More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1819 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1819  50S ribosomal protein L11  100 
 
 		 143 aa  289  9e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.674274  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1320  50S ribosomal protein L11  90.21 
 
 		 143 aa  271  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.458077  normal  0.354215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1418  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  268  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.816838  normal  0.409457 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0974  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 142 aa  265  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0169903 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1943  50S ribosomal protein L11  82.52 
 
 		 142 aa  246  9e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0464106  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1248  50S ribosomal protein L11  83.22 
 
 		 142 aa  244  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.208102  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1209  50S ribosomal protein L11  82.52 
 
 		 142 aa  244  4e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1823  50S ribosomal protein L11  78.32 
 
 		 142 aa  229  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0567  50S ribosomal protein L11  76.22 
 
 		 142 aa  223  8e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000313352  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5087  50S ribosomal protein L11  74.83 
 
 		 142 aa  214  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0150529  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1346  50S ribosomal protein L11  75.18 
 
 		 142 aa  213  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2725  50S ribosomal protein L11  72.54 
 
 		 142 aa  213  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.053271  normal  0.344751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1527  50S ribosomal protein L11  74.47 
 
 		 142 aa  210  5.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3864  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 142 aa  209  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.094811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1895  50S ribosomal protein L11  67.79 
 
 		 149 aa  208  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00848778  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3201  50S ribosomal protein L11  72.03 
 
 		 142 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3998  50S ribosomal protein L11  69.59 
 
 		 149 aa  207  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.748509  normal  0.915544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4479  50S ribosomal protein L11  69.59 
 
 		 149 aa  207  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4367  50S ribosomal protein L11  69.59 
 
 		 149 aa  207  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0366  50S ribosomal protein L11  68.46 
 
 		 149 aa  207  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205426  normal  0.556831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2277  50S ribosomal protein L11  72.03 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3692  50S ribosomal protein L11  73.43 
 
 		 142 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0260  50S ribosomal protein L11  70.21 
 
 		 141 aa  205  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3844  50S ribosomal protein L11  68.92 
 
 		 149 aa  206  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.638614 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3360  50S ribosomal protein L11  67.79 
 
 		 149 aa  204  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.711541  normal  0.0993173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3472  50S ribosomal protein L11  69.93 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.275844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0833  50S ribosomal protein L11  67.61 
 
 		 143 aa  200  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714386  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0229  50S ribosomal protein L11  68.09 
 
 		 141 aa  200  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0737159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1343  50S ribosomal protein L11  70.42 
 
 		 142 aa  200  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0774434  normal  0.0441915 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2699  50S ribosomal protein L11  70.42 
 
 		 142 aa  199  8e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1806  50S ribosomal protein L11  68.31 
 
 		 142 aa  199  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.785581  normal  0.199785 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0743  50S ribosomal protein L11  65.56 
 
 		 150 aa  196  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0168765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1956  50S ribosomal protein L11  66.2 
 
 		 144 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2956  50S ribosomal protein L11  64.79 
 
 		 144 aa  192  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0664749 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1442  50S ribosomal protein L11  65.28 
 
 		 143 aa  192  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.337085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2335  50S ribosomal protein L11  66.43 
 
 		 143 aa  191  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.345629  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0038  50S ribosomal protein L11  65.73 
 
 		 143 aa  189  9e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000123599  hitchhiker  0.0000000000171978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2563  50S ribosomal protein L11  63.38 
 
 		 143 aa  189  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0268  50S ribosomal protein L11P  65.73 
 
 		 143 aa  189  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00815832  hitchhiker  0.0013988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0042  50S ribosomal protein L11  65.73 
 
 		 143 aa  188  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000150349  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0284  ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 142 aa  187  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000710656  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2180  ribosomal protein L11  65.03 
 
 		 143 aa  188  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0237  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.0118731 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1062  ribosomal protein L11  64.34 
 
 		 143 aa  186  9e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0402568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3644  50S ribosomal protein L11  65.03 
 
 		 144 aa  186  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.416555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3349  ribosomal protein L11  66.43 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.533999  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0312  ribosomal protein L11  65.03 
 
 		 143 aa  185  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000294677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3820  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2645  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0183792  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4435  50S ribosomal protein L11  61.97 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3790  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00415541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1910  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000051235  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3182  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000133089  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3080  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0268541  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3465  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108139  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3758  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00142247  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2335  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00025621  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3435  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0613372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0563  50S ribosomal protein L11  61.59 
 
 		 150 aa  185  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2771  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305976  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0264  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0928671  normal  0.597405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0745  50S ribosomal protein L11  64.34 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00286512  normal  0.949117 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0255  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0336  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0811079  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0315  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000167318  normal  0.214276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0506  50S ribosomal protein L11  64.34 
 
 		 143 aa  184  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.783549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0447  50S ribosomal protein L11P  63.64 
 
 		 143 aa  184  3e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2852  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  184  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.393005  normal  0.399654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0302  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  184  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0441199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0394  50S ribosomal protein L11  64.34 
 
 		 143 aa  183  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.904146  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4446  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 144 aa  183  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.258046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3318  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3656  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00490061  hitchhiker  0.000000708999 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2971  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.621539 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3038  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0450649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3864  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 142 aa  182  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000881502  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0335  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 142 aa  182  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00120454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0584  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  182  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0690  50S ribosomal protein L11  64.79 
 
 		 140 aa  181  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.87435e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2260  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  181  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.44071  normal  0.728931 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0410  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0119247  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00692  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 148 aa  181  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000124233  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0755  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  180  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3596  ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 143 aa  180  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.374228  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0188  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000110697  hitchhiker  0.00720013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0183  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000280206  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0188  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00929078 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2806  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 142 aa  180  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000221343  normal  0.107849 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0220  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 142 aa  180  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3338  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  180  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0308  50S ribosomal protein L11  63.64 
 
 		 143 aa  179  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00601669  normal  0.0251359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4535  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 143 aa  179  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.438276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0202  50S ribosomal protein L11  62.41 
 
 		 142 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000393914  hitchhiker  0.0000945283 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3193  50S ribosomal protein L11  62.24 
 
 		 143 aa  179  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.177211  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0708  50S ribosomal protein L11  62.94 
 
 		 143 aa  179  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0465712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0920  50S ribosomal protein L11  61.54 
 
 		 143 aa  178  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000795353  hitchhiker  0.00000174139 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3250  50S ribosomal protein L11  61.54 
 
 		 143 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3770  50S ribosomal protein L11  60.99 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000004485  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0159  50S ribosomal protein L11  62.41 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000114645  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3901  50S ribosomal protein L11  61.54 
 
 		 143 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>