylmalate lyase  68.29 
 
 		 564 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0185861  normal  0.0864763 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3822  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.67 
 
 		 568 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.368368 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0780  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.6 
 
 		 562 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2065  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.6 
 
 		 562 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.226403  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5999  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.2 
 
 		 581 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297646 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0691  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.6 
 
 		 562 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2026  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.25 
 
 		 562 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3398  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.55 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1768  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.25 
 
 		 562 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1914  2,3-dimethylmalate lyase  66.55 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1908  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.9 
 
 		 562 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4471  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.2 
 
 		 562 aa  391  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4245  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.55 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3535  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.2 
 
 		 561 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1051  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.25 
 
 		 562 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0758  phosphoenolpyruvate phosphomutase  67.25 
 
 		 562 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4121  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.55 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0795198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4016  phosphoenolpyruvate phosphomutase  66.2 
 
 		 562 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213479  normal  0.855206 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1317  phosphoenolpyruvate phosphomutase  65.48 
 
 		 556 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0628  PEP phosphomutase  60.61 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2167  phosphoenolpyruvate phosphomutase  62.37 
 
 		 297 aa  368  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1161  phosphoenolpyruvate phosphomutase  55.94 
 
 		 545 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.654999  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3871  phosphoenolpyruvate phosphomutase  57.53 
 
 		 319 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.359309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0160  putative phosphoenolpyruvate phosphomutase  40 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000192522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3887  phosphonopyruvate hydrolase  40.48 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.730793  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1413  cytidylyltransferase/phosphoenolpyruvate phosphomutase, putative  36.67 
 
 		 433 aa  152  8.999999999999999e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0572  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.82 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0476  phosphoenolpyruvate phosphomutase  32.52 
 
 		 310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5665  phosphoenolpyruvate phosphomutase  33.69 
 
 		 437 aa  139  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0910  putative hydrolase  34.81 
 
 		 303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489076  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0818  putative hydrolase  34.81 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.668658  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1956  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.59 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.296795  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  34.36 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  32.02 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  34.08 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  28.37 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  33.57 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  32.81 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  32.42 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  32.42 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  33.76 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  32.03 
 
 		 284 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  33.09 
 
 		 325 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  31.1 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  31.52 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  36.5 
 
 		 454 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  31 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  29.09 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  33.48 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  26.99 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  30.65 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.65 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  33.65 
 
 		 287 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  32.81 
 
 		 312 aa  109  8.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  34.23 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  31.28 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  33.2 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  31.22 
 
 		 289 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  30.67 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  27.74 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  34.87 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  31.73 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  30.26 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  30.18 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  32.06 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  31.33 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  30.77 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  29.48 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3351  hypothetical protein  36.98 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  29.62 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  28.47 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1533  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.29 
 
 		 212 aa  102  9e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.135262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  32.49 
 
 		 312 aa  102  9e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  28.72 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  29.83 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  29.45 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  29.21 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  27.08 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  30.59 
 
 		 285 aa  99.4  7e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  29.21 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  29.97 
 
 		 305 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  29.26 
 
 		 274 aa  99  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  30.8 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  33.19 
 
 		 306 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3092  hypothetical protein  36.17 
 
 		 289 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0274905 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.98 
 
 		 289 aa  95.9  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06882  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase (AFU_orthologue; AFUA_2G00120)  32.09 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.463581  normal  0.914555 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  30.38 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  23.51 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  30.38 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  31.46 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  32.63 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  30.08 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  32.98 
 
 		 287 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  32.29 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  28.4 
 
 		 293 aa  93.2  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  31.76 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2368  hypothetical protein  35.11 
 
 		 289 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.784144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>