234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1926 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1926  transporter  100 
 
 
352 aa  701    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0056  integral membrane protein TerC  64.29 
 
 
329 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5359  TerC family protein  64.51 
 
 
325 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.114229  hitchhiker  0.00169974 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1025  Integral membrane protein TerC  60.37 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237996  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3347  integral membrane protein TerC  60.75 
 
 
330 aa  401  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0942  integral membrane protein TerC  59.63 
 
 
328 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0390  integral membrane protein TerC  59.94 
 
 
354 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0875594  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3305  TerC family membrane protein  57.72 
 
 
327 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3062  integral membrane protein TerC  60.62 
 
 
354 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0416562  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3199  integral membrane protein TerC  56.88 
 
 
329 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2086  integral membrane protein TerC  59.33 
 
 
354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0806  Integral membrane protein TerC  54.87 
 
 
353 aa  368  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2440  integral membrane protein TerC  58.18 
 
 
327 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127814  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3257  integral membrane protein TerC  59.45 
 
 
354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2606  integral membrane protein TerC  58.64 
 
 
327 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2438  hypothetical protein  59.51 
 
 
354 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3680  integral membrane protein TerC  59.62 
 
 
330 aa  363  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2008  integral membrane protein TerC  56.04 
 
 
344 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0222851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0840  Integral membrane protein TerC  55.96 
 
 
341 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.251976  hitchhiker  0.00983722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0880  integral membrane protein TerC  55.96 
 
 
341 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.148289 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1747  hypothetical protein  58.46 
 
 
325 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2543  integral membrane protein TerC  58.46 
 
 
327 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2610  integral membrane protein TerC  58.46 
 
 
327 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2710  integral membrane protein TerC  58.46 
 
 
325 aa  359  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4279  hypothetical protein  58.15 
 
 
325 aa  358  7e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2793  Integral membrane protein TerC  58.82 
 
 
328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.611411  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1557  integral membrane protein TerC  58.82 
 
 
328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1553  integral membrane protein TerC  58.82 
 
 
328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.729834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1586  integral membrane protein TerC  58.82 
 
 
328 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2438  integral membrane protein TerC  58.46 
 
 
329 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622946  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4372  integral membrane protein TerC  56.93 
 
 
341 aa  353  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18139  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1451  integral membrane protein TerC  58.2 
 
 
328 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2993  integral membrane protein TerC  54.06 
 
 
339 aa  350  3e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10570  Integral membrane protein TerC family  58.15 
 
 
334 aa  348  6e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4912  Integral membrane protein TerC  57.19 
 
 
341 aa  342  8e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0595936  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2688  hypothetical protein  57.55 
 
 
346 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31610  TerC family protein  57.23 
 
 
347 aa  338  7e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0594051 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33470  Integral membrane protein TerC family  57.23 
 
 
324 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2384  integral membrane protein TerC  51.77 
 
 
359 aa  311  1e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0331794  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1240  Integral membrane protein TerC  50.82 
 
 
338 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0237698 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2919  Integral membrane protein TerC  47.66 
 
 
331 aa  296  3e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000105664  normal  0.323377 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2303  integral membrane protein TerC  49.19 
 
 
314 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1438  integral membrane protein TerC  48.09 
 
 
329 aa  286  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2602  hypothetical protein  49.53 
 
 
325 aa  285  8e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.127831  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_002936  DET0184  TerC family membrane protein  44.69 
 
 
321 aa  282  6.000000000000001e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.36035  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0016  integral membrane protein TerC  47.08 
 
 
328 aa  282  8.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2416  Integral membrane protein TerC  47.81 
 
 
313 aa  280  2e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0168  integral membrane protein TerC  44.37 
 
 
321 aa  278  1e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000120388  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2034  Integral membrane protein TerC  49.04 
 
 
334 aa  277  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1705  integral membrane protein TerC  45.03 
 
 
320 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1793  integral membrane protein TerC  45.62 
 
 
318 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2138  hypothetical protein  44.97 
 
 
317 aa  275  9e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0543  Integral membrane protein TerC  45.14 
 
 
328 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0083  Integral membrane protein TerC  48.11 
 
 
344 aa  273  3e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0514  integral membrane protein TerC  45.14 
 
 
328 aa  271  9e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.139671  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0265  Integral membrane protein TerC  44.72 
 
 
320 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0331  integral membrane protein TerC  46.82 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_173  membrane protein, TerC family  44.04 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2113  hypothetical protein  45.28 
 
 
317 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3632  Integral membrane protein TerC  45.14 
 
 
321 aa  267  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443887  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1576  Integral membrane protein TerC  44.38 
 
 
325 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0547  Integral membrane protein TerC  47.77 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3485  inner membrane protein alx  45.9 
 
 
322 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3412  inner membrane protein alx  45.97 
 
 
337 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3519  hypothetical protein  45.9 
 
 
322 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.742561  hitchhiker  0.000693905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3581  inner membrane protein alx  45.9 
 
 
322 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.081228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0751  Integral membrane protein TerC  45.06 
 
 
317 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1946  Integral membrane protein TerC  42.81 
 
 
337 aa  263  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.683729  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3415  inner membrane protein alx  45.59 
 
 
322 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0510  hypothetical protein  44.83 
 
 
316 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1155  integral membrane protein TerC  41.27 
 
 
311 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000825766  normal  0.0331018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5015  Integral membrane protein TerC  44.52 
 
 
344 aa  261  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0968  Integral membrane protein TerC  40.63 
 
 
306 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.562577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0534  Integral membrane protein TerC  44.14 
 
 
317 aa  260  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0855  TerC family membrane protein  41.37 
 
 
311 aa  259  6e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0835081  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0291  integral membrane protein TerC  45.81 
 
 
308 aa  257  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0550  Integral membrane protein TerC  44.55 
 
 
312 aa  257  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0040107  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1004  Integral membrane protein TerC  45.14 
 
 
312 aa  256  4e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144845  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3524  protein Alx  44.07 
 
 
321 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4403  protein Alx  44.21 
 
 
321 aa  256  5e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.49414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3555  protein Alx  44.48 
 
 
321 aa  255  6e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3281  Integral membrane protein TerC  40.19 
 
 
307 aa  256  6e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3380  protein Alx  44.21 
 
 
321 aa  255  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.568911  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3613  integral membrane protein TerC  46.84 
 
 
342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02957  predicted inner membrane protein, part of terminus  44.17 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0613  Integral membrane protein TerC  44.17 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0612  integral membrane protein TerC  44.17 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3270  protein Alx  44.17 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02907  hypothetical protein  44.17 
 
 
320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3507  Integral membrane protein TerC  43.83 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3259  integral membrane protein TerC  42.94 
 
 
325 aa  252  6e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4156  integral membrane protein TerC  44.38 
 
 
323 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10498  membrane protein, TerC family protein  40.49 
 
 
322 aa  251  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3019  Integral membrane protein TerC  40.18 
 
 
343 aa  249  5e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.353723 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3543  integral membrane protein TerC  46.18 
 
 
322 aa  249  7e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.45062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4461  integral membrane protein TerC  45.2 
 
 
334 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.105782 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1367  TerC family integral membrane protein  41.64 
 
 
311 aa  246  6e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.536325  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2016  integral membrane protein TerC  41.11 
 
 
320 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1144  integral membrane protein TerC  38.61 
 
 
310 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000129998  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0923  integral membrane protein TerC  40.85 
 
 
322 aa  243  3e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>