234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1790 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1790  outer membrane protein  100 
 
 
274 aa  568  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1733  DSBA oxidoreductase  66.67 
 
 
252 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0758369 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1539  DSBA oxidoreductase  69.7 
 
 
252 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0955  DSBA oxidoreductase  60.78 
 
 
255 aa  310  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.616231  hitchhiker  0.0061431 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2271  DSBA oxidoreductase  56.4 
 
 
268 aa  252  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112284  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0909  outer membrane protein, putative  54.46 
 
 
265 aa  246  2e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0905  putative outer membrane protein  54.46 
 
 
265 aa  246  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1713  DSBA oxidoreductase  49.6 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0344853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4209  hypothetical protein  45.24 
 
 
254 aa  221  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2720  DSBA oxidoreductase  44.17 
 
 
255 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2185  DSBA oxidoreductase  44.92 
 
 
255 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3016  DSBA oxidoreductase  44.17 
 
 
255 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517861  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2436  DSBA oxidoreductase  44.87 
 
 
255 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2862  DSBA oxidoreductase  41.9 
 
 
255 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.898425  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2703  DSBA oxidoreductase  39.53 
 
 
260 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0600597  normal  0.0595664 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1750  DSBA oxidoreductase  45.78 
 
 
254 aa  192  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0404971  normal  0.241511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3499  DSBA oxidoreductase  44.44 
 
 
266 aa  191  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.511327 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0763  thioredoxin domain-containing protein  43.06 
 
 
265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5427  DSBA oxidoreductase  39.27 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3948  DSBA oxidoreductase  35.77 
 
 
259 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0375371  normal  0.31258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6044  DSBA oxidoreductase  39.04 
 
 
257 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680515  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3655  DSBA oxidoreductase  38.36 
 
 
259 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1661  DSBA oxidoreductase  41.07 
 
 
275 aa  178  7e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3941  DSBA oxidoreductase  38.77 
 
 
259 aa  178  9e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0405057 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3281  DSBA oxidoreductase  37.86 
 
 
263 aa  169  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.101876  normal  0.665873 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0730  DSBA oxidoreductase  37.7 
 
 
260 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.22688 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2114  outer membrane protein  35.18 
 
 
252 aa  163  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.155557  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0209  outer membrane protein  35.18 
 
 
252 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00342599  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4108  DSBA oxidoreductase  34.15 
 
 
247 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4063  DSBA oxidoreductase  37.71 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3787  DSBA oxidoreductase  37.71 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117786  normal  0.763789 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0863  DSBA oxidoreductase  36.11 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00216121  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3405  thiol:disulfide interchange protein DsbA  32.69 
 
 
253 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2428  DSBA oxidoreductase  34.08 
 
 
255 aa  137  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.53532  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1819  DSBA oxidoreductase  34.35 
 
 
250 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621459  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1860  DSBA oxidoreductase  33.18 
 
 
247 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2981  putative protein-disulfide isomerase  31.34 
 
 
247 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.241141  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1627  DSBA oxidoreductase  31.34 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1805  hypothetical protein  38.01 
 
 
261 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1806  hypothetical protein  38.01 
 
 
261 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4989  Fis family transcriptional regulator  35.85 
 
 
209 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2538  DSBA oxidoreductase  31.8 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171459  normal  0.017866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1270  DSBA oxidoreductase  31.47 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0360105  hitchhiker  0.00278647 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0476  Disulfide bonded thioredoxin protein  37.89 
 
 
198 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0293  disulfide oxidoreductase  32.09 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0710  DSBA oxidoreductase  31.46 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0229  DSBA oxidoreductase  33.03 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.12077  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2570  DSBA oxidoreductase  31.73 
 
 
245 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.649073  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1102  hypothetical protein  34.5 
 
 
211 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  0.0993738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6639  DSBA oxidoreductase  33.93 
 
 
235 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100221 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3349  DSBA oxidoreductase  29.18 
 
