165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3309 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3309  transport protein  100 
 
 		 416 aa  840    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4510  transport protein  63.17 
 
 		 420 aa  551  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_004310  BR0372  transport protein  63.39 
 
 		 415 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.454035  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0388  transport protein  63.39 
 
 		 415 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0485  transport protein  63.13 
 
 		 416 aa  538  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33538  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3119  transport protein  60.87 
 
 		 421 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2850  transport protein  60.39 
 
 		 421 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.236794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1817  transport protein  61.35 
 
 		 416 aa  499  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1880  transport protein  58.91 
 
 		 409 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00324  predicted transporter  56.27 
 
 		 406 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3231  SbmABacA family protein  56.27 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0449  transport protein  56.27 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0442  transport protein  56.27 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0401  transport protein  56.27 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00328  hypothetical protein  56.27 
 
 		 406 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3255  transport protein  56.27 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0406  transport protein  56.51 
 
 		 406 aa  472  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0294  transport protein  56.02 
 
 		 406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0412  transport protein  55.5 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0418  transport protein  55.5 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.694812  normal  0.467877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0411  transport protein  55.26 
 
 		 406 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0479675  hitchhiker  0.0008842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0472  transport protein  55.5 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47309 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0430  transport protein  55.5 
 
 		 406 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.538955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0846  transport protein  56.51 
 
 		 406 aa  465  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1107  transport protein  51.17 
 
 		 428 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2211  putative transporter  50.62 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718589 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0654  putative transporter  41.96 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0206816  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1709  putative transporter  39.94 
 
 		 322 aa  226  8e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0147  putative transporter  40.57 
 
 		 322 aa  225  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0456  putative transporter  40.06 
 
 		 326 aa  218  2e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0034  putative transporter  40.25 
 
 		 324 aa  212  1e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0931  putative transporter  44.77 
 
 		 387 aa  211  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.904038  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0213  putative transporter  43.68 
 
 		 399 aa  202  8e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.369402  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0190  putative transporter  43.68 
 
 		 399 aa  202  8e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0175  putative transporter  43.68 
 
 		 399 aa  202  9.999999999999999e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.294554  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3507  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  27.56 
 
 		 589 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.311803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0327  ABC transporter  27.48 
 
 		 589 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0336  ABC transporter  27.48 
 
 		 589 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.294433  normal  0.265185 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2698  ABC transporter-like  27.56 
 
 		 589 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0409  ABC transporter  27.56 
 
 		 589 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0847307  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0388  ABC transporter  27.56 
 
 		 589 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1326  ABC transporter domain protein  29.78 
 
 		 586 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2461  ABC transporter  30.36 
 
 		 606 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.142821  normal  0.345293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1064  ABC transporter domain protein  31.72 
 
 		 593 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3430  ABC transporter  31.21 
 
 		 708 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0735  ABC transporter-like  29.28 
 
 		 613 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678208  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4731  ABC transporter-like  27.48 
 
 		 579 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612585  normal  0.660257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2775  ABC transporter  27.35 
 
 		 577 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0312  ABC transporter  29.39 
 
 		 589 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0552  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.29 
 
 		 587 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0707  ABC transporter domain protein  28.29 
 
 		 587 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000255653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4132  ABC transporter-like  28.08 
 
 		 630 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5001  ABC transporter domain protein  30.4 
 
 		 704 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.650966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1667  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  27.33 
 
 		 588 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4948  ABC transporter domain protein  30.04 
 
 		 704 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0822  ABC transporter-like  26.46 
 
 		 575 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4485  ABC transporter  30.04 
 
 		 712 aa  107  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.991125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1832  ABC transporter-like  27.2 
 
 		 583 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0566621 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2783  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.83 
 
 		 584 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2731  ABC transporter, ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3711  ABC transporter, ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3221  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1771  ABC transporter, ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.425769  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3684  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3741  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.83 
 
 		 588 aa  106  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.699706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0799  ABC transporter related  28.61 
 
 		 701 aa  106  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0267156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0382  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  27.5 
 
 		 592 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.260963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2971  ABC transporter  26.91 
 
 		 597 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3576  ABC transporter domain protein  26.7 
 
 		 583 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0754799  hitchhiker  0.00000117282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1219  ABC transporter  24.7 
 
 		 595 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3009  ABC transporter, ATP-binding protein  27.51 
 
 		 588 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0737  ABC transporter-like  27.7 
 
 		 614 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0638  ABC transporter  28.9 
 
 		 610 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.226962  normal  0.140923 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0152  ABC transporter domain protein  27.02 
 
 		 590 aa  102  9e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199241  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3843  ABC transporter  27.33 
 
 		 578 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3285  ABC transporter domain protein  26.16 
 
 		 553 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0559  ABC transporter  27.54 
 
 		 588 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.393268  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4654  ABC transporter domain protein  27.95 
 
 		 713 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.435698 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0369  ABC transporter-like protein  26.57 
 
 		 636 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455646  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0429  ABC transporter related  25.95 
 
 		 621 aa  98.2  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0620153  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1740  ABC transporter  29.12 
 
 		 712 aa  96.3  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000825117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0456  ATP-binding transport ABC transporter protein  25.72 
 
 		 614 aa  96.3  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.709933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0331  ABC transporter domain protein  25.4 
 
 		 614 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0346  ABC transporter domain protein  25.4 
 
 		 614 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.274021 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1048  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  23.65 
 
 		 599 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1179  ABC transporter domain protein  28.49 
 
 		 595 aa  95.1  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0762  ABC transporter domain protein  25.5 
 
 		 557 aa  93.6  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0999  ABC transporter domain protein  25.79 
 
 		 557 aa  93.2  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4551  ABC transporter, ATP-binding protein  26.45 
 
 		 577 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.859512  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0667  ABC transporter domain protein  25.98 
 
 		 596 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2634  ABC transporter domain protein  24.7 
 
 		 563 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0863  ABC transporter domain protein  27.03 
 
 		 602 aa  88.6  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.207874  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1710  ABC transporter  25.47 
 
 		 605 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732673  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2150  ABC transporter related protein  23.77 
 
 		 561 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.675746  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4229  ABC transporter:ABC transporter, N-terminal  25.42 
 
 		 572 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3410  ABC transporter  27.16 
 
 		 635 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2109  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  23.6 
 
 		 561 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.356794  normal  0.522774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1581  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  23.22 
 
 		 561 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.477042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1686  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein yddA  23.22 
 
 		 561 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2161  ABC transporter related  23.22 
 
 		 561 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.918171 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>