More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3360 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 		 1131 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3360  two component sensor kinase/response regulator hybrid  100 
 
 		 1282 aa  2601    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.56 
 
 		 1126 aa  634  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 835 aa  240  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  30.98 
 
 		 1346 aa  238  4e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 816 aa  238  5.0000000000000005e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 		 1118 aa  238  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 		 977 aa  236  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  38.01 
 
 		 1001 aa  234  6e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 		 1550 aa  234  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.48 
 
 		 1369 aa  229  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.82 
 
 		 1768 aa  227  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 		 770 aa  227  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.68 
 
 		 1202 aa  227  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.36 
 
 		 1069 aa  225  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 		 1240 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1767 aa  220  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.59 
 
 		 1767 aa  220  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 		 705 aa  219  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  32.8 
 
 		 847 aa  219  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.2 
 
 		 1266 aa  219  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.53 
 
 		 833 aa  219  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  31.26 
 
 		 1177 aa  218  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 		 1611 aa  218  7e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 		 1033 aa  218  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 		 1767 aa  218  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 929 aa  218  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 758 aa  217  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1165 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 		 946 aa  215  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 1363 aa  215  4.9999999999999996e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.45 
 
 		 1771 aa  214  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  29.57 
 
 		 1014 aa  213  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  28.92 
 
 		 1765 aa  212  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.12 
 
 		 1326 aa  211  5e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.65 
 
 		 1397 aa  209  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.84 
 
 		 1284 aa  208  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.74 
 
 		 1582 aa  208  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 		 1548 aa  208  7e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.09 
 
 		 1258 aa  207  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.5 
 
 		 1267 aa  207  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3332  sensor histidine kinase/response regulator  37.7 
 
 		 819 aa  206  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0191  histidine kinase  34.69 
 
 		 666 aa  206  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 		 1398 aa  205  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.26 
 
 		 784 aa  205  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  28.17 
 
 		 1109 aa  205  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 		 1255 aa  204  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  30.69 
 
 		 923 aa  204  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 		 916 aa  204  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 		 1040 aa  204  9.999999999999999e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  28.99 
 
 		 1135 aa  202  3e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 		 812 aa  201  5e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 		 1090 aa  202  5e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  29.66 
 
 		 761 aa  200  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 957 aa  201  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 		 1820 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 		 1603 aa  199  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2240  sensor/response regulator hybrid  28.24 
 
 		 942 aa  200  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00499034 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 		 1784 aa  199  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 1287 aa  197  8.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 		 1480 aa  197  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 		 921 aa  197  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  26.85 
 
 		 852 aa  196  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.27 
 
 		 1442 aa  196  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.7 
 
 		 1240 aa  196  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 		 1792 aa  195  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.74 
 
 		 1782 aa  195  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.74 
 
 		 1009 aa  195  6e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.84 
 
 		 1786 aa  194  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.14 
 
 		 1765 aa  193  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 		 1433 aa  194  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.05 
 
 		 1374 aa  192  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27 
 
 		 950 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27 
 
 		 925 aa  193  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  30.99 
 
 		 977 aa  193  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4868  sensor histidine kinase/response regulator RetS  28.17 
 
 		 929 aa  192  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64230  RetS (regulator of exopolysaccharide and Type III secretion)  28.91 
 
 		 942 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0403381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 		 874 aa  191  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5576  sensor/response regulator hybrid  28.91 
 
 		 962 aa  191  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  28.15 
 
 		 1407 aa  191  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 		 1166 aa  191  9e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.55 
 
 		 745 aa  191  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  28.26 
 
 		 1763 aa  191  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 		 973 aa  191  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0265  histidine kinase  36.28 
 
 		 716 aa  191  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.431831 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 991 aa  191  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  30.1 
 
 		 1322 aa  191  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 		 920 aa  190  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3703  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 		 1021 aa  189  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 1333 aa  190  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  26.23 
 
 		 858 aa  190  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.55 
 
 		 2213 aa  190  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 		 1721 aa  189  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.57 
 
 		 636 aa  189  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 		 993 aa  189  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 		 1499 aa  189  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  26.74 
 
 		 929 aa  189  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 		 846 aa  188  7e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1128 aa  187  8e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4824  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.25 
 
 		 923 aa  187  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.688381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>