 
238 aa  102  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3792  DSBA oxidoreductase  32.16 
 
 
205 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.344865  normal  0.0187029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4143  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 
211 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3170  DSBA oxidoreductase  28.44 
 
 
535 aa  100  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0578033  normal  0.438922 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3248  DSBA oxidoreductase  35.47 
 
 
226 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0322461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0366  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  34.48 
 
 
204 aa  99  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0381  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  34.48 
 
 
204 aa  99  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3685  putative disulfide bond formation protein D precursor (disulfide oxidoreductase D)  35.16 
 
 
211 aa  99  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0106163  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0134  DSBA oxidoreductase  33.86 
 
 
210 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.631277  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3494  DSBA oxidoreductase  36.65 
 
 
197 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3688  DSBA oxidoreductase  33.52 
 
 
211 aa  98.2  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968997 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1504  DSBA oxidoreductase  34.34 
 
 
228 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.146939  normal  0.747814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3004  DSBA oxidoreductase  27.42 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.159469  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1312  DsbA-like disulfide oxidoreductase  31.41 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0500823  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3850  DSBA oxidoreductase  31.19 
 
 
253 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.197074  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0122  DSBA oxidoreductase  32.43 
 
 
211 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0339396 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4310  DSBA oxidoreductase  26.36 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387734  hitchhiker  0.000746831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0607  DSBA oxidoreductase  36.71 
 
 
232 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.574613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0741  DSBA oxidoreductase  31.61 
 
 
222 aa  94  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.486242  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1214  DSBA oxidoreductase  32.14 
 
 
217 aa  92  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.734825  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3549  DsbA oxidoreductase  28.22 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.421671  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0474  DSBA oxidoreductase  33.91 
 
 
204 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0844568  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0901  disulfide oxidoreductase  28.21 
 
 
257 aa  90.5  3e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00296205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4245  DSBA oxidoreductase  33.55 
 
 
210 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.354657 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3906  DSBA oxidoreductase  33.05 
 
 
273 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4224  DSBA oxidoreductase  27.71 
 
 
294 aa  89  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0515  DSBA oxidoreductase  28.31 
 
 
269 aa  88.6  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.498642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1504  DSBA oxidoreductase  33.73 
 
 
228 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.844939  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1179  copper sensitivity supression protein  30.3 
 
 
207 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1190  suppressor for copper-sensitivity C  30.3 
 
 
207 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7384  DSBA oxidoreductase  32.2 
 
 
230 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1210  copper sensitivity supression protein  30.3 
 
 
207 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  0.622691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1074  suppressor for copper-sensitivity C  29.7 
 
 
207 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4361  DSBA oxidoreductase  32.89 
 
 
210 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00151652  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1225  copper sensitivity supression protein  30.3 
 
 
207 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.724279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1783  DSBA oxidoreductase  33.13 
 
 
228 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.178175 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4356  DSBA oxidoreductase  25.79 
 
 
294 aa  85.5  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0622  twin-arginine translocation pathway signal  31.29 
 
 
233 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4152  DSBA oxidoreductase  25.4 
 
 
270 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4299  twin-arginine translocation pathway signal  31.71 
 
 
222 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4198  DSBA oxidoreductase  31.55 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1073  DSBA oxidoreductase  34.93 
 
 
209 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4908  DSBA oxidoreductase  31.45 
 
 
210 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0031  hypothetical protein  27.35 
 
 
281 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115246  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0115  DSBA oxidoreductase  25 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0538996  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3199  DSBA oxidoreductase  24.71 
 
 
244 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1566  DSBA oxidoreductase  27.54 
 
 
227 aa  72.4  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0178633 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1379  thiol:disulfide interchange protein DsbA  25.21 
 
 
242 aa  72  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0030  hypothetical protein  26.51 
 
 
281 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.619375  normal  0.116202 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0881  DSBA oxidoreductase  28.19 
 
 
214 aa  69.3  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.498671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>